See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Wed. 11 Jun 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (4559) 6 airway (1781) 11 ChAMPdata (796)
2 celldex (3942) 7 scRNAseq (1594) 12 GSVAdata (742)
3 ALL (3249) 8 pasilla (973) 13 msigdb (724)
4 HSMMSingleCell (3088) 9 sesameData (904) 14 bcellViper (673)
5 geneLenDataBase (2139) 10 tximportData (800) 15 Illumina450ProbeVariants.db (652)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (24)

adductData (82)

affycompData (114)

affydata (442)

Affyhgu133A2Expr (100)

Affyhgu133aExpr (117)

Affyhgu133Plus2Expr (150)

AffymetrixDataTestFiles (170)

Affymoe4302Expr (115)

Affymoe430Expr (0)

airway (1781)

ALL (3249)

allenpvc (2)

ALLMLL (251)

alpineData (9)

AmpAffyExample (119)

AneuFinderData (126)

antiProfilesData (113)

aracne.networks (108)

ARRmData (107)

AshkenazimSonChr21 (81)

ASICSdata (88)

AssessORFData (138)

B

bcellViper (673)

beadarrayExampleData (235)

BeadArrayUseCases (114)

BeadSorted.Saliva.EPIC (125)

benchmarkfdrData2019 (61)

beta7 (116)

BioImageDbs (77)

BioPlex (64)

biotmleData (93)

biscuiteerData (82)

bladderbatch (446)

blimaTestingData (97)

BloodCancerMultiOmics2017 (123)

bodymapRat (126)

brainImageRdata (4)

breakpointRdata (124)

breastCancerMAINZ (162)

breastCancerNKI (148)

breastCancerTRANSBIG (157)

breastCancerUNT (137)

breastCancerUPP (155)

breastCancerVDX (204)

brgedata (141)

bronchialIL13 (113)

bsseqData (146)

bugphyzz (40)

C

cancerdata (128)

CardinalWorkflows (128)

ccdata (143)

CCl4 (132)

ccTutorial (52)

celarefData (61)

celldex (3942)

CellMapperData (74)

ceu1kg (43)

ceu1kgv (30)

ceuhm3 (41)

cfToolsData (71)

cgdv17 (35)

ChAMPdata (796)

charmData (39)

cheung2010 (38)

ChIC.data (14)

ChimpHumanBrainData (98)

chipenrich.data (151)

ChIPexoQualExample (82)

chipseqDBData (77)

ChIPXpressData (131)

chromstaRData (110)

CLL (265)

CLLmethylation (63)

CluMSIDdata (83)

clustifyrdatahub (70)

cMap2data (130)

cnvGSAdata (102)

COHCAPanno (88)

colonCA (113)

CONFESSdata (77)

ConnectivityMap (123)

COPDSexualDimorphism.data (116)

CopyhelpeR (105)

CopyNeutralIMA (67)

CopyNumber450kData (20)

CoSIAdata (46)

COSMIC.67 (118)

CRCL18 (81)

crisprScoreData (146)

curatedAdipoArray (60)

curatedAdipoChIP (62)

curatedAdipoRNA (66)

curatedBladderData (140)

curatedBreastData (123)

curatedCRCData (40)

curatedMetagenomicData (346)

curatedOvarianData (253)

curatedPCaData (57)

curatedTBData (63)

curatedTCGAData (389)

CytoMethIC (64)

D

DAPARdata (152)

davidTiling (112)

depmap (564)

derfinderData (131)

DeSousa2013 (111)

DExMAdata (82)

diffloopdata (76)

diggitdata (95)

DLBCL (160)

DmelSGI (56)

DMRcatedata (303)

DNAZooData (73)

DonaPLLP2013 (97)

dorothea (637)

DREAM4 (34)

dressCheck (127)

DropletTestFiles (175)

DrugVsDiseasedata (107)

dsQTL (35)

DuoClustering2018 (115)

DvDdata (99)

dyebiasexamples (115)

E

easierData (119)

EatonEtAlChIPseq (110)

ecoliLeucine (121)

EGSEAdata (240)

ELMER.data (224)

emtdata (63)

ENCODEFig4Band4D (2)

encoDnaseI (40)

eoPredData (39)

EpiMix.data (83)

epimutacionsData (82)

EpipwR.data (46)

estrogen (163)

etec16s (64)

ewceData (252)

F

faahKO (315)

fabiaData (95)

facopy.annot (20)

facsDorit (49)

FANTOM3and4CAGE (104)

ffpeExampleData (104)

fibroEset (152)

FieldEffectCrc (60)

FIs (91)

fission (234)

Fletcher2013a (121)

Fletcher2013b (132)

flowFitExampleData (28)

flowPloidyData (81)

flowQBData (6)

FlowSorted.Blood.450k (332)

FlowSorted.Blood.EPIC (239)

FlowSorted.CordBlood.450k (92)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (93)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (75)

FlowSorted.DLPFC.450k (108)

flowWorkspaceData (219)

fourDNData (73)

frmaExampleData (119)

FunciSNP.data (37)

furrowSeg (83)

G

gageData (301)

gaschYHS (108)

gatingMLData (48)

gcspikelite (143)

gDNAinRNAseqData (68)

gDRtestData (77)

geneLenDataBase (2139)

genomationData (142)

GenomicDistributionsData (89)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (6)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (5)

GeuvadisTranscriptExpr (92)

geuvPack (20)

geuvStore (12)

geuvStore2 (10)

GGdata (50)

ggtut (34)

GIGSEAdata (65)

golubEsets (287)

gpaExample (72)

grndata (117)

GSBenchMark (131)

GSE103322 (62)

GSE13015 (62)

GSE159526 (59)

GSE62944 (89)

gskb (19)

GSVAdata (742)

GWASdata (136)

H

h5vcData (165)

hapmap100khind (120)

hapmap100kxba (155)

hapmap500knsp (110)

hapmap500ksty (116)

hapmapsnp5 (217)

hapmapsnp6 (240)

harbChIP (115)

HarmanData (82)

HarmonizedTCGAData (63)

HCAData (111)

HCATonsilData (80)

HD2013SGI (116)

HDCytoData (259)

healthyControlsPresenceChecker (57)

healthyFlowData (97)

HEEBOdata (114)

HelloRangesData (105)

hgu133abarcodevecs (82)

hgu133plus2barcodevecs (89)

hgu133plus2CellScore (93)

hgu2beta7 (97)

HiBED (57)

HiCDataHumanIMR90 (120)

HiCDataLymphoblast (94)

HiContactsData (114)

HighlyReplicatedRNASeq (60)

Hiiragi2013 (144)

HIVcDNAvantWout03 (96)

HMP16SData (85)

HMP2Data (79)

hmyriB36 (44)

homosapienDEE2CellScore (54)

HSMMSingleCell (3088)

HumanAffyData (71)

humanHippocampus2024 (31)

humanStemCell (221)

I

IHWpaper (85)

Illumina450ProbeVariants.db (652)

IlluminaDataTestFiles (151)

imcdatasets (117)

ind1KG (37)

iontreeData (29)

ITALICSData (123)

Iyer517 (95)

J

JASPAR2014 (156)

JASPAR2016 (162)

JctSeqData (10)

JohnsonKinaseData (54)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (128)

KEGGdzPathwaysGEO (354)

kidpack (110)

KOdata (99)

L

leeBamViews (132)

LegATo (38)

leukemiasEset (160)

LiebermanAidenHiC2009 (95)

ListerEtAlBSseq (90)

LRcellTypeMarkers (65)

lumiBarnes (124)

LungCancerACvsSCCGEO (109)

LungCancerLines (112)

lungExpression (127)

lydata (128)

lymphoma (2)

M

M3DExampleData (180)

macrophage (307)

MACSdata (71)

mammaPrintData (119)

mAPKLData (29)

maqcExpression4plex (134)

MAQCsubset (124)

MAQCsubsetAFX (47)

MAQCsubsetILM (53)

marinerData (65)

mCSEAdata (122)

mcsurvdata (63)

MEALData (15)

MEDIPSData (128)

MEEBOdata (117)

MerfishData (103)

MetaGxBreast (72)

MetaGxOvarian (66)

MetaGxPancreas (63)

metaMSdata (203)

MetaScope (58)

MethylAidData (95)

methylclockData (180)

MethylSeqData (60)

methyvimData (7)

MicrobiomeBenchmarkData (80)

microbiomeDataSets (183)

microRNAome (71)

MIGSAdata (14)

minfiData (550)

minfiDataEPIC (155)

minionSummaryData (107)

miRcompData (95)

miRNATarget (136)

mitoODEdata (25)

MMAPPR2data (13)

MMDiffBamSubset (98)

MOFAdata (202)

mosaicsExample (152)

mouse4302barcodevecs (84)

MouseAgingData (56)

MouseGastrulationData (171)

MouseThymusAgeing (82)

MSBdata (21)

msd16s (97)

msdata (605)

msigdb (724)

MSMB (106)

msPurityData (92)

msqc1 (71)

MSstatsBioData (8)

mtbls2 (189)

MTseekerData (5)

MUGAExampleData (82)

Mulder2012 (34)

muleaData (56)

multiWGCNAdata (64)

muscData (165)

muSpaData (15)

mvoutData (113)

N

NanoporeRNASeq (92)

nanotubes (76)

NCIgraphData (96)

NestLink (69)

NetActivityData (74)

netDx.examples (0)

Neve2006 (127)

NGScopyData (95)

nullrangesData (163)

NxtIRFdata (125)

O

ObMiTi (59)

oct4 (70)

octad.db (75)

OMICsPCAdata (83)

OnassisJavaLibs (80)

optimalFlowData (85)

orthosData (92)

P

parathyroid (15)

parathyroidSE (316)

pasilla (973)

pasillaBamSubset (387)

PasillaTranscriptExpr (93)

PathNetData (96)

pathprintGEOData (9)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (36)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (37)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (35)

PCHiCdata (102)

pcxnData (24)

pd.atdschip.tiling (100)

pepDat (94)

PepsNMRData (93)

PGPC (6)

PhyloProfileData (59)

plasFIA (13)

plotgardenerData (104)

ppiData (53)

prebsdata (113)

preciseTADhub (57)

PREDAsampledata (114)

ProData (113)

pRolocdata (259)

prostateCancerCamcap (92)

prostateCancerGrasso (97)

prostateCancerStockholm (72)

prostateCancerTaylor (77)

prostateCancerVarambally (72)

ProteinGymR (39)

ptairData (86)

PtH2O2lipids (124)

pumadata (122)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (111)

PWMEnrich.Hsapiens.background (108)

PWMEnrich.Mmusculus.background (99)

pwrEWAS.data (15)

Q

QDNAseq.hg19 (173)

QDNAseq.mm10 (104)

qPLEXdata (75)

QUBICdata (79)

R

raerdata (65)

rcellminerData (135)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (202)

ReactomeGSA.data (111)

RegParallel (97)

restfulSEData (106)

rfcdmin (19)

RforProteomics (180)

RGMQLlib (80)

rheumaticConditionWOLLBOLD (99)

RIPSeekerData (34)

RITANdata (90)

RLHub (14)

RMassBankData (116)

RNAinteractMAPK (68)

RNAmodR.Data (72)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (6)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (445)

RNASeqDataSubset (5)

RNASeqRData (10)

RnaSeqSampleSizeData (133)

RnaSeqTutorial (34)

RnBeads.hg19 (191)

RnBeads.hg38 (235)

RnBeads.mm10 (135)

RnBeads.mm9 (135)

RnBeads.rn5 (99)

RRBSdata (91)

rRDPData (108)

RTCGA.clinical (280)

RTCGA.CNV (98)

RTCGA.methylation (92)

RTCGA.miRNASeq (131)

RTCGA.mRNA (190)

RTCGA.mutations (136)

RTCGA.PANCAN12 (130)

RTCGA.rnaseq (190)

RTCGA.RPPA (88)

RUVnormalizeData (106)

S

sampleClassifierData (79)

SBGNview.data (180)

scaeData (64)

scanMiRData (77)

scATAC.Explorer (61)

SCATEData (9)

SCLCBam (96)

scMultiome (94)

scpdata (62)

scRNAseq (1594)

scTHI.data (83)

seq2pathway.data (191)

seqc (113)

seqCNA.annot (35)

serumStimulation (92)

sesameData (904)

seventyGeneData (120)

SFEData (166)

shinyMethylData (116)

signatureSearchData (138)

SimBenchData (63)

simpIntLists (122)

Single.mTEC.Transcriptomes (89)

SingleCellMultiModal (103)

SingleMoleculeFootprintingData (65)

smokingMouse (74)

SNAData (96)

SNAGEEdata (121)

SNPhoodData (90)

SomatiCAData (102)

SomaticCancerAlterations (118)

SpatialDatasets (84)

spatialDmelxsim (58)

spatialLIBD (291)

SpikeIn (150)

SpikeInSubset (205)

spqnData (72)

stemHypoxia (112)

STexampleData (301)

stjudem (57)

SubcellularSpatialData (75)

SVM2CRMdata (81)

synapterdata (151)

systemPipeRdata (264)

T

TabulaMurisData (96)

TabulaMurisSenisData (101)

TargetScoreData (102)

TargetSearchData (116)

tartare (86)

TBX20BamSubset (131)

TCGAbiolinksGUI.data (4559)

TCGAcrcmiRNA (76)

TCGAcrcmRNA (91)

TCGAMethylation450k (126)

tcgaWGBSData.hg19 (5)

TCGAWorkflowData (134)

TENET.ExperimentHub (15)

TENxBrainData (138)

TENxBUSData (70)

TENxPBMCData (593)

TENxVisiumData (100)

TENxXeniumData (60)

timecoursedata (209)

TimerQuant (79)

tinesath1cdf (102)

tinesath1probe (104)

tissueTreg (83)

TMExplorer (65)

tofsimsData (71)

topdownrdata (90)

TransOmicsData (53)

tuberculosis (57)

TumourMethData (65)

tweeDEseqCountData (193)

tximportData (800)

V

VariantToolsData (78)

VectraPolarisData (66)

vulcandata (93)

W

waveTilingData (37)

WeberDivechaLCdata (68)

WES.1KG.WUGSC (111)

WGSmapp (95)

X

xcoredata (69)

XhybCasneuf (106)

Y

yeastCC (141)

yeastExpData (233)

yeastGSData (95)

yeastNagalakshmi (134)

yeastRNASeq (152)

yri1kgv (35)

yriMulti (9)

Z

zebrafishRNASeq (203)