See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Fri. 25 Apr 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (4320) 6 airway (1770) 11 ChAMPdata (765)
2 celldex (3819) 7 scRNAseq (1611) 12 GSVAdata (746)
3 ALL (3290) 8 pasilla (1013) 13 msigdb (678)
4 HSMMSingleCell (3045) 9 sesameData (892) 14 Illumina450ProbeVariants.db (632)
5 geneLenDataBase (2038) 10 tximportData (785) 15 bcellViper (623)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (21)

adductData (77)

affycompData (100)

affydata (439)

Affyhgu133A2Expr (87)

Affyhgu133aExpr (109)

Affyhgu133Plus2Expr (124)

AffymetrixDataTestFiles (137)

Affymoe4302Expr (87)

Affymoe430Expr (0)

airway (1770)

ALL (3290)

allenpvc (2)

ALLMLL (228)

alpineData (10)

AmpAffyExample (102)

AneuFinderData (114)

antiProfilesData (100)

aracne.networks (92)

ARRmData (94)

AshkenazimSonChr21 (67)

ASICSdata (78)

AssessORFData (126)

B

bcellViper (623)

beadarrayExampleData (224)

BeadArrayUseCases (96)

BeadSorted.Saliva.EPIC (127)

benchmarkfdrData2019 (56)

beta7 (95)

BioImageDbs (62)

BioPlex (57)

biotmleData (76)

biscuiteerData (82)

bladderbatch (466)

blimaTestingData (86)

BloodCancerMultiOmics2017 (105)

bodymapRat (123)

brainImageRdata (4)

breakpointRdata (113)

breastCancerMAINZ (136)

breastCancerNKI (131)

breastCancerTRANSBIG (130)

breastCancerUNT (115)

breastCancerUPP (148)

breastCancerVDX (184)

brgedata (120)

bronchialIL13 (93)

bsseqData (134)

bugphyzz (26)

C

cancerdata (123)

CardinalWorkflows (101)

ccdata (118)

CCl4 (117)

ccTutorial (46)

celarefData (54)

celldex (3819)

CellMapperData (68)

ceu1kg (35)

ceu1kgv (25)

ceuhm3 (34)

cfToolsData (65)

cgdv17 (32)

ChAMPdata (765)

charmData (31)

cheung2010 (31)

ChIC.data (13)

ChimpHumanBrainData (84)

chipenrich.data (140)

ChIPexoQualExample (75)

chipseqDBData (70)

ChIPXpressData (109)

chromstaRData (103)

CLL (247)

CLLmethylation (57)

CluMSIDdata (74)

clustifyrdatahub (63)

cMap2data (145)

cnvGSAdata (89)

COHCAPanno (79)

colonCA (106)

CONFESSdata (70)

ConnectivityMap (100)

COPDSexualDimorphism.data (91)

CopyhelpeR (93)

CopyNeutralIMA (59)

CopyNumber450kData (20)

CoSIAdata (39)

COSMIC.67 (110)

CRCL18 (66)

crisprScoreData (158)

curatedAdipoArray (52)

curatedAdipoChIP (54)

curatedAdipoRNA (55)

curatedBladderData (120)

curatedBreastData (119)

curatedCRCData (44)

curatedMetagenomicData (328)

curatedOvarianData (247)

curatedPCaData (48)

curatedTBData (56)

curatedTCGAData (383)

CytoMethIC (53)

D

DAPARdata (126)

davidTiling (91)

depmap (582)

derfinderData (115)

DeSousa2013 (86)

DExMAdata (75)

diffloopdata (63)

diggitdata (82)

DLBCL (148)

DmelSGI (61)

DMRcatedata (303)

DNAZooData (66)

DonaPLLP2013 (80)

dorothea (601)

DREAM4 (31)

dressCheck (100)

DropletTestFiles (174)

DrugVsDiseasedata (129)

dsQTL (30)

DuoClustering2018 (107)

DvDdata (80)

dyebiasexamples (99)

E

easierData (115)

EatonEtAlChIPseq (92)

ecoliLeucine (103)

EGSEAdata (233)

ELMER.data (214)

emtdata (56)

ENCODEFig4Band4D (2)

encoDnaseI (31)

eoPredData (26)

EpiMix.data (75)

epimutacionsData (79)

EpipwR.data (30)

estrogen (138)

etec16s (57)

ewceData (249)

F

faahKO (310)

fabiaData (80)

facopy.annot (17)

facsDorit (39)

FANTOM3and4CAGE (93)

ffpeExampleData (92)

fibroEset (136)

FieldEffectCrc (53)

FIs (85)

fission (240)

Fletcher2013a (116)

Fletcher2013b (111)

flowFitExampleData (25)

flowPloidyData (72)

flowQBData (4)

FlowSorted.Blood.450k (324)

FlowSorted.Blood.EPIC (234)

FlowSorted.CordBlood.450k (78)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (82)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (63)

FlowSorted.DLPFC.450k (97)

flowWorkspaceData (201)

fourDNData (66)

frmaExampleData (105)

FunciSNP.data (33)

furrowSeg (66)

G

gageData (297)

gaschYHS (86)

gatingMLData (38)

gcspikelite (124)

gDNAinRNAseqData (69)

gDRtestData (79)

geneLenDataBase (2038)

genomationData (123)

GenomicDistributionsData (87)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (3)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (3)

GeuvadisTranscriptExpr (81)

geuvPack (16)

geuvStore (10)

geuvStore2 (8)

GGdata (41)

ggtut (30)

GIGSEAdata (53)

golubEsets (273)

gpaExample (62)

grndata (91)

GSBenchMark (111)

GSE103322 (56)

GSE13015 (55)

GSE159526 (52)

GSE62944 (85)

gskb (15)

GSVAdata (746)

GWASdata (126)

H

h5vcData (152)

hapmap100khind (91)

hapmap100kxba (122)

hapmap500knsp (91)

hapmap500ksty (97)

hapmapsnp5 (202)

hapmapsnp6 (216)

harbChIP (97)

HarmanData (70)

HarmonizedTCGAData (56)

HCAData (104)

HCATonsilData (70)

HD2013SGI (102)

HDCytoData (266)

healthyControlsPresenceChecker (49)

healthyFlowData (86)

HEEBOdata (95)

HelloRangesData (100)

hgu133abarcodevecs (75)

hgu133plus2barcodevecs (73)

hgu133plus2CellScore (70)

hgu2beta7 (78)

HiBED (49)

HiCDataHumanIMR90 (97)

HiCDataLymphoblast (84)

HiContactsData (109)

HighlyReplicatedRNASeq (53)

Hiiragi2013 (143)

HIVcDNAvantWout03 (77)

HMP16SData (73)

HMP2Data (65)

hmyriB36 (35)

homosapienDEE2CellScore (43)

HSMMSingleCell (3045)

HumanAffyData (64)

humanHippocampus2024 (17)

humanStemCell (202)

I

IHWpaper (73)

Illumina450ProbeVariants.db (632)

IlluminaDataTestFiles (127)

imcdatasets (105)

ind1KG (30)

iontreeData (22)

ITALICSData (105)

Iyer517 (87)

J

JASPAR2014 (144)

JASPAR2016 (161)

JctSeqData (8)

JohnsonKinaseData (46)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (108)

KEGGdzPathwaysGEO (349)

kidpack (88)

KOdata (87)

L

leeBamViews (119)

LegATo (24)

leukemiasEset (168)

LiebermanAidenHiC2009 (81)

ListerEtAlBSseq (72)

LRcellTypeMarkers (59)

lumiBarnes (109)

LungCancerACvsSCCGEO (98)

LungCancerLines (104)

lungExpression (109)

lydata (139)

lymphoma (1)

M

M3DExampleData (174)

macrophage (292)

MACSdata (65)

mammaPrintData (90)

mAPKLData (24)

maqcExpression4plex (117)

MAQCsubset (106)

MAQCsubsetAFX (38)

MAQCsubsetILM (44)

marinerData (64)

mCSEAdata (118)

mcsurvdata (56)

MEALData (12)

MEDIPSData (110)

MEEBOdata (98)

MerfishData (86)

MetaGxBreast (64)

MetaGxOvarian (61)

MetaGxPancreas (59)

metaMSdata (182)

MetaScope (49)

MethylAidData (90)

methylclockData (177)

MethylSeqData (53)

methyvimData (5)

MicrobiomeBenchmarkData (78)

microbiomeDataSets (196)

microRNAome (59)

MIGSAdata (10)

minfiData (522)

minfiDataEPIC (140)

minionSummaryData (93)

miRcompData (83)

miRNATarget (108)

mitoODEdata (22)

MMAPPR2data (19)

MMDiffBamSubset (86)

MOFAdata (180)

mosaicsExample (139)

mouse4302barcodevecs (74)

MouseAgingData (47)

MouseGastrulationData (169)

MouseThymusAgeing (79)

MSBdata (17)

msd16s (90)

msdata (602)

msigdb (678)

MSMB (97)

msPurityData (83)

msqc1 (58)

MSstatsBioData (6)

mtbls2 (171)

MTseekerData (4)

MUGAExampleData (67)

Mulder2012 (29)

muleaData (46)

multiWGCNAdata (58)

muscData (163)

muSpaData (1)

mvoutData (97)

N

NanoporeRNASeq (87)

nanotubes (64)

NCIgraphData (80)

NestLink (59)

NetActivityData (65)

netDx.examples (0)

Neve2006 (98)

NGScopyData (81)

nullrangesData (161)

NxtIRFdata (119)

O

ObMiTi (51)

oct4 (62)

octad.db (73)

OMICsPCAdata (78)

OnassisJavaLibs (69)

optimalFlowData (81)

orthosData (77)

P

parathyroid (12)

parathyroidSE (298)

pasilla (1013)

pasillaBamSubset (374)

PasillaTranscriptExpr (87)

PathNetData (84)

pathprintGEOData (6)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (30)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (30)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (29)

PCHiCdata (90)

pcxnData (30)

pd.atdschip.tiling (87)

pepDat (82)

PepsNMRData (69)

PGPC (5)

PhyloProfileData (51)

plasFIA (10)

plotgardenerData (97)

ppiData (42)

prebsdata (99)

preciseTADhub (49)

PREDAsampledata (98)

ProData (91)

pRolocdata (236)

prostateCancerCamcap (67)

prostateCancerGrasso (71)

prostateCancerStockholm (58)

prostateCancerTaylor (64)

prostateCancerVarambally (59)

ProteinGymR (26)

ptairData (71)

PtH2O2lipids (115)

pumadata (104)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (95)

PWMEnrich.Hsapiens.background (95)

PWMEnrich.Mmusculus.background (87)

pwrEWAS.data (16)

Q

QDNAseq.hg19 (165)

QDNAseq.mm10 (96)

qPLEXdata (66)

QUBICdata (67)

R

raerdata (60)

rcellminerData (109)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (180)

ReactomeGSA.data (100)

RegParallel (94)

restfulSEData (115)

rfcdmin (11)

RforProteomics (170)

RGMQLlib (72)

rheumaticConditionWOLLBOLD (83)

RIPSeekerData (29)

RITANdata (80)

RLHub (20)

RMassBankData (101)

RNAinteractMAPK (66)

RNAmodR.Data (74)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (5)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (355)

RNASeqDataSubset (3)

RNASeqRData (8)

RnaSeqSampleSizeData (125)

RnaSeqTutorial (30)

RnBeads.hg19 (183)

RnBeads.hg38 (207)

RnBeads.mm10 (119)

RnBeads.mm9 (125)

RnBeads.rn5 (82)

RRBSdata (73)

rRDPData (87)

RTCGA.clinical (273)

RTCGA.CNV (81)

RTCGA.methylation (77)

RTCGA.miRNASeq (121)

RTCGA.mRNA (181)

RTCGA.mutations (117)

RTCGA.PANCAN12 (113)

RTCGA.rnaseq (164)

RTCGA.RPPA (75)

RUVnormalizeData (92)

S

sampleClassifierData (71)

SBGNview.data (171)

scaeData (54)

scanMiRData (70)

scATAC.Explorer (53)

SCATEData (10)

SCLCBam (74)

scMultiome (94)

scpdata (66)

scRNAseq (1611)

scTHI.data (66)

seq2pathway.data (177)

seqc (83)

seqCNA.annot (33)

serumStimulation (76)

sesameData (892)

seventyGeneData (108)

SFEData (148)

shinyMethylData (101)

signatureSearchData (137)

SimBenchData (55)

simpIntLists (106)

Single.mTEC.Transcriptomes (65)

SingleCellMultiModal (102)

SingleMoleculeFootprintingData (65)

smokingMouse (65)

SNAData (87)

SNAGEEdata (98)

SNPhoodData (80)

SomatiCAData (86)

SomaticCancerAlterations (110)

SpatialDatasets (70)

spatialDmelxsim (50)

spatialLIBD (264)

SpikeIn (135)

SpikeInSubset (184)

spqnData (61)

stemHypoxia (98)

STexampleData (286)

stjudem (46)

SubcellularSpatialData (59)

SVM2CRMdata (66)

synapterdata (139)

systemPipeRdata (247)

T

TabulaMurisData (87)

TabulaMurisSenisData (90)

TargetScoreData (90)

TargetSearchData (102)

tartare (88)

TBX20BamSubset (112)

TCGAbiolinksGUI.data (4320)

TCGAcrcmiRNA (67)

TCGAcrcmRNA (74)

TCGAMethylation450k (106)

tcgaWGBSData.hg19 (6)

TCGAWorkflowData (124)

TENET.ExperimentHub (1)

TENxBrainData (129)

TENxBUSData (66)

TENxPBMCData (622)

TENxVisiumData (94)

TENxXeniumData (50)

timecoursedata (189)

TimerQuant (65)

tinesath1cdf (82)

tinesath1probe (86)

tissueTreg (80)

TMExplorer (59)

tofsimsData (57)

topdownrdata (70)

TransOmicsData (45)

tuberculosis (50)

TumourMethData (62)

tweeDEseqCountData (180)

tximportData (785)

V

VariantToolsData (65)

VectraPolarisData (58)

vulcandata (85)

W

waveTilingData (32)

WeberDivechaLCdata (63)

WES.1KG.WUGSC (95)

WGSmapp (81)

X

xcoredata (60)

XhybCasneuf (87)

Y

yeastCC (124)

yeastExpData (232)

yeastGSData (78)

yeastNagalakshmi (122)

yeastRNASeq (139)

yri1kgv (29)

yriMulti (7)

Z

zebrafishRNASeq (209)