See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Mon. 02 Nov 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (5216) 6 geneLenDataBase (2058) 11 tximportData (1154)
2 celldex (5092) 7 scRNAseq (2014) 12 affydata (1112)
3 ALL (3711) 8 bcellViper (1885) 13 sesameData (1095)
4 HSMMSingleCell (3229) 9 dorothea (1833) 14 msdata (1082)
5 airway (2433) 10 pasilla (1260) 15 golubEsets (1034)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (86)

adductData (176)

affycompData (229)

affydata (1112)

Affyhgu133A2Expr (283)

Affyhgu133aExpr (182)

Affyhgu133Plus2Expr (166)

AffymetrixDataTestFiles (281)

Affymoe4302Expr (189)

Affymoe430Expr (1)

airway (2433)

ALL (3711)

allenpvc (20)

ALLMLL (474)

alpineData (66)

AmpAffyExample (374)

AneuFinderData (102)

antiProfilesData (285)

aracne.networks (189)

ARRmData (202)

AshkenazimSonChr21 (233)

ASICSdata (191)

AssessORFData (176)

AWAggregatorData (132)

B

bcellViper (1885)

beadarrayExampleData (210)

BeadArrayUseCases (230)

BeadSorted.Saliva.EPIC (152)

benchmarkfdrData2019 (41)

beta7 (303)

BioImageDbs (183)

BioPlex (176)

biotmleData (200)

biscuiteerData (186)

bladderbatch (881)

blimaTestingData (194)

BloodCancerMultiOmics2017 (188)

bodymapRat (210)

brainImageRdata (30)

breakpointRdata (213)

breastCancerMAINZ (345)

breastCancerNKI (343)

breastCancerTRANSBIG (302)

breastCancerUNT (319)

breastCancerUPP (334)

breastCancerVDX (352)

brgedata (214)

bronchialIL13 (257)

bsseqData (282)

bugphyzz (152)

C

cancerdata (246)

CardinalWorkflows (207)

ccdata (186)

CCl4 (385)

ccTutorial (194)

celarefData (155)

celldex (5092)

CellMapperData (182)

CENTREprecomputed (91)

ceu1kg (129)

ceu1kgv (90)

ceuhm3 (134)

cfToolsData (162)

cgdv17 (121)

ChAMPdata (716)

charmData (114)

cheung2010 (127)

ChIC.data (51)

ChimpHumanBrainData (175)

ChIPDBData (132)

chipenrich.data (316)

ChIPexoQualExample (176)

chipseqDBData (205)

ChIPXpressData (197)

chromstaRData (109)

CLAMPData (33)

CLL (405)

CLLmethylation (192)

CluMSIDdata (166)

clustifyrdatahub (171)

cMap2data (222)

cnvGSAdata (263)

COHCAPanno (256)

colonCA (339)

CONFESSdata (235)

ConnectivityMap (218)

COPDSexualDimorphism.data (150)

CopyhelpeR (210)

CopyNeutralIMA (175)

CopyNumber450kData (42)

CoSIAdata (158)

COSMIC.67 (243)

CRCL18 (228)

crisprScoreData (297)

curatedAdipoArray (150)

curatedAdipoChIP (176)

curatedAdipoRNA (233)

curatedBladderData (229)

curatedBreastData (211)

curatedCRCData (194)

curatedMetagenomicData (761)

curatedOvarianData (343)

curatedPCaData (180)

curatedTBData (180)

curatedTCGAData (497)

CytoMethIC (189)

D

DAPARdata (232)

DaparToolshedData (2)

davidTiling (296)

depmap (851)

derfinderData (236)

DeSousa2013 (236)

DExMAdata (229)

diffloopdata (149)

diggitdata (192)

DLBCL (440)

DmelSGI (101)

DMRcatedata (432)

DMRsegaldata (97)

DNAZooData (168)

dominatRData (112)

DonaPLLP2013 (189)

DoReMiTra (154)

dorothea (1833)

DREAM4 (159)

dressCheck (242)

DropletTestFiles (525)

DrugVsDiseasedata (236)

dsQTL (116)

DuoClustering2018 (305)

DvDdata (182)

dyebiasexamples (273)

E

easierData (342)

EatonEtAlChIPseq (239)

ecoliLeucine (386)

EGSEAdata (274)

ELMER.data (320)

emtdata (175)

EMTscoreData (109)

ENCODEFig4Band4D (15)

encoDnaseI (162)

eoPredData (139)

EpiMix.data (187)

epimutacionsData (156)

EpipwR.data (131)

estrogen (358)

etec16s (197)

ewceData (283)

F

faahKO (921)

fabiaData (300)

facopy.annot (67)

facsDorit (154)

FANTOM3and4CAGE (242)

ffpeExampleData (325)

fibroEset (599)

FieldEffectCrc (179)

FIs (196)

fission (299)

Fletcher2013a (229)

Fletcher2013b (185)

flowFitExampleData (84)

flowPloidyData (233)

flowQBData (27)

FlowSorted.Blood.450k (481)

FlowSorted.Blood.EPIC (434)

FlowSorted.CordBlood.450k (179)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (217)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (203)

FlowSorted.DLPFC.450k (202)

flowWorkspaceData (696)

fourDNData (182)

frmaExampleData (249)

FunciSNP.data (128)

furrowSeg (153)

G

gageData (541)

gaschYHS (373)

gatingMLData (179)

gcspikelite (240)

gDNAinRNAseqData (160)

gDRtestData (177)

geneLenDataBase (2058)

genomationData (275)

GenomicDistributionsData (197)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (13)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (14)

GeuvadisTranscriptExpr (275)

geuvPack (57)

geuvStore (21)

geuvStore2 (46)

GGdata (195)

ggtut (78)

GIGSEAdata (178)

golubEsets (1034)

gpaExample (136)

grndata (205)

GSBenchMark (174)

GSE103322 (193)

GSE13015 (175)

GSE159526 (163)

GSE280465 (23)

GSE62944 (235)

gskb (67)

GSVAdata (827)

GWASdata (361)

H

h5vcData (519)

hapmap100khind (257)

hapmap100kxba (354)

hapmap500knsp (246)

hapmap500ksty (244)

hapmapsnp5 (348)

hapmapsnp6 (366)

harbChIP (421)

HarmanData (241)

HarmonizedTCGAData (195)

HCAData (257)

HCATonsilData (232)

HD2013SGI (253)

HDCytoData (387)

healthyControlsPresenceChecker (146)

healthyFlowData (186)

HEEBOdata (374)

HelloRangesData (294)

hgu133abarcodevecs (192)

hgu133plus2barcodevecs (169)

hgu133plus2CellScore (154)

hgu2beta7 (320)

HiBED (150)

HiCDataHumanIMR90 (197)

HiCDataLymphoblast (193)

HiContactsData (189)

HighlyReplicatedRNASeq (173)

Hiiragi2013 (268)

HIVcDNAvantWout03 (245)

HMP16SData (235)

HMP2Data (231)

hmyriB36 (150)

homosapienDEE2CellScore (31)

HSMMSingleCell (3229)

HumanAffyData (200)

humanHippocampus2024 (147)

HumanRetinaLRSData (84)

humanStemCell (688)

HuMMANet (2)

I

IHWpaper (226)

Illumina450ProbeVariants.db (598)

IlluminaDataTestFiles (400)

imcdatasets (247)

iModMixData (124)

ind1KG (102)

iontreeData (114)

ITALICSData (252)

Iyer517 (435)

J

JASPAR2014 (361)

JASPAR2016 (452)

JctSeqData (73)

JohnsonKinaseData (145)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (225)

KEGGdzPathwaysGEO (366)

kidpack (280)

KOdata (166)

L

leeBamViews (347)

LegATo (173)

leukemiasEset (370)

LiebermanAidenHiC2009 (181)

ListerEtAlBSseq (180)

LRcellTypeMarkers (167)

lumiBarnes (450)

LungCancerACvsSCCGEO (165)

LungCancerLines (273)

lungExpression (554)

lydata (152)

lymphoma (8)

M

M3DExampleData (284)

macrophage (501)

MACSdata (144)

mammaPrintData (207)

mAPKLData (119)

maqcExpression4plex (410)

MAQCsubset (324)

MAQCsubsetAFX (146)

MAQCsubsetILM (203)

marinerData (152)

mCSEAdata (215)

mcsurvdata (187)

MEALData (25)

MEDIPSData (232)

MEEBOdata (361)

MerfishData (180)

MetaGxBreast (206)

MetaGxOvarian (175)

MetaGxPancreas (200)

metaMSdata (207)

MetaScope (181)

MethylAidData (205)

methylclockData (358)

MethylSeqData (187)

methyvimData (49)

MicrobiomeBenchmarkData (166)

microbiomeDataSets (341)

microRNAome (219)

MIGSAdata (54)

minfiData (666)

minfiDataEPIC (337)

minionSummaryData (188)

miRcompData (229)

miRNATarget (290)

mitoODEdata (65)

MMAPPR2data (57)

MMDiffBamSubset (199)

MOFAdata (324)

mosaicsExample (223)

mouse4302barcodevecs (170)

MouseAgingData (156)

MouseGastrulationData (360)

MouseThymusAgeing (218)

MSBdata (58)

msd16s (258)

msdata (1082)

msigdb (721)

MSMB (222)

msPurityData (184)

msqc1 (256)

MSstatsBioData (46)

mtbls2 (237)

MTseekerData (28)

MUGAExampleData (152)

Mulder2012 (102)

muleaData (131)

multiWGCNAdata (147)

muscData (631)

muSpaData (155)

MutSeqRData (114)

mvoutData (303)

N

NanoporeRNASeq (212)

nanotubes (180)

NCIgraphData (286)

NestLink (239)

NetActivityData (185)

netDx.examples (2)

Neve2006 (312)

NGScopyData (158)

nmrdata (118)

nullrangesData (196)

NxtIRFdata (212)

O

ObMiTi (157)

oct4 (131)

octad.db (157)

OMICsPCAdata (163)

OnassisJavaLibs (165)

optimalFlowData (157)

orthosData (164)

P

parathyroid (44)

parathyroidSE (402)

pasilla (1260)

pasillaBamSubset (887)

PasillaTranscriptExpr (214)

PathNetData (235)

pathprintGEOData (35)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (64)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (64)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (74)

PCHiCdata (190)

pcxnData (49)

pd.atdschip.tiling (258)

pepDat (253)

PepsNMRData (173)

PGPC (26)

PhyloProfileData (166)

plasFIA (40)

plotgardenerData (192)

ppiData (260)

prebsdata (212)

preciseTADhub (155)

PREDAsampledata (265)

ProData (301)

pRolocdata (678)

prostateCancerCamcap (166)

prostateCancerGrasso (163)

prostateCancerStockholm (156)

prostateCancerTaylor (169)

prostateCancerVarambally (202)

ProteinGymR (155)

ptairData (162)

PtH2O2lipids (172)

pumadata (314)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (218)

PWMEnrich.Hsapiens.background (178)

PWMEnrich.Mmusculus.background (170)

pwrEWAS.data (45)

Q

QDNAseq.hg19 (328)

QDNAseq.mm10 (221)

qPLEXdata (124)

QUBICdata (226)

R

raerdata (156)

rcellminerData (262)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (186)

ReactomeGSA.data (197)

RegParallel (215)

restfulSEData (61)

rfcdmin (72)

RforProteomics (420)

RGMQLlib (108)

rheumaticConditionWOLLBOLD (197)

RIPSeekerData (86)

RITANdata (219)

RLHub (50)

RMassBankData (221)

RNAinteractMAPK (178)

RNAmodR.Data (187)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (18)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (965)

RNASeqDataSubset (8)

RNASeqRData (33)

RnaSeqSampleSizeData (300)

RnaSeqTutorial (91)

RnBeads.hg19 (291)

RnBeads.hg38 (250)

RnBeads.mm10 (219)

RnBeads.mm9 (250)

RnBeads.rn5 (193)

RRBSdata (178)

rRDPData (109)

RTCGA.clinical (473)

RTCGA.CNV (364)

RTCGA.methylation (358)

RTCGA.miRNASeq (379)

RTCGA.mRNA (420)

RTCGA.mutations (350)

RTCGA.PANCAN12 (377)

RTCGA.rnaseq (429)

RTCGA.RPPA (368)

RUVnormalizeData (289)

S

sampleClassifierData (167)

SBGNview.data (227)

scaeData (144)

scanMiRData (183)

scATAC.Explorer (166)

SCATEData (41)

SCLCBam (208)

scMultiome (185)

scpdata (230)

scRNAseq (2014)

scTHI.data (141)

seq2pathway.data (168)

seqc (200)

seqCNA.annot (77)

serumStimulation (225)

sesameData (1095)

seventyGeneData (222)

SFEData (216)

shinyMethylData (180)

signatureSearchData (258)

SimBenchData (161)

simpIntLists (259)

Single.mTEC.Transcriptomes (193)

SingleCellMultiModal (271)

SingleMoleculeFootprintingData (134)

smokingMouse (172)

SNAData (287)

SNAGEEdata (230)

SNPhoodData (174)

SomatiCAData (173)

SomaticCancerAlterations (266)

SpatialDatasets (168)

spatialDmelxsim (168)

spatialLIBD (490)

SpikeIn (309)

SpikeInSubset (393)

spqnData (160)

stemHypoxia (239)

STexampleData (392)

stjudem (174)

SubcellularSpatialData (156)

SVM2CRMdata (145)

synapterdata (110)

systemPipeRdata (354)

T

TabulaMurisData (231)

TabulaMurisSenisData (267)

TargetScoreData (201)

TargetSearchData (224)

tartare (198)

TBX20BamSubset (227)

TCGAbiolinksGUI.data (5216)

TCGAcrcmiRNA (202)

TCGAcrcmRNA (192)

TCGAMethylation450k (206)

tcgaWGBSData.hg19 (31)

TCGAWorkflowData (193)

TENET.ExperimentHub (140)

TENxBrainData (589)

TENxBUSData (180)

TENxPBMCData (943)

TENxVisiumData (274)

TENxXeniumData (154)

timecoursedata (169)

TimerQuant (90)

tinesath1cdf (258)

tinesath1probe (307)

tissueTreg (236)

TMExplorer (178)

tofsimsData (144)

topdownrdata (158)

TransOmicsData (143)

tuberculosis (173)

TumourMethData (109)

tweeDEseqCountData (302)

tximportData (1154)

V

VariantToolsData (190)

VectraPolarisData (161)

vulcandata (163)

W

waveTilingData (75)

WeberDivechaLCdata (165)

WES.1KG.WUGSC (180)

WGSmapp (163)

X

xcoredata (182)

XhybCasneuf (343)

Y

yeastCC (433)

yeastExpData (382)

yeastGSData (297)

yeastNagalakshmi (525)

yeastRNASeq (331)

yri1kgv (91)

yriMulti (71)

Z

zebrafishRNASeq (625)