See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Tue. 01 Sep 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (5712) 6 geneLenDataBase (2154) 11 tximportData (1263)
2 celldex (5458) 7 scRNAseq (2125) 12 sesameData (1125)
3 ALL (4003) 8 bcellViper (1895) 13 affydata (1115)
4 HSMMSingleCell (3573) 9 dorothea (1846) 14 RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (1071)
5 airway (2597) 10 pasilla (1286) 15 msdata (1070)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (78)

adductData (147)

affycompData (195)

affydata (1115)

Affyhgu133A2Expr (218)

Affyhgu133aExpr (157)

Affyhgu133Plus2Expr (143)

AffymetrixDataTestFiles (266)

Affymoe4302Expr (163)

Affymoe430Expr (1)

airway (2597)

ALL (4003)

allenpvc (15)

ALLMLL (441)

alpineData (65)

AmpAffyExample (303)

AneuFinderData (133)

antiProfilesData (249)

aracne.networks (179)

ARRmData (175)

AshkenazimSonChr21 (175)

ASICSdata (160)

AssessORFData (143)

AWAggregatorData (108)

B

bcellViper (1895)

beadarrayExampleData (176)

BeadArrayUseCases (191)

BeadSorted.Saliva.EPIC (125)

benchmarkfdrData2019 (32)

beta7 (266)

BioImageDbs (155)

BioPlex (144)

biotmleData (167)

biscuiteerData (161)

bladderbatch (856)

blimaTestingData (167)

BloodCancerMultiOmics2017 (175)

bodymapRat (174)

brainImageRdata (21)

breakpointRdata (202)

breastCancerMAINZ (329)

breastCancerNKI (330)

breastCancerTRANSBIG (281)

breastCancerUNT (295)

breastCancerUPP (316)

breastCancerVDX (334)

brgedata (182)

bronchialIL13 (220)

bsseqData (263)

bugphyzz (125)

C

cancerdata (209)

CardinalWorkflows (181)

ccdata (172)

CCl4 (357)

ccTutorial (164)

celarefData (129)

celldex (5458)

CellMapperData (148)

CENTREprecomputed (83)

ceu1kg (107)

ceu1kgv (75)

ceuhm3 (110)

cfToolsData (136)

cgdv17 (98)

ChAMPdata (770)

charmData (94)

cheung2010 (107)

ChIC.data (40)

ChimpHumanBrainData (145)

ChIPDBData (103)

chipenrich.data (303)

ChIPexoQualExample (144)

chipseqDBData (193)

ChIPXpressData (174)

chromstaRData (117)

CLAMPData (15)

CLL (380)

CLLmethylation (155)

CluMSIDdata (142)

clustifyrdatahub (142)

cMap2data (189)

cnvGSAdata (213)

COHCAPanno (209)

colonCA (296)

CONFESSdata (178)

ConnectivityMap (185)

COPDSexualDimorphism.data (136)

CopyhelpeR (186)

CopyNeutralIMA (159)

CopyNumber450kData (34)

CoSIAdata (127)

COSMIC.67 (206)

CRCL18 (187)

crisprScoreData (254)

curatedAdipoArray (123)

curatedAdipoChIP (146)

curatedAdipoRNA (185)

curatedBladderData (196)

curatedBreastData (189)

curatedCRCData (141)

curatedMetagenomicData (763)

curatedOvarianData (308)

curatedPCaData (146)

curatedTBData (149)

curatedTCGAData (513)

CytoMethIC (146)

D

DAPARdata (221)

davidTiling (255)

depmap (812)

derfinderData (214)

DeSousa2013 (196)

DExMAdata (184)

diffloopdata (129)

diggitdata (159)

DLBCL (393)

DmelSGI (81)

DMRcatedata (436)

DMRsegaldata (61)

DNAZooData (139)

dominatRData (76)

DonaPLLP2013 (158)

DoReMiTra (118)

dorothea (1846)

DREAM4 (133)

dressCheck (206)

DropletTestFiles (519)

DrugVsDiseasedata (191)

dsQTL (95)

DuoClustering2018 (272)

DvDdata (161)

dyebiasexamples (229)

E

easierData (328)

EatonEtAlChIPseq (196)

ecoliLeucine (313)

EGSEAdata (262)

ELMER.data (315)

emtdata (143)

EMTscoreData (74)

ENCODEFig4Band4D (9)

encoDnaseI (134)

eoPredData (111)

EpiMix.data (145)

epimutacionsData (130)

EpipwR.data (111)

estrogen (327)

etec16s (162)

ewceData (291)

F

faahKO (914)

fabiaData (241)

facopy.annot (51)

facsDorit (133)

FANTOM3and4CAGE (211)

ffpeExampleData (260)

fibroEset (549)

FieldEffectCrc (148)

FIs (181)

fission (297)

Fletcher2013a (192)

Fletcher2013b (168)

flowFitExampleData (68)

flowPloidyData (182)

flowQBData (20)

FlowSorted.Blood.450k (494)

FlowSorted.Blood.EPIC (440)

FlowSorted.CordBlood.450k (160)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (189)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (172)

FlowSorted.DLPFC.450k (164)

flowWorkspaceData (668)

fourDNData (152)

frmaExampleData (212)

FunciSNP.data (101)

furrowSeg (135)

G

gageData (560)

gaschYHS (325)

gatingMLData (154)

gcspikelite (221)

gDNAinRNAseqData (130)

gDRtestData (145)

geneLenDataBase (2154)

genomationData (264)

GenomicDistributionsData (182)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (9)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (10)

GeuvadisTranscriptExpr (228)

geuvPack (42)

geuvStore (17)

geuvStore2 (34)

GGdata (165)

ggtut (63)

GIGSEAdata (142)

golubEsets (1009)

gpaExample (117)

grndata (172)

GSBenchMark (146)

GSE103322 (160)

GSE13015 (144)

GSE159526 (133)

GSE280465 (9)

GSE62944 (203)

gskb (53)

GSVAdata (856)

GWASdata (318)

H

h5vcData (498)

hapmap100khind (217)

hapmap100kxba (332)

hapmap500knsp (207)

hapmap500ksty (206)

hapmapsnp5 (312)

hapmapsnp6 (333)

harbChIP (355)

HarmanData (199)

HarmonizedTCGAData (153)

HCAData (232)

HCATonsilData (184)

HD2013SGI (210)

HDCytoData (376)

healthyControlsPresenceChecker (117)

healthyFlowData (156)

HEEBOdata (307)

HelloRangesData (287)

hgu133abarcodevecs (163)

hgu133plus2barcodevecs (144)

hgu133plus2CellScore (124)

hgu2beta7 (264)

HiBED (122)

HiCDataHumanIMR90 (167)

HiCDataLymphoblast (159)

HiContactsData (163)

HighlyReplicatedRNASeq (142)

Hiiragi2013 (240)

HIVcDNAvantWout03 (210)

HMP16SData (228)

HMP2Data (217)

hmyriB36 (124)

homosapienDEE2CellScore (38)

HSMMSingleCell (3573)

HumanAffyData (163)

humanHippocampus2024 (120)

HumanRetinaLRSData (48)

humanStemCell (691)

I

IHWpaper (194)

Illumina450ProbeVariants.db (621)

IlluminaDataTestFiles (378)

imcdatasets (228)

iModMixData (106)

ind1KG (85)

iontreeData (91)

ITALICSData (217)

Iyer517 (391)

J

JASPAR2014 (362)

JASPAR2016 (415)

JctSeqData (61)

JohnsonKinaseData (117)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (218)

KEGGdzPathwaysGEO (366)

kidpack (242)

KOdata (142)

L

leeBamViews (322)

LegATo (141)

leukemiasEset (312)

LiebermanAidenHiC2009 (152)

ListerEtAlBSseq (148)

LRcellTypeMarkers (136)

lumiBarnes (391)

LungCancerACvsSCCGEO (138)

LungCancerLines (231)

lungExpression (489)

lydata (134)

lymphoma (8)

M

M3DExampleData (246)

macrophage (494)

MACSdata (117)

mammaPrintData (177)

mAPKLData (92)

maqcExpression4plex (360)

MAQCsubset (276)

MAQCsubsetAFX (122)

MAQCsubsetILM (166)

marinerData (124)

mCSEAdata (190)

mcsurvdata (151)

MEALData (20)

MEDIPSData (202)

MEEBOdata (296)

MerfishData (151)

MetaGxBreast (171)

MetaGxOvarian (128)

MetaGxPancreas (166)

metaMSdata (176)

MetaScope (150)

MethylAidData (166)

methylclockData (354)

MethylSeqData (155)

methyvimData (34)

MicrobiomeBenchmarkData (137)

microbiomeDataSets (321)

microRNAome (175)

MIGSAdata (43)

minfiData (687)

minfiDataEPIC (329)

minionSummaryData (158)

miRcompData (179)

miRNATarget (227)

mitoODEdata (52)

MMAPPR2data (43)

MMDiffBamSubset (169)

MOFAdata (333)

mosaicsExample (196)

mouse4302barcodevecs (143)

MouseAgingData (127)

MouseGastrulationData (363)

MouseThymusAgeing (196)

MSBdata (45)

msd16s (218)

msdata (1070)

msigdb (799)

MSMB (183)

msPurityData (159)

msqc1 (199)

MSstatsBioData (32)

mtbls2 (215)

MTseekerData (20)

MUGAExampleData (132)

Mulder2012 (84)

muleaData (104)

multiWGCNAdata (119)

muscData (611)

muSpaData (132)

MutSeqRData (79)

mvoutData (259)

N

NanoporeRNASeq (186)

nanotubes (150)

NCIgraphData (231)

NestLink (189)

NetActivityData (143)

netDx.examples (1)

Neve2006 (263)

NGScopyData (141)

nmrdata (89)

nullrangesData (169)

NxtIRFdata (199)

O

ObMiTi (128)

oct4 (115)

octad.db (132)

OMICsPCAdata (155)

OnassisJavaLibs (136)

optimalFlowData (130)

orthosData (139)

P

parathyroid (36)

parathyroidSE (404)

pasilla (1286)

pasillaBamSubset (921)

PasillaTranscriptExpr (188)

PathNetData (199)

pathprintGEOData (25)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (49)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (50)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (61)

PCHiCdata (161)

pcxnData (39)

pd.atdschip.tiling (219)

pepDat (225)

PepsNMRData (141)

PGPC (19)

PhyloProfileData (136)

plasFIA (31)

plotgardenerData (170)

ppiData (233)

prebsdata (179)

preciseTADhub (126)

PREDAsampledata (224)

ProData (261)

pRolocdata (667)

prostateCancerCamcap (133)

prostateCancerGrasso (131)

prostateCancerStockholm (124)

prostateCancerTaylor (135)

prostateCancerVarambally (152)

ProteinGymR (128)

ptairData (147)

PtH2O2lipids (147)

pumadata (270)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (173)

PWMEnrich.Hsapiens.background (170)

PWMEnrich.Mmusculus.background (150)

pwrEWAS.data (32)

Q

QDNAseq.hg19 (288)

QDNAseq.mm10 (205)

qPLEXdata (95)

QUBICdata (168)

R

raerdata (131)

rcellminerData (244)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (169)

ReactomeGSA.data (166)

RegParallel (188)

restfulSEData (45)

rfcdmin (60)

RforProteomics (370)

RGMQLlib (105)

rheumaticConditionWOLLBOLD (161)

RIPSeekerData (72)

RITANdata (172)

RLHub (60)

RMassBankData (192)

RNAinteractMAPK (147)

RNAmodR.Data (161)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (14)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (1071)

RNASeqDataSubset (5)

RNASeqRData (24)

RnaSeqSampleSizeData (255)

RnaSeqTutorial (75)

RnBeads.hg19 (275)

RnBeads.hg38 (226)

RnBeads.mm10 (188)

RnBeads.mm9 (221)

RnBeads.rn5 (161)

RRBSdata (147)

rRDPData (106)

RTCGA.clinical (476)

RTCGA.CNV (340)

RTCGA.methylation (335)

RTCGA.miRNASeq (360)

RTCGA.mRNA (402)

RTCGA.mutations (329)

RTCGA.PANCAN12 (338)

RTCGA.rnaseq (398)

RTCGA.RPPA (344)

RUVnormalizeData (240)

S

sampleClassifierData (134)

SBGNview.data (205)

scaeData (120)

scanMiRData (150)

scATAC.Explorer (137)

SCATEData (29)

SCLCBam (175)

scMultiome (158)

scpdata (221)

scRNAseq (2125)

scTHI.data (116)

seq2pathway.data (147)

seqc (171)

seqCNA.annot (63)

serumStimulation (184)

sesameData (1125)

seventyGeneData (186)

SFEData (187)

shinyMethylData (149)

signatureSearchData (222)

SimBenchData (133)

simpIntLists (212)

Single.mTEC.Transcriptomes (162)

SingleCellMultiModal (243)

SingleMoleculeFootprintingData (110)

smokingMouse (134)

SNAData (246)

SNAGEEdata (197)

SNPhoodData (144)

SomatiCAData (151)

SomaticCancerAlterations (216)

SpatialDatasets (142)

spatialDmelxsim (134)

spatialLIBD (511)

SpikeIn (277)

SpikeInSubset (380)

spqnData (129)

stemHypoxia (202)

STexampleData (399)

stjudem (147)

SubcellularSpatialData (123)

SVM2CRMdata (128)

synapterdata (93)

systemPipeRdata (350)

T

TabulaMurisData (199)

TabulaMurisSenisData (229)

TargetScoreData (162)

TargetSearchData (189)

tartare (175)

TBX20BamSubset (190)

TCGAbiolinksGUI.data (5712)

TCGAcrcmiRNA (168)

TCGAcrcmRNA (156)

TCGAMethylation450k (175)

tcgaWGBSData.hg19 (22)

TCGAWorkflowData (162)

TENET.ExperimentHub (115)

TENxBrainData (569)

TENxBUSData (151)

TENxPBMCData (965)

TENxVisiumData (241)

TENxXeniumData (125)

timecoursedata (142)

TimerQuant (82)

tinesath1cdf (216)

tinesath1probe (258)

tissueTreg (217)

TMExplorer (145)

tofsimsData (124)

topdownrdata (133)

TransOmicsData (115)

tuberculosis (139)

TumourMethData (98)

tweeDEseqCountData (288)

tximportData (1263)

V

VariantToolsData (156)

VectraPolarisData (131)

vulcandata (134)

W

waveTilingData (58)

WeberDivechaLCdata (136)

WES.1KG.WUGSC (150)

WGSmapp (144)

X

xcoredata (150)

XhybCasneuf (283)

Y

yeastCC (363)

yeastExpData (341)

yeastGSData (249)

yeastNagalakshmi (519)

yeastRNASeq (315)

yri1kgv (75)

yriMulti (58)

Z

zebrafishRNASeq (627)