See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Mon. 02 Nov 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (68942) 26 clusterProfiler (26269) 51 assorthead (17018)
2 BiocGenerics (66011) 27 BiocFileCache (26201) 52 preprocessCore (16771)
3 S4Vectors (65913) 28 fgsea (25764) 53 BiocSingular (16501)
4 IRanges (61016) 29 DOSE (25621) 54 ScaledMatrix (15615)
5 Biobase (57111) 30 Rhdf5lib (25493) 55 cigarillo (15438)
6 XVector (56613) 31 Rhtslib (24767) 56 BiocNeighbors (14486)
7 BiocParallel (53471) 32 qvalue (24653) 57 GEOquery (14067)
8 SparseArray (52758) 33 GOSemSim (24473) 58 AnnotationHub (13904)
9 Biostrings (52053) 34 rhdf5 (24428) 59 BiocBaseUtils (13787)
10 DelayedArray (50853) 35 GenomicAlignments (23777) 60 genefilter (13556)
11 GenomicRanges (50500) 36 rhdf5filters (23261) 61 h5mread (13330)
12 SummarizedExperiment (47252) 37 rtracklayer (23063) 62 impute (12947)
13 S4Arrays (47093) 38 graph (22860) 63 multtest (12826)
14 MatrixGenerics (46682) 39 biomaRt (22121) 64 BSgenome (12760)
15 Seqinfo (42822) 40 UCSC.utils (21502) 65 scuttle (12351)
16 AnnotationDbi (42429) 41 SingleCellExperiment (21479) 66 GSEABase (11805)
17 KEGGREST (40815) 42 ComplexHeatmap (21287) 67 ProtGenerics (11643)
18 limma (40106) 43 BiocIO (20241) 68 dir.expiry (11623)
19 GenomeInfoDb (33597) 44 annotate (19908) 69 AnnotationFilter (11383)
20 ggtree (30744) 45 beachmat (19571) 70 GSVA (11254)
21 treeio (28423) 46 zlibbioc (19023) 71 scater (10820)
22 DESeq2 (28411) 47 sparseMatrixStats (18967) 72 Rgraphviz (10030)
23 edgeR (28038) 48 HDF5Array (17961) 73 ensembldb (9793)
24 enrichplot (26956) 49 DelayedMatrixStats (17559) 74 ExperimentHub (9752)
25 Rsamtools (26880) 50 GenomicFeatures (17077) 75 sva (9689)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (717)

a4Base (776)

a4Classif (639)

a4Core (657)

a4Preproc (795)

a4Reporting (527)

ABAEnrichment (225)

ABarray (759)

abseqR (593)

ABSSeq (722)

acde (754)

ACE (631)

aCGH (1027)

ACME (954)

ADaCGH2 (757)

ADAM (549)

ADAMgui (511)

ADAPT (205)

adaptest (80)

adductomicsR (381)

ADImpute (578)

adSplit (829)

adverSCarial (401)

Aerith (347)

AffiXcan (606)

affxparser (2815)

affy (9257)

affycomp (945)

AffyCompatible (336)

affyContam (678)

affycoretools (1121)

AffyExpress (300)

affyILM (678)

affyio (9309)

affylmGUI (911)

affyPara (326)

affypdnn (288)

affyPLM (2012)

affyQCReport (285)

AffyRNADegradation (587)

AffyTiling (167)

AGDEX (659)

aggregateBioVar (604)

Agi4x44PreProcess (119)

agilp (497)

AgiMicroRna (841)

AHMassBank (383)

AIMS (987)

airpart (525)

alabaster (402)

alabaster.base (5094)

alabaster.bumpy (395)

alabaster.files (405)

alabaster.mae (416)

alabaster.matrix (4864)

alabaster.ranges (4784)

alabaster.sce (1552)

alabaster.schemas (4661)

alabaster.se (4772)

alabaster.sfe (223)

alabaster.spatial (454)

alabaster.string (412)

alabaster.vcf (416)

ALDEx2 (2109)

alevinQC (676)

AllelicImbalance (834)

AlphaBeta (548)

AlphaMissenseR (481)

alpine (307)

ALPS (81)

AlpsNMR (667)

alsace (177)

altcdfenvs (856)

AMARETTO (657)

AMOUNTAIN (561)

amplican (877)

ampliQueso (186)

AnalysisPageServer (120)

anamiR (107)

anansi (431)

Anaquin (547)

ANCOMBC (2551)

AneuFinder (428)

ANF (531)

anglemania (488)

animalcules (746)

annaffy (924)

AnnBuilder (75)

anndataR (1462)

annmap (647)

annoLinker (334)

annotate (19908)

AnnotationDbi (42429)

AnnotationFilter (11383)

AnnotationForge (2671)

AnnotationFuncs (225)

AnnotationHub (13904)

AnnotationHubData (1245)

annotationTools (727)

annotatr (1225)

anota (658)

anota2seq (640)

antiProfiles (498)

AnVIL (1082)

AnVILAz (364)

AnVILBase (791)

AnVILBilling (437)

AnVILGCP (398)

AnVILPublish (427)

AnVILVRS (86)

AnVILWorkflow (258)

APAlyzer (504)

apComplex (779)

apeglm (6455)

APL (539)

applera (44)

appreci8R (662)

aroma.light (2109)

ArrayExpress (937)

ArrayExpressHTS (222)

arrayMagic (137)

arrayMvout (797)

arrayQCplot (33)

arrayQuality (707)

arrayQualityMetrics (1036)

ArrayTools (319)

ArrayTV (247)

ARRmNormalization (524)

artMS (562)

ASAFE (410)

ASEB (499)

ASGSCA (559)

ASICS (725)

asmn (42)

ASpediaFI (157)

ASpli (876)

AssessORF (655)

ASSET (596)

ASSIGN (723)

assorthead (17018)

ASURAT (602)

asuri (350)

ATACCoGAPS (111)

atacInferCnv (275)

ATACseqQC (913)

ATACseqTFEA (594)

atena (555)

AtlasRDF (84)

atSNP (624)

attract (915)

AUCell (4020)

augere.core (104)

augere.de (110)

augere.gsea (112)

augere.screen (88)

augere.solo (118)

autonomics (657)

Autotuner (80)

AWAggregator (317)

AWFisher (520)

awst (480)

B

BaalChIP (584)

BAC (287)

bacon (720)

BADER (521)

BadRegionFinder (621)

BAGS (472)

ballgown (1613)

bambu (850)

BamScale (112)

bamsignals (1849)

BANDITS (589)

bandle (607)

Banksy (969)

banocc (423)

barbieQ (443)

barcodetrackR (196)

barmixR (78)

basecallQC (434)

BaseSpaceR (606)

Basic4Cseq (684)

BASiCS (930)

BASiCStan (446)

BasicSTARRseq (537)

basilisk (4928)

basilisk.utils (2984)

batchCorr (369)

BatChef (250)

batchelor (5025)

BatchQC (607)

BatchSVG (381)

Battlefield (346)

BayesKnockdown (482)

BayesPeak (242)

BayesSpace (1039)

bayNorm (597)

baySeq (1078)

BBCAnalyzer (727)

BCRANK (868)

bcSeq (433)

BDMMAcorrect (170)

beachmat (19571)

beachmat.hdf5 (544)

beachmat.tiledb (262)

beadarray (1380)

beadarraySNP (423)

BeadDataPackR (954)

BeadExplorer (37)

BEARscc (223)

BEAT (817)

BEclear (557)

bedbaser (388)

beer (393)

benchdamic (614)

BenchHub (121)

BERT (379)

betaHMM (468)

betr (197)

betterChromVAR (275)

bettr (437)

BG2 (393)

bgafun (261)

BgeeCall (716)

BgeeDB (624)

BGmix (270)

bgx (493)

BHC (273)

BicARE (741)

BiFET (492)

BiGGR (301)

bigmelon (695)

bigmemoryExtras (147)

bigPint (185)

bim (39)

BindingSiteFinder (612)

bioassayR (636)

Biobase (57111)

biobroom (694)

biobtreeR (405)

Bioc.gff (352)

bioCancer (796)

BioCartaImage (421)

BiocAzul (257)

BiocBaseUtils (13787)

BiocBook (432)

BiocBuildReporter (272)

BiocCaseStudies (320)

BiocCheck (2849)

biocDatasets (29)

BiocDockerManager (107)

BiocDuckDB (7)

BiocFHIR (496)

BiocFileCache (26201)

BiocGenerics (66011)

biocGraph (804)

BiocHail (283)

BiocHubsShiny (446)

BiocInstaller (292)

BiocIO (20241)

BiocMaintainerApp (261)

biocmake (6247)

BiocNeighbors (14486)

BiocOncoTK (322)

BioCor (641)

BiocParallel (53471)

BiocPkgDash (287)

BiocPkgTools (770)

biocroxytest (343)

BiocSet (719)

BiocSingular (16501)

BiocSklearn (498)

BiocStyle (7657)

biocthis (1012)

BiocVersion (68942)

biocViews (5261)

BiocWorkflowTools (583)

biodb (611)

biodbChebi (241)

biodbExpasy (102)

biodbHmdb (163)

biodbKegg (140)

biodbLipidmaps (109)

biodbMirbase (81)

biodbNcbi (153)

biodbNci (146)

biodbUniprot (152)

bioDist (768)

BioGA (354)

biomaRt (22121)

BioMedR (43)

biomformat (6952)

BioMM (177)

BioMVCClass (662)

biomvRCNS (696)

BioNAR (535)

BioNERO (704)

BioNet (1001)

BioNetStat (205)

BioQC (772)

BioSeqClass (274)

biosigner (628)

Biostrings (52053)

biosvd (183)

BioTIP (639)

biotmle (608)

biovizBase (5791)

BiRewire (479)

birta (221)

birte (145)

biscuiteer (743)

BiSeq (812)

BitSeq (405)

blacksheepr (610)

blase (472)

blima (658)

BLMA (685)

BloodGen3Module (486)

bluster (9256)

bnbc (729)

bnem (572)

BOBaFIT (508)

borealis (489)

BPRMeth (420)

BRAIN (780)

brainflowprobes (184)

brainImageR (40)

BrainSABER (115)

BrainStars (217)

branchpointer (732)

breakpointR (612)

BreastSubtypeR (482)

brendaDb (524)

BREW3R.r (439)

BRGenomics (313)

bridge (314)

BridgeDbR (663)

broadSeq (447)

BrowserViz (595)

BrowserVizDemo (44)

BSgenome (12760)

BSgenomeForge (531)

bsseq (2274)

BubbleTree (368)

BufferedMatrix (572)

BufferedMatrixMethods (551)

bugsigdbr (611)

BulkSignalR (570)

BUMHMM (605)

bumphunter (3571)

BumpyMatrix (1073)

BUS (657)

BUScorrect (615)

BUSpaRse (734)

BUSseq (556)

C

CaDrA (407)

CAEN (410)

CAFE (928)

CAGEfightR (820)

cageminer (526)

CAGEr (847)

CALIB (288)

CalibraCurve (365)

calm (367)

CAMERA (1237)

CAMTHC (91)

CaMutQC (481)

canceR (575)

cancerclass (876)

CancerInSilico (193)

CancerMutationAnalysis (284)

CancerSubtypes (281)

CAnD (200)

caOmicsV (267)

cardelino (578)

Cardinal (1068)

CardinalIO (585)

CARDspa (531)

carnation (269)

CARNIVAL (589)

casper (702)

CATALYST (998)

Category (2034)

categoryCompare (855)

CatsCradle (461)

CausalR (540)

cbaf (575)

CBEA (151)

cBioPortalData (1034)

CBN2Path (311)

CBNplot (528)

cbpManager (526)

CCAFE (463)

ccfindR (466)

ccImpute (484)

ccmap (269)

CCPlotR (461)

CCPROMISE (559)

ccrepe (492)

CDI (501)

celaref (689)

celda (1840)

CellaRepertorium (191)

CellBarcode (592)

cellbaseR (619)

CellBench (707)

cellGrowth (192)

cellHTS (308)

cellHTS2 (564)

CelliD (542)

cellity (648)

CellMapper (572)

CellMentor (306)

cellmig (428)

cellmigRation (455)

CellMixS (760)

cellNexus (78)

CellNOptR (792)

cellscape (405)

CellScore (263)

CellTrails (659)

cellTree (289)

cellxgenedp (469)

CEMiTool (712)

censcyt (504)

Cepo (646)

ceRNAnetsim (435)

CeTF (669)

CexoR (778)

CFAssay (431)

cfdnakit (530)

cfDNAPro (604)

cfTools (245)

CGEN (522)

CGHbase (1030)

CGHcall (978)

cghMCR (724)

CGHnormaliter (682)

CGHregions (663)

CGRphylo2 (92)

ChAMP (1321)

CHARGE (81)

charm (269)

ChemmineOB (807)

ChemmineR (1503)

CHETAH (610)

chevreulPlot (343)

chevreulProcess (449)

chevreulShiny (470)

ChIC (130)

Chicago (672)

chihaya (579)

chimera (312)

chimeraviz (810)

ChIPanalyser (668)

ChIPComp (511)

chipenrich (762)

ChIPexoQual (708)

ChIPpeakAnno (1565)

ChIPQC (938)

ChIPseeker (3352)

chipseq (1292)

ChIPseqR (823)

ChIPSeqSpike (120)

ChIPsim (754)

ChIPXpress (549)

chopsticks (646)

chroGPS (268)

Chromatograms (395)

chromDraw (515)

ChromHeatMap (738)

ChromoViz (81)

chromPlot (673)

ChromSCape (724)

chromstaR (454)

chromswitch (226)

chromVAR (1864)

CHRONOS (546)

cicero (874)

cigarillo (15438)

CIMICE (477)

CINdex (327)

circRNAprofiler (746)

CircSeqAlignTk (431)

cisPath (251)

CiteFuse (639)

CLAMP (123)

ClassifyR (936)

cleanUpdTSeq (910)

CleanUpRNAseq (495)

cleaver (817)

clevRvis (432)

clippda (697)

clipper (870)

cliProfiler (515)

cliqueMS (531)

Clomial (498)

Clonality (273)

ClonalSim (297)

clonotypeR (202)

clst (592)

clstutils (610)

CluMSID (545)

ClustAll (439)

clustComp (530)

clusterExperiment (896)

ClusterFoldSimilarity (427)

ClusterGVis (405)

ClusterJudge (557)

clusterProfiler (26269)

clusterSeq (585)

ClusterSignificance (545)

clusterStab (677)

clustifyr (733)

ClustIRR (458)

clustSIGNAL (413)

CMA (795)

cmapR (995)

cn.farms (827)

cn.mops (990)

CNAnorm (600)

CNEr (2259)

CNORdt (522)

CNORfeeder (720)

CNORfuzzy (648)

CNORode (579)

CNPBayes (166)

CNTools (686)

CNVfilteR (597)

CNVgears (136)

cnvGSA (600)

CNViz (431)

CNVMetrics (533)

CNVPanelizer (652)

CNVRanger (649)

CNVrd2 (760)

CNVtools (177)

cobindR (225)

CoCiteStats (585)

COCOA (729)

codelink (974)

CODEX (749)

coexnet (178)

CoGAPS (738)

cogena (783)

cogeqc (560)

Cogito (460)

coGPS (604)

COHCAP (242)

cola (839)

comapr (482)

combi (539)

coMET (347)

coMethDMR (575)

compartmap (258)

COMPASS (574)

compcodeR (855)

CompensAID (312)

compEpiTools (810)

CompGO (206)

ComplexHeatmap (21287)

CompoundDb (927)

ComPrAn (396)

compSPOT (357)

CONCERTDR (6)

conclus (95)

concordexR (491)

condcomp (32)

condiments (618)

CONFESS (701)

consensus (497)

ConsensusClusterPlus (3430)

consensusDE (339)

consensusOV (692)

consensusSeekeR (661)

consICA (537)

CONSTANd (470)

contiBAIT (396)

conumee (744)

convert (758)

copa (656)

COPDSexualDimorphism (45)

copynumber (452)

CopyNumber450k (99)

CopyNumberPlots (624)

CopywriteR (301)

Coralysis (403)

coRdon (776)

CoRegFlux (74)

CoRegNet (319)

CoreGx (944)

Cormotif (614)

CorMut (151)

coRNAi (168)

CorNetto (5)

corral (555)

CORREP (279)

coseq (704)

CoSIA (468)

cosmiq (608)

cosmo (137)

cosmoGUI (80)

cosmosR (533)

COSNet (536)

COTAN (531)

CountClust (181)

countsimQC (814)

covEB (527)

CoverageView (662)

covRNA (571)

CPSM (424)

cpvSNP (711)

cqn (855)

CrcBiomeScreen (292)

CRImage (882)

CRISPRball (417)

crisprBase (609)

crisprBowtie (547)

crisprBwa (375)

crisprDesign (641)

crisprScore (644)

CRISPRseek (725)

crisprseekplus (234)

crisprShiny (411)

CrispRVariants (828)

crisprVerse (444)

crisprViz (611)

crlmm (1157)

CrossICC (53)

crossmeta (338)

crumblr (409)

crupR (459)

CSAR (693)

csaw (1222)

csdR (398)

CSOA (357)

CSSP (208)

CSSQ (590)

ctc (767)

CTdata (550)

CTDquerier (765)

CTexploreR (527)

ctgGEM (97)

cTRAP (717)

ctsGE (594)

CTSV (434)

cummeRbund (588)

CuratedAtlasQueryR (339)

customCMPdb (496)

customProDB (622)

CVE (124)

cyanoFilter (533)

cycle (651)

cydar (696)

cypress (468)

CySA (12)

CytoDx (461)

cytofast (85)

cytofkit (144)

CyTOFpower (466)

cytofQC (447)

CytoGLMM (466)

cytoKernel (495)

cytolib (3316)

cytomapper (926)

CytoMDS (474)

cytoMEM (476)

CytoML (1305)

CytoPipeline (529)

CytoPipelineGUI (424)

CytoTree (90)

cytoviewer (538)

D

dada2 (3542)

dagLogo (852)

daMA (703)

DAMEfinder (704)

damidBind (396)

DaMiRseq (799)

Damsel (474)

dandelionR (346)

DAPAR (748)

DaparToolshed (93)

dar (466)

DART (692)

DASC (17)

DASiR (109)

dasper (126)

DAssemble (76)

DAVIDQuery (119)

daVis (116)

DBChIP (259)

dbSequence (80)

dcanr (720)

DCATS (430)

dce (243)

dcGSA (441)

DChIPRep (211)

ddCt (737)

ddgraph (151)

ddPCRclust (559)

dearseq (611)

debCAM (284)

debrowser (714)

decemedip (337)

DECIPHER (4167)

deco (198)

DEComplexDisease (185)

decompTumor2Sig (578)

DeconRNASeq (628)

decontam (2557)

decontX (956)

DeconvoBuddies (487)

deconvR (619)

decoupleR (3080)

DEDS (336)

DeeDeeExperiment (461)

DeepBlueR (260)

DeepPINCS (451)

deepSNV (983)

DeepTarget (419)

DEFormats (793)

DegCre (459)

DegNorm (612)

DEGraph (493)

DEGreport (1163)

DEGseq (788)

DelayedArray (50853)

DelayedDataFrame (576)

DelayedMatrixStats (17559)

DelayedRandomArray (453)

DelayedTensor (517)

DELocal (478)

deltaCaptureC (496)

deltaGseg (534)

DeMAND (406)

DeMixT (652)

demuxmix (499)

demuxSNP (507)

DenoIST (326)

densvis (967)

DEP (922)

DepecheR (562)

DepInfeR (469)

DeProViR (40)

DEqMS (817)

derfinder (1254)

derfinderHelper (968)

derfinderPlot (848)

DEScan2 (754)

DESeq (1010)

DESeq2 (28411)

DEsingle (610)

DESpace (666)

destiny (1691)

DEsubs (725)

DEWSeq (640)

DExMA (528)

DEXSeq (2369)

dexus (235)

DFP (671)

DFplyr (416)

DIAlignR (169)

DiffBind (2027)

diffcoexp (515)

diffcyt (933)

DifferentialRegulation (515)

diffGeneAnalysis (491)

diffHic (901)

DiffLogo (551)

diffloop (305)

diffuStats (551)

diffUTR (577)

diggit (541)

Dino (542)

dinoR (449)

dir.expiry (11623)

Director (174)

DirichletMultinomial (5570)

discordant (564)

DiscoRhythm (628)

distinct (657)

dittoSeq (1558)

divergence (499)

dks (477)

DMCFB (583)

DMCHMM (591)

dmGsea (432)

DMRcaller (812)

DMRcate (1552)

DMRforPairs (306)

DMRScan (725)

dmrseq (927)

DNABarcodeCompatibility (423)

DNABarcodes (577)

DNAcopy (4420)

DNAcycP2 (396)

dnaEPICO (158)

DNAfusion (603)

DNaseR (61)

DNAshapeR (756)

DNEA (396)

domainsignatures (176)

dominatR (341)

DominoEffect (587)

dominoSignal (460)

doppelgangR (663)

DOQTL (217)

Doscheda (677)

DOSE (25621)

doseR (610)

DOtools (360)

DOTSeq (359)

doubletrouble (588)

dpeak (133)

drawProteins (579)

dreamlet (744)

DRIMSeq (961)

DriverNet (506)

DropletUtils (3462)

drugfindR (329)

drugTargetInteractions (465)

DrugVsDisease (682)

dSimer (141)

DspikeIn (480)

DSS (1394)

dStruct (465)

DTA (519)

dualKS (303)

DuckDBArray (34)

DuckDBDataFrame (23)

DuckDBGRanges (27)

DuckDBSpatial (15)

Dune (433)

DupChecker (122)

DuplexDiscovereR (410)

dupRadar (614)

dyebias (785)

DynDoc (2162)

E

easier (652)

EasyCellType (513)

easylift (444)

EasyqpcR (218)

easyreporting (555)

easyRNASeq (791)

EBarrays (1027)

EBcoexpress (684)

EBImage (3539)

EBSEA (479)

EBSeq (933)

EBSeqHMM (223)

ecolitk (832)

EDASeq (2205)

edd (137)

EDDA (213)

edge (689)

edgeR (28038)

EDIRquery (419)

eds (549)

eegc (271)

EGAD (578)

EGSEA (866)

eiR (611)

eisa (375)

eisaR (666)

ELBOW (215)

ELMER (675)

ELViS (433)

EMDomics (600)

EMMA (120)

EmpiricalBrownsMethod (513)

EMTscore (86)

ENCODExplorer (164)

EnhancedVolcano (6792)

enhancerHomologSearch (569)

EnMCB (606)

ENmix (877)

EnrichDO (440)

EnrichedHeatmap (1639)

EnrichmentBrowser (1141)

enrichplot (26956)

enrichTF (203)

enrichViewNet (479)

ensembldb (9793)

ensemblVEP (284)

ENVISIONQuery (181)

epialleleR (586)

EpiCompare (556)

epidecodeR (510)

EpiDISH (1454)

epigenomix (736)

epigraHMM (683)

epihet (130)

EpiMix (582)

epimutacions (585)

epiNEM (644)

EpipwR (308)

epiregulon (453)

epiregulon.extra (479)

epiRomics (258)

epiSeeker (367)

epistack (593)

epistasisGA (468)

EpiTxDb (612)

epivizr (862)

epivizrChart (700)

epivizrData (691)

epivizrServer (546)

epivizrStandalone (623)

erccdashboard (770)

erma (390)

ERSSA (615)

esATAC (853)

escape (908)

escheR (643)

esetVis (690)

eudysbiome (722)

evaluomeR (558)

EventPointer (659)

EWCE (750)

ExCluster (434)

ExiMiR (754)

exomeCopy (537)

exomePeak (270)

exomePeak2 (236)

exonmap (85)

ExperimentHub (9752)

ExperimentHubData (1019)

ExperimentSubset (537)

explorase (175)

ExploreModelMatrix (660)

exploreSE (31)

ExpoRiskR (268)

ExpressionAtlas (635)

ExpressionView (267)

exprExternal (34)

externalVector (76)

extraChIPs (641)

F

fabia (734)

facopy (208)

factDesign (717)

factR (453)

faers (536)

FamAgg (635)

famat (613)

Fancy (12)

farms (347)

fastLiquidAssociation (583)

FastqCleaner (684)

fastRanges (341)

fastreeR (496)

fastseg (1575)

fbat (90)

FCBF (206)

fCCAC (719)

fCI (559)

fcoex (174)

fcScan (505)

fdrame (572)

FEAST (693)

FeatSeekR (392)

fedup (503)

FELLA (769)

FEM (187)

fenr (477)

ffpe (690)

fgga (509)

FGNet (744)

fgsea (25764)

FilterFFPE (583)

findIPs (431)

FindIT2 (596)

FindMyFriends (206)

FinfoMDS (309)

FISHalyseR (478)

fishash (53)

fishpond (1146)

FitHiC (384)

flagme (625)

FLAMES (608)

flipflop (182)

flowAI (1040)

flowBeads (682)

flowBin (636)

flowcatchR (814)

flowCHIC (648)

flowCL (218)

flowClean (761)

flowClust (1927)

flowCore (3928)

flowCut (689)

flowCyBar (448)

flowDensity (863)

flowFit (182)

flowFlowJo (125)

flowFP (974)

flowGate (481)

flowGraph (484)

flowMap (329)

flowMatch (754)

flowMeans (891)

flowMerge (702)

flowPeaks (686)

flowPhyto (112)

flowPloidy (542)

flowPlots (484)

flowQ (254)

flowQB (181)

FlowRepositoryR (173)

FlowSOM (1753)

flowSpecs (658)

flowSpy (77)

flowStats (1463)

flowTime (621)

flowTrans (649)

flowType (260)

flowUtils (350)

flowViz (1992)

flowVS (730)

flowWorkspace (2347)

fmcsR (859)

fmrs (409)

fobitools (565)

focalCall (155)

FoldGO (230)

FourCSeq (284)

fourSynergy (351)

fRagmentomics (349)

fraq (270)

FRASER (754)

frenchFISH (322)

FRGEpistasis (431)

frma (829)

frmaTools (664)

FScanR (101)

FunChIP (243)

FunciSNP (291)

funOmics (333)

funtooNorm (615)

FuseSOM (519)

G

G4SNVHunter (427)

GA4GHclient (562)

GA4GHshiny (536)

gaga (737)

gage (1590)

gaggle (359)

gaia (214)

GAPGOM (132)

GAprediction (439)

garfield (404)

GARS (536)

GateFinder (522)

gatom (516)

gaucho (126)

GBScleanR (478)

gcapc (806)

gcatest (512)

gCMAP (229)

gCMAPWeb (242)

GCPtools (579)

gCrisprTools (860)

gcrma (1938)

GCSConnection (66)

GCSFilesystem (54)

GCSscore (187)

GDCRNATools (834)

gDNAx (494)

gDR (387)

gDRcore (427)

gDRimport (507)

gDRstyle (470)

gDRutils (416)

GDSArray (568)

gdscloud (5)

gdsfmt (2920)

GeDi (381)

geecc (166)

GEM (514)

gemini (462)

gemma.R (547)

genArise (591)

genbankr (363)

GENE.E (95)

gene2pathway (77)

GeneAccord (155)

GeneAnswers (293)

geneAttribution (572)

GeneBreak (724)

geneClassifiers (565)

geneClusterPattern (5)

GeneExpressionSignature (749)

genefilter (13556)

genefu (1254)

GeneGA (326)

GeneGeneInteR (297)

GeneGroupAnalysis (45)

GeneMeta (956)

GeneNetworkBuilder (869)

GeneOverlap (1392)

geneplast (660)

geneplotter (4194)

GeneR (111)

geneRecommender (600)

GeneRegionScan (967)

GeneRfold (35)

geneRxCluster (575)

GeneSelectMMD (690)

GeneSelector (236)

GENESIS (1136)

GeneSpring (93)

GeneStructureTools (630)

geNetClassifier (769)

GeneticsBase (82)

GeneticsDesign (176)

GeneticsPed (495)

GeneTonic (755)

GeneTraffic (83)

GeneTS (70)

geneXtendeR (594)

GENIE3 (1945)

genoCN (293)

GenoGAM (235)

genomation (1454)

GenomAutomorphism (530)

GenomeBase (30)

GenomeGraphs (282)

GenomeInfoDb (33597)

genomeIntervals (774)

genomes (503)

GenomicAlignments (23777)

GenomicCoordinates (261)

GenomicDataCommons (1560)

GenomicDistributions (658)

GenomicFeatures (17077)

GenomicFiles (1473)

genomicInstability (482)

GenomicInteractionNodes (462)

GenomicInteractions (1124)

GenomicOZone (563)

GenomicPlot (524)

GenomicRanges (50500)

GenomicScores (1205)

GenomicSuperSignature (674)

GenomicTuples (703)

Genominator (272)

genoset (288)

genotypeeval (236)

GenoView (68)

genphen (207)

GenProSeq (359)

GenRank (104)

GenVisR (911)

GeoDiff (553)

GEOexplorer (200)

GEOfastq (316)

GEOmetadb (804)

geomeTriD (464)

GeomxTools (824)

GEOquery (14067)

GEOsearch (84)

GEOsubmission (588)

GeoTcgaData (557)

gep2pep (467)

gesel (84)

gespeR (331)

getDEE2 (409)

geva (494)

GEWIST (459)

GExPipe (120)

geyser (385)

gff3Plotter (39)

gg4way (486)

GGBase (355)

ggbio (2877)

ggcyto (1778)

ggkegg (781)

ggmanh (582)

ggmsa (1019)

GGPA (503)

ggsc (476)

ggseqalign (358)

ggspavis (905)

GGtools (418)

ggtree (30744)

ggtreeDendro (397)

ggtreeExtra (2341)

ggtreeSpace (359)

GIGSEA (433)

ginmappeR (364)

gINTomics (439)

girafe (598)

GISPA (241)

GLAD (857)

GladiaTOX (535)

Glimma (1490)

glmGamPoi (6207)

glmSparseNet (657)

GlobalAncova (1759)

globalSeq (536)

globaltest (2485)

GloScope (475)

glycoTraitR (290)

gmapR (564)

GmicR (580)

gmoviz (687)

GMRP (628)

GNET2 (351)

GNOSIS (471)

GOaGO (335)

goatea (400)

goCluster (31)

GOexpress (790)

GOfan (284)

GOfuncR (654)

GOFunction (278)

GoogleGenomics (138)

GOpro (693)

goProfiles (831)

GOSemSim (24473)

goseq (2002)

GOSim (342)

goSorensen (458)

goSTAG (684)

GOstats (2076)

GOsummaries (289)

GOTHiC (917)

goTools (664)

GPA (380)

gpart (186)

GPlinksR (66)

gpls (842)

gprege (214)

gpuMagic (242)

gQTLBase (208)

gQTLstats (214)

GrafGen (469)

gramm4R (53)

GRaNIE (784)

granulator (185)

graper (486)

graph (22860)

GraphAlignment (498)

GraphAT (767)

GraphExperiment (326)

graphite (6187)

GraphPAC (319)

GRENITS (494)

GreyListChIP (1616)

GRmetrics (646)

groHMM (859)

growkar (10)

GRridge (228)

GSABenchmark (273)

GSALightning (507)

GSAR (781)

GSCA (620)

gscreend (564)

GSEABase (11805)

GSEABenchmarkeR (634)

GSEAlens (49)

GSEAlm (810)

GSEAmining (484)

gsean (547)

GSgalgoR (520)

GSReg (611)

GSRI (714)

GSVA (11254)

gtrellis (737)

GUIDEseq (945)

Guitar (774)

gVenn (377)

Gviz (4037)

GWAS.BAYES (514)

gwascat (1224)

GWASTools (1317)

gwasurvivr (543)

GWENA (603)

gypsum (4609)

H

h5mread (13330)

h5vc (1039)

hammers (298)

hapFabia (658)

Harman (764)

HarmonizR (401)

Harshlight (448)

hca (207)

HCABrowser (88)

HCAExplorer (54)

HCAMatrixBrowser (32)

HCsnip (163)

HDF5Array (17961)

HDTD (426)

hdxmsqc (495)

heatmaps (889)

Heatplus (905)

HelloRanges (726)

HELP (694)

HEM (700)

hermes (653)

HERON (457)

Herper (359)

hexbin (139)

HGC (423)

hiAnnotator (379)

HIBAG (686)

HicAggR (482)

HiCaptuRe (390)

HiCBricks (772)

HiCcompare (900)

HiCDCPlus (564)

HiCDOC (570)

HiCExperiment (568)

HiContacts (667)

HiCool (284)

HiCParser (363)

HiCPotts (350)

hicrep (73)

hicVennDiagram (438)

hierGWAS (559)

hierinf (349)

HilbertCurve (728)

HilbertVis (778)

HilbertVisGUI (290)

HiLDA (643)

hipathia (768)

HIPPO (449)

hiReadsProcessor (336)

HIREewas (519)

HiSpaR (231)

HistoImagePlot (309)

HiTC (928)

hmdbQuery (437)

HMMcopy (859)

HoloFoodR (430)

hoodscanR (519)

hopach (1054)

HPAanalyze (675)

hpar (1096)

HPAStainR (78)

HPiP (522)

HTqPCR (849)

HTSanalyzeR (283)

HTSeqGenie (172)

htSeqTools (267)

HTSFilter (910)

HuBMAPR (394)

HubPub (948)

HumanTranscriptomeCompendium (219)

hummingbird (506)

HVP (362)

HybridExpress (449)

HybridMTest (593)

hypeR (469)

hyperdraw (648)

hypergraph (718)

I

iASeq (433)

iasva (545)

iBBiG (431)

Ibex (354)

ibh (527)

iBMQ (414)

iCARE (542)

Icens (953)

icetea (644)

iCheck (620)

iChip (694)

iClusterPlus (732)

iCNV (513)

iCOBRA (941)

ideal (873)

IdeoViz (677)

idiogram (916)

IdMappingAnalysis (217)

IdMappingRetrieval (182)

idpr (571)

idr2d (586)

IFAA (353)

iFlow (52)

igblastr (742)

iGC (583)

IgGeneUsage (528)

igvR (773)

igvShiny (515)

IHW (1592)

illuminaio (3750)

ILoReg (566)

ImageArray (334)

imageFeatureTCGA (259)

imageHTS (367)

imageTCGA (359)

imageTCGAutils (319)

IMAS (422)

imcRtools (818)

Imetagene (169)

IMMAN (438)

immApex (794)

immGLIPH (91)

immLynx (288)

immReferent (384)

ImmuneSpaceR (245)

immunoClust (671)

immunogenViewer (343)

immunotation (431)

iModMix (302)

IMPCdata (393)

ImpulseDE (80)

ImpulseDE2 (115)

impute (12947)

INDEED (392)

iNETgrate (506)

infercnv (2280)

infinityFlow (523)

Informeasure (412)

InPAS (892)

INPower (522)

inSilicoDb (160)

inSilicoMerging (110)

INSPEcT (892)

INTACT (413)

InTAD (623)

intansv (728)

interacCircos (366)

InteractionSet (2138)

InteractiveComplexHeatmap (901)

interactiveDisplay (674)

interactiveDisplayBase (2606)

InterCellar (551)

IntEREst (726)

InterMineR (292)

IntOMICS (70)

IntramiRExploreR (509)

inveRsion (190)

IONiseR (764)

iontree (130)

iPAC (357)

iPath (415)

ipdDb (538)

IPO (620)

IPPD (207)

IRanges (61016)

IRISFGM (138)

IrisSpatialFeatures (39)

ISAnalytics (622)

iscream (422)

iSEE (996)

iSEEde (491)

iSEEfier (413)

iSEEhex (498)

iSEEhub (564)

iSEEid (103)

iSEEindex (464)

iSEEpathways (490)

iSEEtree (488)

iSEEu (638)

iSeq (516)

ISLET (491)

islify (369)

iSNetwork (48)

isobar (869)

IsoBayes (456)

IsoCorrectoR (508)

IsoCorrectoRGUI (439)

IsoformSwitchAnalyzeR (1106)

IsoGeneGUI (355)

ISoLDE (433)

isomiRs (775)

iSPlot (48)

ITALICS (698)

iterativeBMA (578)

iterativeBMAsurv (477)

iterClust (177)

iteremoval (129)

IVAS (691)

ivygapSE (500)

IWTomics (586)

J

jazzPanda (490)

jmosaics (111)

joda (220)

JunctionSeq (171)

jvecfor (251)

K

karyoploteR (1668)

katdetectr (544)

KBoost (347)

KCsmart (767)

kebabs (831)

KEGGemUP (52)

KEGGgraph (6155)

KEGGlincs (641)

keggorth (50)

keggorthology (881)

KEGGprofile (221)

KEGGREST (40815)

KEGGSOAP (119)

kimod (109)

KinSwingR (489)

kissDE (572)

kmcut (381)

KnowSeq (539)

knowYourCG (314)

koinar (383)

L

LACE (652)

LACHESIS (379)

lapmix (366)

LBE (720)

lcmsPlot (330)

ldblock (592)

LEA (1162)

leapR (262)

LedPred (461)

lefser (1064)

lemur (534)

les (671)

levi (484)

lfa (570)

Lheuristic (316)

limma (40106)

limmaGUI (847)

limpa (453)

limpca (459)

LimROTS (416)

LINC (138)

LineagePulse (187)

lineagespot (410)

LinkHD (538)

linkSet (183)

Linnorm (818)

LinTInd (245)

lionessR (623)

LIPIDIFy (1)

lipidr (625)

LipidTrend (323)

LiquidAssociation (609)

lisaClust (607)

lmdme (624)

LMGene (325)

lncRna (294)

LOBSTAHS (562)

loci2path (565)

logicFS (661)

logitT (296)

Logolas (116)

lol (149)

LOLA (816)

looking4clusters (353)

LoomExperiment (912)

LowMACA (245)

LPE (650)

LPEadj (294)

lpNet (514)

lpsymphony (1702)

LRBaseDbi (532)

LRcell (521)

LRDE (243)

lumi (1992)

lute (100)

LVSmiRNA (240)

LymphoSeq (649)

M

M3C (875)

M3D (209)

M3Drop (794)

m6Aboost (516)

maanova (392)

Maaslin2 (1400)

maaslin3 (657)

Macarron (420)

macat (466)

maCorrPlot (608)

MACPET (167)

MACSQuantifyR (468)

MACSr (503)

maDB (149)

made4 (991)

MADSEQ (390)

maftools (3090)

MAGAR (517)

MAGeCKFlute (313)

magpie (532)

magrene (467)

MAI (514)

maigesPack (451)

MAIT (582)

makecdfenv (996)

makePlatformDesign (56)

MANOR (634)

manta (261)

MantelCorr (559)

MAPFX (457)

mAPKL (294)

maPredictDSC (533)

mapscape (499)

mariner (449)

markeR (421)

marr (540)

marray (2752)

martini (544)

maser (738)

maSigPro (992)

maskBAD (656)

MassArray (503)

massiR (689)

MassSpecWavelet (2669)

MAST (3213)

mastR (599)

matchBox (471)

matchprobes (107)

MatrixGenerics (46682)

MatrixQCvis (582)

MatrixRider (641)

matter (896)

MaxContrastProjection (97)

MBAmethyl (408)

MBASED (680)

MBCB (527)

MBECS (493)

mbkmeans (1149)

mbOmic (55)

mBPCR (722)

MBQN (510)

mbQTL (395)

MBttest (625)

mcaGUI (210)

MCbiclust (781)

MCRestimate (232)

mCSEA (732)

mdgsa (238)

mdp (555)

mdqc (603)

MDSvis (267)

MDTS (477)

MEAL (782)

MeasurementError.cor (476)

MEAT (698)

MEB (556)

MEDIPS (850)

MEDME (675)

megadepth (540)

MEIGOR (603)

Melissa (339)

MeLSI (266)

memes (633)

MergeMaid (324)

Mergeomics (602)

MeSHDbi (772)

meshes (675)

meshr (773)

MeSHSim (66)

MesKit (678)

messina (639)

metaArray (306)

Metab (276)

metabCombiner (546)

metabinR (528)

MetaboAnnotation (673)

MetaboAnnotatoR (279)

MetaboCoreUtils (3505)

MetaboDynamics (415)

metabolomicsWorkbenchR (593)

metabom8 (315)

metabomxtr (583)

MetaboSignal (758)

metaCCA (452)

MetaCyto (519)

MetaDICT (359)

metagene (439)

metagene2 (734)

metagenomeFeatures (192)

metagenomeSeq (2475)

metahdep (479)

metaMS (772)

MetaNeighbor (380)

MetaPathNet (66)

MetaPhOR (501)

metapod (7855)

metapone (533)

MetaProViz (333)

metaSeq (700)

metaseqR (285)

metaseqR2 (727)

metavizr (216)

MetaVolcanoR (158)

metaX (48)

MetCirc (600)

MethCP (152)

methimpute (633)

methInheritSim (603)

methodical (429)

MethPed (804)

MethReg (516)

methrix (735)

MethTargetedNGS (517)

methVisual (240)

methyAnalysis (306)

MethylAid (841)

methylCC (723)

methylclock (676)

methylGSA (725)

methyLImp2 (412)

methylInheritance (672)

methylKit (1511)

MethylMix (736)

methylMnM (800)

methylPipe (785)

methylscaper (582)

MethylSeekR (860)

methylSig (602)

methylumi (2308)

methyvim (118)

MetID (481)

MetMashR (455)

MetNet (722)

mfa (342)

Mfuzz (1978)

MGFM (690)

MGFR (586)

MGnifyR (505)

mgsa (619)

mia (2564)

miaDash (392)

miaSim (497)

miaTime (483)

miaViz (851)

MiChip (632)

microbiome (2694)

microbiomeDASim (471)

microbiomeExplorer (568)

microbiomeMarker (446)

MicrobiomeProfiler (479)

MicrobiotaProcess (949)

microRNA (1339)

microSTASIS (107)

MICSQTL (462)

midasHLA (439)

MIGSA (239)

miloR (1771)

mimager (622)

MIMOSA (250)

mina (460)

MineICA (572)

minet (1294)

minfi (3403)

MinimumDistance (886)

MiPP (674)

miQC (671)

MIRA (669)

MiRaGE (887)

miRBaseConverter (711)

miRcomp (710)

mirIntegrator (709)

MIRit (474)

miRLAB (664)

miRmine (288)

miRNAmeConverter (517)

miRNApath (534)

miRNAtap (699)

miRSM (673)

miRsponge (68)

miRspongeR (573)

Mirsynergy (162)

mirTarRnaSeq (582)

missMethyl (1655)

missRows (540)

mist (379)

mistyR (543)

mitch (516)

mitoClone2 (508)

mitology (452)

mitoODE (149)

mixOmics (4710)

MLInterfaces (1320)

mlm4omics (43)

MLP (914)

MLSeq (727)

MMAPPR2 (113)

MMDiff (160)

MMDiff2 (750)

mmgmos (48)

mmnet (112)

MmPalateMiRNA (246)

MMUPHin (637)

mnem (700)

moanin (437)

mobileRNA (439)

MobilityTransformR (103)

MODA (504)

ModCon (380)

Modstrings (649)

MOFA (83)

MOFA2 (1640)

MOGAMUN (428)

mogsa (814)

MoleculeExperiment (431)

MOMA (655)

monaLisa (801)

monocle (3960)

Moonlight2R (551)

MoonlightR (773)

MoPS (159)

mosaics (897)

mosbi (371)

MOSClip (448)

mosdef (699)

MOSim (736)

Motif2Site (552)

motifbreakR (653)

motifcounter (385)

MotifDb (1558)

motifmatchr (2269)

MotifPeeker (344)

motifRG (240)

motifStack (1438)

motifTestR (479)

MotIV (301)

MouseFM (497)

MPAC (359)

MPFE (410)

mpra (711)

MPRAnalyze (524)

MQmetrics (127)

mQTL.NMR (148)

msa (2503)

MSA2dist (532)

MsBackendMassbank (501)

MsBackendMassIVE (62)

MsBackendMetaboLights (365)

MsBackendMetabolomicsWorkbench (59)

MsBackendMgf (1144)

MsBackendMsp (730)

MsBackendRawFileReader (490)

MsBackendSql (512)

MsCoreUtils (4491)

MsDataHub (571)

MSEADbi (36)

MsExperiment (1995)

MsFeatures (2204)

msgbsR (583)

MSGFgui (217)

MSGFplus (171)

msImpute (565)

mslp (331)

msmsEDA (696)

msmsTests (735)

MSnbase (4742)

MSnID (960)

mspms (483)

MSPrep (401)

msPurity (584)

msqrob2 (757)

MsQuality (522)

MsStash (70)

MSstats (1274)

MSstatsBig (368)

MSstatsBioNet (399)

MSstatsConvert (981)

MSstatsLiP (575)

MSstatsLOBD (405)

MSstatsPTM (715)

MSstatsQC (562)

MSstatsQCgui (391)

MSstatsResponse (406)

MSstatsSampleSize (162)

MSstatsShiny (492)

MSstatsTMT (828)

MSstatsTMTPTM (45)

MSTree (71)

MTseeker (66)

MuData (541)

Mulcom (670)

MultiAssayExperiment (8467)

MultiAssaySpatialExperiment (10)

MultiBaC (483)

multiClust (651)

multicrispr (607)

MultiDataSet (2419)

multiGSEA (595)

multiHiCcompare (762)

MultiMed (543)

multiMiR (1256)

MultimodalExperiment (522)

MultiOmicsBridge (111)

multiOmicsViz (228)

MultipleAlignment (126)

multipointR (58)

MultiRNAflow (507)

multiscan (647)

multiSight (127)

multistateQTL (412)

multiWGCNA (492)

multtest (12826)

mumosa (562)

MungeSumstats (1022)

muscat (1598)

muscle (831)

musicatk (676)

MutationalPatterns (1007)

mutscan (418)

MutSeqR (366)

MVCClass (635)

mvGST (140)

MWASTools (720)

mygene (852)

myvariant (652)

mzID (4003)

mzR (4868)

N

NADfinder (804)

NanoMethViz (615)

NanoStringDiff (580)

NanoStringNCTools (939)

NanoStringQCPro (245)

nanotatoR (178)

NanoTube (561)

NarrowPeaks (230)

NBAMSeq (520)

NBSplice (162)

ncdfFlow (2160)

ncGTW (536)

NCIgraph (425)

ncRNAtools (530)

ndexr (466)

neaGUI (115)

nearBynding (371)

Nebulosa (1729)

NeighborNet (173)

nem (459)

nempi (479)

NetActivity (479)

netbenchmark (129)

netbiov (296)

netboost (442)

netboxr (120)

netDx (145)

nethet (645)

netOmics (125)

NetPathMiner (562)

netprioR (406)

netReg (96)

netresponse (705)

NetSAM (634)

netSmooth (671)

networkBMA (224)

netZooR (224)

NeuCA (155)

NewWave (496)

NGScopy (156)

ngsReports (633)

nipalsMCIA (536)

nnNorm (642)

nnSVG (657)

NOISeq (1072)

nondetects (622)

NoRCE (591)

normalize450K (597)

NormalyzerDE (734)

NormqPCR (683)

normr (797)

normScore (6)

notame (402)

notameStats (325)

notameViz (361)

NPARC (554)

npGSEA (715)

NTW (502)

nucleoSim (588)

nucleR (890)

nuCpos (501)

nudge (210)

nullranges (661)

NuPoP (601)

NxtIRFcore (139)

O

OAtools (277)

occugene (493)

OCplus (813)

octad (520)

ODER (106)

odseq (488)

OGRE (516)

OGSA (165)

oligo (3519)

oligoClasses (2984)

OLIN (845)

OLINgui (659)

omada (303)

OmaDB (606)

omicade4 (759)

OmicCircos (704)

omicplotR (470)

omicRexposome (677)

omicsGMF (380)

OmicsLonDA (176)

OmicsMarkeR (148)

OmicsMLRepoR (290)

OMICsPCA (654)

omicsPrint (752)

omicsViewer (525)

Omixer (455)

OmnipathR (2236)

ompBAM (480)

omXplore (427)

Onassis (150)

oncomix (537)

oncoscanR (462)

OncoScore (589)

OncoSimulR (618)

oneChannelGUI (265)

oneSENSE (154)

onlineFDR (405)

ontoCAT (174)

ontoProc (702)

ontoProc2 (76)

ontoTools (143)

openCyto (1712)

openPrimeR (716)

openPrimeRui (196)

OpenStats (381)

OperaMate (79)

oposSOM (646)

oppar (753)

oppti (178)

optimalFlow (471)

OPWeight (544)

OrderedList (683)

ORFhunteR (519)

ORFik (849)

Organism.dplyr (453)

OrganismDbi (3067)

orthogene (1088)

orthos (487)

OSAT (610)

Oscope (667)

OSTA.data (427)

OTUbase (759)

OutlierD (269)

OUTRIDER (838)

OutSplice (531)

OVESEG (563)

P

PAA (810)

packFinder (561)

padma (552)

PADOG (809)

pageRank (452)

PAIRADISE (560)

paircompviz (542)

pairedGSEA (463)

pairkat (493)

pairseqsim (23)

pamr (138)

pandaR (764)

panelcn.mops (654)

PAnnBuilder (188)

PanomiR (550)

panoramic (100)

panp (823)

PANR (636)

PanViz (141)

PanVizGenerator (163)

PAPi (208)

parati (303)

pareg (117)

parglms (614)

parody (663)

partCNV (242)

PAST (593)

Path2PPI (599)

pathifier (562)

pathlinkR (513)

pathMED (232)

PathNet (555)

PathoStat (638)

pathprint (106)

pathRender (682)

pathVar (247)

pathview (5113)

pathwayPCA (588)

PathwaySplice (162)

PatientGeneSets (49)

paxtoolsr (250)

Pbase (223)

pbcmc (100)

pcaExplorer (934)

pcaGoPromoter (185)

pcaMethods (6553)

PCAN (683)

PCAtools (1573)

pcot2 (370)

PCpheno (376)

pcxn (163)

PDATK (594)

pdInfoBuilder (923)

pdmclass (273)

PeacoQC (772)

peakCombiner (352)

peakPantheR (552)

PECA (616)

peco (533)

Pedixplorer (456)

pengls (372)

PepSetTest (372)

PepsNMR (564)

pepStat (691)

pepVet (12)

pepXMLTab (512)

PERFect (156)

periodicDNA (662)

perturbatr (111)

pfamAnalyzeR (586)

PFP (103)

PGA (302)

pgca (373)

pgen2gds (70)

PGSEA (433)

pgUtils (85)

pgxRpi (306)

phantasus (702)

phantasusLite (401)

PharmacoGx (1038)

phemd (226)

phenoDist (172)

PhenoGeneRanker (311)

phenomis (412)

phenopath (725)

phenoTest (861)

PhenStat (353)

philr (741)

PhIPData (548)

phosphonormalizer (469)

PhosR (831)

phylobar (114)

PhyloProfile (568)

phyloseq (7356)

Pi (313)

piano (1222)

PICB (467)

pickgene (530)

PICS (525)

Pigengene (715)

PING (508)

PinPath (128)

pint (173)

pipeComp (635)

pipeFrame (572)

PIPETS (345)

Pirat (442)

PIUMA (465)

pkgDepTools (353)

plaid (324)

planet (664)

planttfhunter (449)

plasmut (354)

plateCore (293)

plethy (320)

plgem (820)

plier (730)

PlinkMatrix (313)

PloGO2 (153)

plotgardener (726)

plotGrouper (477)

PLPE (607)

plrs (253)

PLSDAbatch (452)

plw (278)

plyinteractions (550)

plyranges (1640)

plyxp (555)

pmm (439)

pmp (634)

PMScanR (359)

PoDCall (454)

podkat (888)

poem (441)

pogos (584)

polyester (418)

Polyfit (174)

polyICSFlow (6)

PolySTest (416)

Polytect (342)

POMA (644)

posDemux (349)

POST (102)

PostChicago (72)

postNet (428)

PoTRA (116)

PowerExplorer (89)

powerTCR (641)

POWSC (538)

ppcseq (528)

PPInfer (572)

ppiStats (411)

pqsfinder (799)

prada (338)

pram (669)

prebs (692)

preciseTAD (680)

PrecisionTrialDrawer (114)

PREDA (830)

predictionet (191)

preprocessCore (16771)

primirTSS (682)

PrInCE (552)

Prize (110)

proActiv (677)

proBAMr (681)

proBatch (596)

PROcess (664)

procoil (762)

ProCoNA (189)

proDA (785)

proFIA (196)

profileplyr (715)

profileScoreDist (532)

progeny (1609)

projectR (695)

pRoloc (1317)

pRolocGUI (741)

PROMISE (606)

PRONE (519)

PROPER (663)

PROPS (612)

Prostar (647)

prot2D (199)

proteasy (106)

ProteinBatcher (8)

proteinProfiles (443)

ProteoDisco (617)

ProteomicsAnnotationHubData (176)

ProteoMM (553)

proteoQC (181)

protGear (566)

ProtGenerics (11643)

PSEA (324)

psichomics (777)

PSICQUIC (228)

PSMatch (3393)

psygenet2r (355)

ptairMS (597)

PTMods (1022)

PubScore (105)

pulsedSilac (114)

puma (970)

PureCN (1023)

pvac (630)

pvca (800)

Pviz (655)

pwalign (8304)

PWMEnrich (952)

pwOmics (414)

pwrEWAS (128)

Q

qckitfastq (183)

qcmetrics (886)

QDNAseq (1033)

QFeatures (3982)

QFeaturesGUI (4)

qmtools (517)

qpcrNorm (690)

qpgraph (1171)

qPLEXanalyzer (672)

qrqc (321)

QRscore (386)

qsea (736)

qsmooth (609)

QSutils (625)

qsvaR (538)

QTLExperiment (442)

Qtlizer (481)

QUALIFIER (229)

quantiseqr (1461)

quantMSImageR (22)

quantro (981)

quantsmooth (1075)

QuartPAC (278)

QuasR (1251)

QuaternaryProd (400)

QUBIC (564)

queeems (266)

qusage (1090)

qvalue (24653)

R

R3CPET (681)

r3Cseq (891)

R453Plus1Toolbox (810)

R4RNA (1109)

RadioGx (645)

raer (584)

RaggedExperiment (1555)

RAIDS (482)

rain (675)

rama (328)

RamiGO (136)

ramr (556)

ramwas (732)

RandomWalkRestartMH (182)

randPack (589)

randRotation (322)

RankMap (287)

RankProd (901)

RAREsim (375)

RareVariantVis (748)

Rariant (306)

Rarr (772)

rawDiag (369)

rawrr (527)

RbcBook1 (1023)

Rbec (335)

RBedMethyl (308)

RBGL (9537)

RBioFormats (654)

RBioinf (452)

rBiopaxParser (1122)

rBLAST (451)

RBM (550)

Rbowtie (945)

Rbowtie2 (702)

RbowtieCuda (145)

RBPEqBind (3)

RBPSpecificity (94)

rbsurv (621)

Rbwa (342)

Rcade (405)

RCAS (789)

RCASPAR (449)

rcellminer (758)

rCGH (967)

Rchemcpp (215)

RchyOptimyx (204)

RcisTarget (1482)

RCM (632)

Rcollectl (153)

Rcpi (741)

RCSL (495)

Rcwl (474)

RcwlPipelines (457)

RCX (510)

RCy3 (1489)

RCyjs (636)

RCytoscape (142)

RDAVIDWebService (219)

Rdbi (103)

RdbiPgSQL (42)

rDGIdb (194)

Rdisop (1249)

RDRToolbox (604)

ReactomeContentService4R (113)

ReactomeGraph4R (99)

ReactomeGSA (648)

ReactomePA (5961)

readat (135)

ReadqPCR (692)

reb (351)

REBET (430)

rebook (490)

receptLoss (161)

reconsi (385)

recount (1106)

recount3 (1280)

recountmethylation (663)

recoup (854)

RedeR (968)

RedisParam (425)

REDseq (714)

ReducedExperiment (431)

RefNet (208)

RefPlus (484)

Rega (267)

RegEnrich (567)

regionalpcs (382)

RegionalST (532)

regioneR (2538)

regioneReloaded (496)

regionReport (793)

regsplice (602)

regutools (590)

REMP (654)

Repitools (606)

ReportingTools (1345)

reposTools (44)

RepViz (485)

ReQON (332)

ResidualMatrix (4920)

RESOLVE (484)

Resourcerer (127)

restfulSE (259)

retrofit (468)

ReUseData (361)

rexposome (862)

rfaRm (528)

Rfastp (581)

RFGeneRank (170)

RFLOMICS (509)

rflowcyt (149)

rfPred (715)

rGADEM (529)

RGalaxy (260)

rGenomeTracks (424)

Rgin (110)

RGMQL (173)

RgnTX (200)

rgoslin (542)

RGraph2js (621)

Rgraphviz (10030)

rGREAT (1337)

RGSEA (676)

rgsepd (730)

rhdf5 (24428)

rhdf5client (593)

rhdf5filters (23261)

Rhdf5lib (25493)

rhinotypeR (407)

Rhisat2 (660)

Rhtslib (24767)

rHVDM (355)

RiboCrypt (551)

RiboDiPA (564)

RiboProfiling (520)

ribor (549)

riboSeqR (803)

ribosomeProfilingQC (696)

rifi (458)

rifiComparative (394)

Rigraphlib (2303)

rigvf (278)

RImmPort (477)

Ringo (580)

Rintact (65)

RIPAT (172)

RIPSeeker (263)

Risa (409)

RITAN (554)

RIVER (593)

RJMCMCNucleosomes (644)

RLassoCox (386)

RLMM (525)

RLSeq (120)

RMAGEML (60)

Rmagpie (630)

RMAPPER (97)

RMassBank (869)

rMAT (214)

rmelting (448)

RmiR (227)

Rmmquant (552)

rmspc (475)

RmzTabM (53)

RNAAgeCalc (639)

RNAdecay (462)

rnaEditr (536)

RNAinteract (330)

RNAither (315)

RNAmodR (679)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (595)

RNAmodR.ML (620)

RNAmodR.RiboMethSeq (555)

RNAprobR (200)

RNAsense (504)

rnaseqcomp (606)

RNAseqCovarImpute (433)

rnaSeqMap (326)

RNASeqPower (553)

RNASeqR (136)

RnaSeqSampleSize (633)

RNAshapeQC (304)

RnBeads (971)

Rnits (678)

roar (760)

roastgsa (476)

ROC (1855)

ROCpAI (471)

RolDE (441)

Roleswitch (210)

Rolexa (160)

rols (1074)

ROntoTools (804)

ropls (2507)

ROSeq (635)

ROTS (737)

RPA (728)

rprimer (559)

RProtoBufLib (3238)

RpsiXML (470)

rpx (1120)

Rqc (914)

rqt (505)

rqubic (488)

rRDP (389)

Rredland (57)

RRHO (533)

rrvgo (1182)

Rsamtools (26880)

rsbml (533)

rScudo (574)

rsemmed (464)

RSeqAn (452)

rSFFreader (187)

RSNPper (70)

Rsubread (2454)

RSVSim (718)

rSWeeP (495)

rTANDEM (238)

RTCA (578)

RTCGA (965)

RTCGAToolbox (1195)

RTN (785)

RTNduals (551)

RTNsurvival (581)

RTools4TB (41)

RTopper (764)

Rtpca (516)

rtracklayer (23063)

Rtreemix (433)

rTRM (848)

rTRMui (614)

RUCova (468)

runibic (295)

Ruuid (112)

RUVcorr (582)

RUVnormalize (566)

RUVSeq (1453)

Rvisdiff (464)

RVS (520)

RWebServices (63)

rWikiPathways (807)

S

S4Arrays (47093)

S4Cartographer (85)

S4Vectors (65913)

safe (1300)

SAGElyzer (55)

sagenhaft (644)

SAGx (341)

SAIGEgds (532)

samExploreR (93)

sampleClassifier (517)

SamSPECTRAL (604)

sangeranalyseR (715)

sangerseqR (1149)

SanityR (358)

SANTA (693)

sapFinder (236)

saps (47)

SARC (115)

sarks (511)

saseR (440)

satuRn (891)

savR (172)

SBGNview (611)

sbgr (19)

SBMLR (626)

SC3 (1075)

scafari (503)

Scale4C (618)

ScaledMatrix (15615)

scAlign (113)

SCAN.UPC (807)

scanMiR (542)

scanMiRApp (575)

scAnnotatR (542)

SCANVIS (446)

SCArray (580)

SCArray.sat (433)

SCATE (123)

scater (10820)

scatterHatch (405)

scBatchQC (92)

scBFA (545)

SCBN (426)

scBubbletree (522)

scCB2 (533)

scCertify (6)

scClassifR (60)

scClassify (659)

sccomp (668)

scCompoundDE (80)

scConform (291)

scDataviz (626)

scDblFinder (4937)

scDD (771)

scDDboost (486)

scde (946)

scDesign3 (487)

scDiagnostics (483)

scDotPlot (452)

scds (1263)

scECODA (407)

SCFA (481)

scFastDE (83)

scFeatureFilter (635)

scFeatures (554)

scfind (88)

scGPS (625)

scGraphVerse (355)

schex (620)

scHiCcompare (364)

scHOT (613)

scider (457)

scifer (486)

ScISI (432)

scLANE (447)

scLang (326)

scMAGeCK (81)

scmap (1005)

scMerge (916)

scMET (524)

scmeth (650)

scMitoMut (406)

scMultiSim (526)

SCnorm (743)

scone (758)

Sconify (539)

SCOPE (570)

scoreInvHap (615)

scoup (367)

scp (675)

scPassport (243)

scPCA (604)

scPipe (665)

scQTLtools (406)

scran (8588)

scrapper (2520)

scReClassify (550)

scRecover (497)

screenCounter (458)

ScreenR (442)

scRepertoire (1265)

scRNAseqApp (519)

scruff (709)

scry (872)

scShapes (366)

scsR (212)

scTensor (632)

scTGIF (636)

scTHI (488)

scToppR (360)

scTreeViz (559)

scTypeEval (297)

scuttle (12351)

scviR (299)

SDAMS (521)

seahtrue (419)

sechm (585)

segmenter (594)

segmentSeq (884)

selectKSigs (447)

SELEX (642)

SemDist (684)

semisup (458)

SEMPLR (359)

SemSim (63)

SEPA (107)

SEPIRA (231)

seq.hotSPOT (370)

seq2pathway (565)

seqArchR (203)

seqArchRplus (181)

SeqArray (1589)

seqbias (354)

seqCAT (635)

seqCNA (259)

seqcombo (426)

SeqGate (479)

SeqGSEA (778)

Seqinfo (42822)

seqLogo (3975)

seqPattern (1467)

seqplots (286)

seqsetvis (663)

SeqSQC (759)

Seqtometry (303)

seqTools (332)

SeqVarTools (1145)

SEraster (391)

sesame (1424)

SETA (409)

SEtools (546)

sevenbridges (653)

sevenC (693)

sfi (316)

SGCP (295)

SGSeq (969)

SharedObject (582)

shiny.gosling (365)

shinybiocloader (285)

shinyDSP (420)

shinyepico (573)

shinyMethyl (811)

shinyTANDEM (168)

ShortRead (7027)

SIAMCAT (630)

SICtools (556)

sigaR (227)

SigCheck (671)

sigFeature (687)

SigFuge (413)

siggenes (4216)

sights (560)

signatureSearch (723)

signeR (740)

signet (70)

signifinder (463)

sigPathway (364)

SigsPack (577)

sigsquared (551)

sigvar (8)

SIM (654)

SIMAT (591)

SimBindProfiles (307)

SimBu (466)

SIMD (465)

SimFFPE (525)

SimiCviz (70)

similaRpeak (676)

SIMLR (765)

simona (1203)

simPIC (498)

simpleaffy (398)

simpleSeg (670)

simplifyEnrichment (1564)

simulatorAPMS (81)

simulatorZ (224)

sincell (649)

singIST (250)

single (191)

SingleCellAlleleExperiment (461)

SingleCellExperiment (21479)

SingleCellSignalR (693)

singleCellTK (964)

SingleMoleculeFootprinting (322)

SingleR (5944)

singscore (2478)

SiPSiC (381)

SISPA (205)

sitadela (505)

Site2Target (366)

sitePath (515)

sizepower (546)

SJava (60)

sketchR (463)

skewr (638)

slalom (357)

SLGI (425)

slingshot (3980)

slinky (126)

SLqPCR (513)

SMAD (453)

SMAP (352)

smartid (409)

SmartPhos (260)

SMITE (730)

smoothclust (407)

smoppix (419)

SMTrackR (314)

SNAGEE (522)

snapCGH (472)

snapcount (511)

snifter (880)

snm (592)

SNPchip (366)

SNPediaR (447)

SNPhood (906)

snpMatrix (78)

SNPRelate (2358)

snpStats (2898)

soGGi (578)

sojourner (130)

SomatiCA (128)

SomaticSignatures (778)

SOMNiBUS (495)

sosta (509)

SpaceMarkers (448)

SpacePAC (368)

SpaceTrooper (477)

spacexr (747)

spade (121)

Spaniel (655)

SpaNorm (532)

spARI (334)

sparrow (785)

SparseArray (52758)

sparseDOSSA (203)

sparseMatrixStats (18967)

sparsenetgls (446)

SparseSignatures (649)

spaSim (514)

SpatialArtifacts (385)

SpatialCPie (540)

spatialdataR (15)

spatialDE (592)

SpatialDecon (707)

SpatialExperiment (9353)

SpatialExperimentIO (453)

spatialFDA (416)

SpatialFeatureExperiment (703)

spatialHeatmap (465)

SpatialOmicsOverlay (552)

spatialSimGP (367)

spatzie (192)

speckle (1041)

specL (680)

SpeCond (658)

Spectra (3969)

SpectralTAD (571)

SpectraQL (378)

SpectraStash (6)

SpectriPy (414)

SPEM (585)

SPIA (1514)

SPIAT (606)

SPICEY (374)

spicyR (703)

SpidermiR (241)

SpiecEasi (427)

spikeLI (559)

spiky (479)

spillR (399)

spkTools (642)

splatter (1226)

splicegear (275)

SpliceImpactR (310)

splicelogic (266)

spliceR (218)

spliceSites (206)

SpliceWiz (723)

SplicingFactory (431)

SplicingGraphs (874)

SplineDV (416)

splineTCDiffExpr (7)

splineTimeR (611)

SPLINTER (672)

splots (658)

SpNeigh (309)

SPONGE (810)

spoon (387)

SpotClean (561)

SPOTlight (904)

spotSegmentation (190)

SpotSweeper (585)

spqn (562)

SPsimSeq (547)

SQLDataFrame (227)

SQUADD (241)

squallms (386)

sRACIPE (572)

SRAdb (1011)

sRAP (173)

SRGnet (116)

srnadiff (648)

sscore (396)

sscu (601)

sSeq (641)

ssize (587)

sSNAPPY (569)

SSPA (358)

ssPATHS (539)

ssrch (468)

ssviz (627)

StabMap (438)

STADyUM (363)

stageR (770)

stam (82)

STAN (287)

standR (659)

staRank (274)

StarBioTrek (270)

staRgate (364)

Starr (302)

STATegRa (893)

StatescopeR (354)

Statial (535)

statTarget (714)

STdeconvolve (149)

stepNorm (613)

stepwiseCM (140)

stJoincount (339)

stPipe (457)

strandCheckR (599)

Streamer (416)

STRINGdb (3904)

STROMA4 (268)

struct (656)

Structstrings (604)

structToolbox (639)

StructuralVariantAnnotation (695)

SubCellBarCode (562)

subSeq (750)

SUITOR (408)

SummarizedBenchmark (274)

SummarizedExperiment (47252)

Summix (362)

SuperCellCyto (418)

supersigs (487)

supraHex (484)

surfaltr (533)

SurfR (419)

survClust (353)

survcomp (2058)

survtype (475)

Sushi (306)

sva (9689)

svaNUMT (541)

SVAPLSseq (136)

svaRetro (580)

SVM2CRM (148)

SVMDO (376)

SVP (431)

SwarnSeq (12)

SWATH2stats (593)

SwathXtend (355)

swfdr (568)

SwimR (185)

switchBox (524)

switchde (578)

synapsis (508)

synapter (514)

synergyfinder (668)

SynExtend (540)

synlet (526)

SynMut (460)

syntenet (621)

systemPipeR (2056)

systemPipeShiny (567)

systemPipeTools (512)

T

tadar (466)

TADCompare (522)

tanggle (517)

TAPseq (650)

target (615)

TargetDecoy (535)

TargetScore (623)

TargetSearch (626)

TarSeqQC (265)

TaxSEA (377)

TBSignatureProfiler (676)

TCC (907)

TCGAbiolinks (6070)

TCGAbiolinksGUI (146)

TCGAutils (1370)

TCseq (948)

TDARACNE (259)

TDbasedUFE (433)

TDbasedUFEadv (459)

TEKRABber (540)

TENET (425)

TENxIO (645)

tenXplore (658)

TEQC (769)

terapadog (356)

ternarynet (538)

terraTCGAdata (433)

TFARM (516)

TFBSTools (4079)

TFEA.ChIP (840)

TFHAZ (715)

TFutils (811)

TiDEomics (125)

tidybulk (864)

tidyCoverage (484)

tidyexposomics (402)

tidyFlowCore (378)

tidyomics (367)

tidyprint (285)

tidysbml (323)

tidySingleCellExperiment (788)

tidySpatialExperiment (531)

tidySummarizedExperiment (670)

tidytof (71)

tigre (776)

TileDBArray (519)

tilingArray (944)

timecourse (868)

timeOmics (559)

timescape (404)

TimeSeriesExperiment (147)

TimiRGeN (173)

TIN (722)

TissueEnrich (740)

TitanCNA (446)

tkWidgets (2381)

tLOH (393)

TMixClust (573)

TMSig (433)

TNBC.CMS (182)

TnT (582)

TOAST (1171)

tofsims (160)

tomoda (515)

tomoseqr (457)

TOP (428)

ToPASeq (174)

topconfects (676)

topdownr (656)

topGO (2761)

toppgene (178)

ToxicoGx (687)

TPP (872)

TPP2D (572)

tpSVG (427)

tracktables (740)

trackViewer (1384)

tradeSeq (1980)

TraianProt (80)

TrajectoryGeometry (371)

TrajectoryUtils (3952)

transcriptogramer (734)

transcriptR (773)

transformGamPoi (524)

transite (445)

tRanslatome (736)

transmogR (448)

transomics2cytoscape (449)

TransView (545)

TraRe (100)

traseR (842)

Travel (39)

traviz (178)

TreeAndLeaf (618)

treeclimbR (425)

treeio (28423)

treekoR (602)

TreeSummarizedExperiment (3047)

TREG (510)

trena (281)

TReNA (16)

Trendy (612)

TRESS (543)

tricycle (927)

TrIdent (323)

triform (191)

trigger (365)

trio (677)

triplex (795)

tripr (559)

tRNA (680)

tRNAdbImport (568)

tRNAscanImport (626)

TRONCO (792)

TSAR (396)

TSCAN (1095)

tscR (130)

TSENAT (97)

tspair (278)

TSRchitect (218)

TSSi (206)

TSSr (4)

ttgsea (393)

TTMap (628)

TurboNorm (759)

TVTB (713)

tweeDEseq (656)

twilight (780)

twoddpcr (649)

txcutr (495)

txdbmaker (4956)

tximeta (2122)

tximport (4991)

TxRegInfra (93)

TypeInfo (324)

U

UCell (3262)

UCSC.utils (21502)

Ularcirc (637)

UMI4Cats (664)

uncoverappLib (589)

UNDO (679)

unifiedWMWqPCR (583)

UniProt.ws (1347)

Uniquorn (689)

universalmotif (1762)

updateObject (522)

UPDhmm (416)

uSORT (671)

V

VAExprs (446)

VanillaICE (1029)

VarCon (565)

variancePartition (2664)

VariantAnnotation (8647)

VariantExperiment (292)

VariantFiltering (924)

VariantTools (819)

vasp (46)

VaSP (637)

vbmp (741)

VCFArray (614)

VDJdive (421)

Vega (174)

VegaMC (718)

velociraptor (632)

veloviz (410)

VennDetail (590)

VERSO (439)

vidger (752)

viper (1746)

virtualArray (56)

ViSEAGO (786)

VisiumIO (574)

visiumStitched (438)

vissE (569)

VISTA (258)

vmrseq (414)

Voyager (681)

VplotR (666)

vsclust (537)

vsn (6616)

vtpnet (603)

vulcan (542)

W

waddR (283)

wateRmelon (1406)

wavClusteR (739)

waveTiling (248)

wavFeatExt (244)

weaver (542)

webbioc (768)

weitrix (795)

widgetInvoke (32)

widgetTools (2265)

wiggleplotr (671)

wpm (541)

wppi (327)

Wrench (2264)

wSIR (83)

X

XAItest (364)

XBSeq (254)

xCell2 (540)

XCIR (63)

xcms (3001)

xcore (550)

XDE (864)

XeniumIO (365)

xenLite (441)

Xeva (568)

XINA (519)

xmapbridge (567)

xmapcore (44)

XNAString (224)

xps (289)

XVector (56613)

Y

y2hStat (46)

yamss (714)

YAPSA (800)

yaqcaffy (371)

yarn (759)

Z

ZarrArray (259)

zellkonverter (3718)

zenith (635)

zFPKM (531)

zinbwave (1319)

zitools (397)

zlibbioc (19023)

ZygosityPredictor (446)