See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Wed. 02 Jul 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (4632) 6 airway (1777) 11 ChAMPdata (792)
2 celldex (3956) 7 scRNAseq (1578) 12 GSVAdata (728)
3 ALL (3249) 8 pasilla (936) 13 msigdb (722)
4 HSMMSingleCell (3105) 9 sesameData (882) 14 bcellViper (683)
5 geneLenDataBase (2118) 10 tximportData (807) 15 Illumina450ProbeVariants.db (650)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (27)

adductData (86)

affycompData (123)

affydata (434)

Affyhgu133A2Expr (108)

Affyhgu133aExpr (123)

Affyhgu133Plus2Expr (156)

AffymetrixDataTestFiles (181)

Affymoe4302Expr (123)

Affymoe430Expr (0)

airway (1777)

ALL (3249)

allenpvc (2)

ALLMLL (241)

alpineData (9)

AmpAffyExample (131)

AneuFinderData (133)

antiProfilesData (120)

aracne.networks (114)

ARRmData (116)

AshkenazimSonChr21 (89)

ASICSdata (95)

AssessORFData (131)

B

bcellViper (683)

beadarrayExampleData (223)

BeadArrayUseCases (124)

BeadSorted.Saliva.EPIC (119)

benchmarkfdrData2019 (60)

beta7 (131)

BioImageDbs (84)

BioPlex (69)

biotmleData (100)

biscuiteerData (88)

bladderbatch (449)

blimaTestingData (106)

BloodCancerMultiOmics2017 (130)

bodymapRat (118)

brainImageRdata (4)

breakpointRdata (127)

breastCancerMAINZ (173)

breastCancerNKI (160)

breastCancerTRANSBIG (169)

breastCancerUNT (149)

breastCancerUPP (156)

breastCancerVDX (210)

brgedata (136)

bronchialIL13 (126)

bsseqData (156)

bugphyzz (46)

C

cancerdata (139)

CardinalWorkflows (137)

ccdata (143)

CCl4 (144)

ccTutorial (60)

celarefData (66)

celldex (3956)

CellMapperData (78)

ceu1kg (49)

ceu1kgv (33)

ceuhm3 (47)

cfToolsData (77)

cgdv17 (40)

ChAMPdata (792)

charmData (45)

cheung2010 (43)

ChIC.data (15)

ChimpHumanBrainData (107)

chipenrich.data (156)

ChIPexoQualExample (89)

chipseqDBData (82)

ChIPXpressData (140)

chromstaRData (116)

CLL (264)

CLLmethylation (68)

CluMSIDdata (88)

clustifyrdatahub (74)

cMap2data (139)

cnvGSAdata (110)

COHCAPanno (97)

colonCA (118)

CONFESSdata (83)

ConnectivityMap (129)

COPDSexualDimorphism.data (124)

CopyhelpeR (113)

CopyNeutralIMA (71)

CopyNumber450kData (22)

CoSIAdata (52)

COSMIC.67 (127)

CRCL18 (89)

crisprScoreData (151)

curatedAdipoArray (65)

curatedAdipoChIP (66)

curatedAdipoRNA (73)

curatedBladderData (146)

curatedBreastData (125)

curatedCRCData (41)

curatedMetagenomicData (357)

curatedOvarianData (245)

curatedPCaData (63)

curatedTBData (67)

curatedTCGAData (366)

CytoMethIC (69)

D

DAPARdata (157)

davidTiling (125)

depmap (555)

derfinderData (138)

DeSousa2013 (120)

DExMAdata (88)

diffloopdata (83)

diggitdata (102)

DLBCL (169)

DmelSGI (56)

DMRcatedata (313)

DNAZooData (77)

DonaPLLP2013 (106)

dorothea (645)

DREAM4 (38)

dressCheck (137)

DropletTestFiles (176)

DrugVsDiseasedata (117)

dsQTL (40)

DuoClustering2018 (120)

DvDdata (107)

dyebiasexamples (126)

E

easierData (115)

EatonEtAlChIPseq (120)

ecoliLeucine (133)

EGSEAdata (233)

ELMER.data (229)

emtdata (67)

ENCODEFig4Band4D (3)

encoDnaseI (46)

eoPredData (45)

EpiMix.data (88)

epimutacionsData (89)

EpipwR.data (54)

estrogen (179)

etec16s (69)

ewceData (246)

F

faahKO (323)

fabiaData (106)

facopy.annot (23)

facsDorit (56)

FANTOM3and4CAGE (115)

ffpeExampleData (115)

fibroEset (165)

FieldEffectCrc (65)

FIs (95)

fission (229)

Fletcher2013a (128)

Fletcher2013b (140)

flowFitExampleData (31)

flowPloidyData (88)

flowQBData (7)

FlowSorted.Blood.450k (333)

FlowSorted.Blood.EPIC (253)

FlowSorted.CordBlood.450k (100)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (100)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (83)

FlowSorted.DLPFC.450k (118)

flowWorkspaceData (225)

fourDNData (77)

frmaExampleData (129)

FunciSNP.data (41)

furrowSeg (91)

G

gageData (311)

gaschYHS (121)

gatingMLData (55)

gcspikelite (154)

gDNAinRNAseqData (73)

gDRtestData (81)

geneLenDataBase (2118)

genomationData (148)

GenomicDistributionsData (93)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (6)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (6)

GeuvadisTranscriptExpr (99)

geuvPack (21)

geuvStore (12)

geuvStore2 (12)

GGdata (58)

ggtut (38)

GIGSEAdata (74)

golubEsets (301)

gpaExample (77)

grndata (126)

GSBenchMark (135)

GSE103322 (67)

GSE13015 (67)

GSE159526 (64)

GSE62944 (94)

gskb (21)

GSVAdata (728)

GWASdata (145)

H

h5vcData (174)

hapmap100khind (133)

hapmap100kxba (169)

hapmap500knsp (124)

hapmap500ksty (129)

hapmapsnp5 (215)

hapmapsnp6 (238)

harbChIP (129)

HarmanData (89)

HarmonizedTCGAData (68)

HCAData (113)

HCATonsilData (86)

HD2013SGI (125)

HDCytoData (250)

healthyControlsPresenceChecker (62)

healthyFlowData (105)

HEEBOdata (126)

HelloRangesData (104)

hgu133abarcodevecs (87)

hgu133plus2barcodevecs (99)

hgu133plus2CellScore (99)

hgu2beta7 (110)

HiBED (62)

HiCDataHumanIMR90 (127)

HiCDataLymphoblast (102)

HiContactsData (115)

HighlyReplicatedRNASeq (64)

Hiiragi2013 (150)

HIVcDNAvantWout03 (108)

HMP16SData (95)

HMP2Data (86)

hmyriB36 (50)

homosapienDEE2CellScore (58)

HSMMSingleCell (3105)

HumanAffyData (75)

humanHippocampus2024 (38)

humanStemCell (222)

I

IHWpaper (92)

Illumina450ProbeVariants.db (650)

IlluminaDataTestFiles (155)

imcdatasets (124)

ind1KG (42)

iontreeData (33)

ITALICSData (136)

Iyer517 (102)

J

JASPAR2014 (165)

JASPAR2016 (170)

JctSeqData (12)

JohnsonKinaseData (59)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (134)

KEGGdzPathwaysGEO (342)

kidpack (123)

KOdata (106)

L

leeBamViews (143)

LegATo (45)

leukemiasEset (165)

LiebermanAidenHiC2009 (107)

ListerEtAlBSseq (99)

LRcellTypeMarkers (70)

lumiBarnes (135)

LungCancerACvsSCCGEO (119)

LungCancerLines (120)

lungExpression (141)

lydata (124)

lymphoma (3)

M

M3DExampleData (172)

macrophage (297)

MACSdata (74)

mammaPrintData (129)

mAPKLData (31)

maqcExpression4plex (148)

MAQCsubset (137)

MAQCsubsetAFX (54)

MAQCsubsetILM (60)

marinerData (69)

mCSEAdata (126)

mcsurvdata (68)

MEALData (16)

MEDIPSData (132)

MEEBOdata (129)

MerfishData (109)

MetaGxBreast (77)

MetaGxOvarian (65)

MetaGxPancreas (63)

metaMSdata (204)

MetaScope (63)

MethylAidData (102)

methylclockData (188)

MethylSeqData (65)

methyvimData (8)

MicrobiomeBenchmarkData (82)

microbiomeDataSets (188)

microRNAome (78)

MIGSAdata (16)

minfiData (535)

minfiDataEPIC (159)

minionSummaryData (112)

miRcompData (101)

miRNATarget (137)

mitoODEdata (28)

MMAPPR2data (12)

MMDiffBamSubset (108)

MOFAdata (212)

mosaicsExample (161)

mouse4302barcodevecs (90)

MouseAgingData (62)

MouseGastrulationData (171)

MouseThymusAgeing (85)

MSBdata (23)

msd16s (103)

msdata (596)

msigdb (722)

MSMB (111)

msPurityData (97)

msqc1 (78)

MSstatsBioData (10)

mtbls2 (183)

MTseekerData (6)

MUGAExampleData (90)

Mulder2012 (38)

muleaData (61)

multiWGCNAdata (69)

muscData (166)

muSpaData (22)

mvoutData (124)

N

NanoporeRNASeq (96)

nanotubes (82)

NCIgraphData (106)

NestLink (75)

NetActivityData (80)

netDx.examples (0)

Neve2006 (140)

NGScopyData (103)

nullrangesData (155)

NxtIRFdata (131)

O

ObMiTi (64)

oct4 (74)

octad.db (79)

OMICsPCAdata (91)

OnassisJavaLibs (88)

optimalFlowData (90)

orthosData (98)

P

parathyroid (17)

parathyroidSE (303)

pasilla (936)

pasillaBamSubset (401)

PasillaTranscriptExpr (97)

PathNetData (105)

pathprintGEOData (10)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (42)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (42)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (40)

PCHiCdata (103)

pcxnData (23)

pd.atdschip.tiling (111)

pepDat (101)

PepsNMRData (100)

PGPC (6)

PhyloProfileData (65)

plasFIA (15)

plotgardenerData (106)

ppiData (61)

prebsdata (121)

preciseTADhub (62)

PREDAsampledata (123)

ProData (127)

pRolocdata (266)

prostateCancerCamcap (99)

prostateCancerGrasso (102)

prostateCancerStockholm (80)

prostateCancerTaylor (84)

prostateCancerVarambally (80)

ProteinGymR (46)

ptairData (93)

PtH2O2lipids (118)

pumadata (135)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (121)

PWMEnrich.Hsapiens.background (117)

PWMEnrich.Mmusculus.background (107)

pwrEWAS.data (15)

Q

QDNAseq.hg19 (183)

QDNAseq.mm10 (111)

qPLEXdata (81)

QUBICdata (85)

R

raerdata (69)

rcellminerData (143)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (204)

ReactomeGSA.data (116)

RegParallel (101)

restfulSEData (91)

rfcdmin (23)

RforProteomics (186)

RGMQLlib (86)

rheumaticConditionWOLLBOLD (110)

RIPSeekerData (37)

RITANdata (100)

RLHub (12)

RMassBankData (128)

RNAinteractMAPK (71)

RNAmodR.Data (76)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (7)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (463)

RNASeqDataSubset (5)

RNASeqRData (11)

RnaSeqSampleSizeData (139)

RnaSeqTutorial (38)

RnBeads.hg19 (198)

RnBeads.hg38 (241)

RnBeads.mm10 (144)

RnBeads.mm9 (143)

RnBeads.rn5 (108)

RRBSdata (100)

rRDPData (115)

RTCGA.clinical (285)

RTCGA.CNV (106)

RTCGA.methylation (100)

RTCGA.miRNASeq (139)

RTCGA.mRNA (195)

RTCGA.mutations (146)

RTCGA.PANCAN12 (125)

RTCGA.rnaseq (199)

RTCGA.RPPA (96)

RUVnormalizeData (115)

S

sampleClassifierData (86)

SBGNview.data (174)

scaeData (68)

scanMiRData (83)

scATAC.Explorer (66)

SCATEData (10)

SCLCBam (104)

scMultiome (97)

scpdata (64)

scRNAseq (1578)

scTHI.data (88)

seq2pathway.data (185)

seqc (121)

seqCNA.annot (39)

serumStimulation (102)

sesameData (882)

seventyGeneData (126)

SFEData (168)

shinyMethylData (123)

signatureSearchData (143)

SimBenchData (67)

simpIntLists (133)

Single.mTEC.Transcriptomes (97)

SingleCellMultiModal (107)

SingleMoleculeFootprintingData (70)

smokingMouse (63)

SNAData (103)

SNAGEEdata (130)

SNPhoodData (97)

SomatiCAData (111)

SomaticCancerAlterations (125)

SpatialDatasets (91)

spatialDmelxsim (62)

spatialLIBD (300)

SpikeIn (157)

SpikeInSubset (199)

spqnData (78)

stemHypoxia (121)

STexampleData (301)

stjudem (65)

SubcellularSpatialData (80)

SVM2CRMdata (88)

synapterdata (140)

systemPipeRdata (271)

T

TabulaMurisData (103)

TabulaMurisSenisData (109)

TargetScoreData (111)

TargetSearchData (127)

tartare (88)

TBX20BamSubset (139)

TCGAbiolinksGUI.data (4632)

TCGAcrcmiRNA (81)

TCGAcrcmRNA (99)

TCGAMethylation450k (135)

tcgaWGBSData.hg19 (5)

TCGAWorkflowData (134)

TENET.ExperimentHub (22)

TENxBrainData (142)

TENxBUSData (74)

TENxPBMCData (566)

TENxVisiumData (105)

TENxXeniumData (67)

timecoursedata (199)

TimerQuant (86)

tinesath1cdf (114)

tinesath1probe (116)

tissueTreg (88)

TMExplorer (69)

tofsimsData (78)

topdownrdata (97)

TransOmicsData (58)

tuberculosis (62)

TumourMethData (69)

tweeDEseqCountData (198)

tximportData (807)

V

VariantToolsData (85)

VectraPolarisData (71)

vulcandata (97)

W

waveTilingData (41)

WeberDivechaLCdata (72)

WES.1KG.WUGSC (118)

WGSmapp (101)

X

xcoredata (74)

XhybCasneuf (119)

Y

yeastCC (153)

yeastExpData (223)

yeastGSData (107)

yeastNagalakshmi (145)

yeastRNASeq (162)

yri1kgv (38)

yriMulti (11)

Z

zebrafishRNASeq (207)