See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Fri. 25 Apr 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (60157) 26 GenomicAlignments (22732) 51 preprocessCore (14212)
2 BiocGenerics (57536) 27 ggtree (22126) 52 BiocSingular (12633)
3 S4Vectors (55288) 28 DESeq2 (22048) 53 ScaledMatrix (12410)
4 GenomeInfoDb (55139) 29 treeio (21853) 54 multtest (11827)
5 IRanges (54674) 30 biomaRt (21639) 55 genefilter (11627)
6 zlibbioc (53715) 31 clusterProfiler (21022) 56 AnnotationHub (11440)
7 Biobase (49698) 32 rhdf5 (20752) 57 VariantAnnotation (11314)
8 XVector (49672) 33 enrichplot (20208) 58 ProtGenerics (11282)
9 Biostrings (48000) 34 rtracklayer (20203) 59 BiocNeighbors (10842)
10 GenomicRanges (44975) 35 rhdf5filters (20140) 60 AnnotationFilter (10788)
11 DelayedArray (42179) 36 fgsea (19970) 61 impute (10543)
12 BiocParallel (41773) 37 DOSE (19714) 62 GEOquery (9766)
13 MatrixGenerics (41563) 38 BiocIO (19406) 63 ensembldb (9577)
14 SparseArray (41459) 39 graph (19275) 64 scuttle (9109)
15 SummarizedExperiment (40248) 40 GOSemSim (19087) 65 Rgraphviz (9098)
16 S4Arrays (40122) 41 qvalue (18901) 66 RBGL (9070)
17 AnnotationDbi (36310) 42 GenomicFeatures (17945) 67 GSEABase (8774)
18 KEGGREST (36218) 43 annotate (17001) 68 affyio (7836)
19 limma (34756) 44 SingleCellExperiment (16077) 69 affy (7722)
20 UCSC.utils (34503) 45 DelayedMatrixStats (15972) 70 ExperimentHub (7652)
21 BiocFileCache (25666) 46 ComplexHeatmap (15930) 71 sva (7363)
22 Rhtslib (23817) 47 beachmat (15612) 72 GSVA (7290)
23 edgeR (23631) 48 sparseMatrixStats (15428) 73 scater (7016)
24 Rsamtools (23413) 49 BSgenome (15352) 74 BiocBaseUtils (6708)
25 Rhdf5lib (22897) 50 HDF5Array (14604) 75 MultiAssayExperiment (6214)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (163)

a4Base (186)

a4Classif (157)

a4Core (193)

a4Preproc (185)

a4Reporting (154)

ABAEnrichment (36)

ABarray (164)

abseqR (109)

ABSSeq (176)

acde (131)

ACE (138)

aCGH (232)

ACME (178)

ADaCGH2 (148)

ADAM (196)

ADAMgui (110)

ADAPT (19)

adaptest (12)

adductomicsR (105)

ADImpute (116)

adSplit (150)

adverSCarial (81)

AffiXcan (104)

affxparser (1561)

affy (7722)

affycomp (173)

AffyCompatible (72)

affyContam (169)

affycoretools (400)

AffyExpress (58)

affyILM (151)

affyio (7836)

affylmGUI (173)

affyPara (58)

affypdnn (55)

affyPLM (938)

affyQCReport (63)

AffyRNADegradation (135)

AffyTiling (40)

AGDEX (136)

aggregateBioVar (112)

Agi4x44PreProcess (20)

agilp (151)

AgiMicroRna (202)

AHMassBank (89)

AIMS (360)

airpart (109)

alabaster (95)

alabaster.base (3144)

alabaster.bumpy (99)

alabaster.files (80)

alabaster.mae (102)

alabaster.matrix (3140)

alabaster.ranges (3011)

alabaster.sce (1024)

alabaster.schemas (2811)

alabaster.se (2931)

alabaster.sfe (2)

alabaster.spatial (103)

alabaster.string (105)

alabaster.vcf (102)

ALDEx2 (1210)

alevinQC (128)

AllelicImbalance (157)

AlphaBeta (100)

AlphaMissenseR (89)

alpine (41)

ALPS (11)

AlpsNMR (124)

alsace (40)

altcdfenvs (160)

AMARETTO (200)

AMOUNTAIN (116)

amplican (131)

ampliQueso (34)

AnalysisPageServer (29)

anamiR (14)

Anaquin (111)

ANCOMBC (1240)

AneuFinder (143)

ANF (114)

animalcules (251)

annaffy (299)

AnnBuilder (10)

annmap (123)

annotate (17001)

AnnotationDbi (36310)

AnnotationFilter (10788)

AnnotationForge (1964)

AnnotationFuncs (48)

AnnotationHub (11440)

AnnotationHubData (326)

annotationTools (163)

annotatr (465)

anota (142)

anota2seq (125)

antiProfiles (129)

AnVIL (506)

AnVILAz (52)

AnVILBase (128)

AnVILBilling (91)

AnVILGCP (57)

AnVILPublish (102)

AnVILWorkflow (83)

APAlyzer (120)

apComplex (147)

apeglm (3680)

APL (185)

applera (2)

appreci8R (107)

aroma.light (1824)

ArrayExpress (426)

ArrayExpressHTS (49)

arrayMagic (8)

arrayMvout (140)

arrayQCplot (2)

arrayQuality (230)

arrayQualityMetrics (463)

ArrayTools (56)

ArrayTV (40)

ARRmNormalization (129)

artMS (124)

ASAFE (100)

ASEB (126)

ASGSCA (123)

ASICS (138)

asmn (6)

ASpediaFI (20)

ASpli (144)

AssessORF (190)

ASSET (157)

ASSIGN (161)

assorthead (4822)

ASURAT (100)

ATACCoGAPS (52)

ATACseqQC (393)

ATACseqTFEA (93)

atena (101)

AtlasRDF (24)

atSNP (123)

attract (152)

AUCell (2571)

autonomics (95)

Autotuner (10)

AWFisher (107)

awst (96)

B

BaalChIP (120)

BAC (51)

bacon (179)

BADER (132)

BadRegionFinder (112)

BAGS (139)

ballgown (555)

bambu (299)

bamsignals (963)

BANDITS (124)

bandle (97)

Banksy (220)

banocc (122)

barcodetrackR (96)

basecallQC (116)

BaseSpaceR (138)

Basic4Cseq (137)

BASiCS (159)

BASiCStan (119)

BasicSTARRseq (109)

basilisk (3288)

basilisk.utils (3181)

batchelor (3910)

BatchQC (157)

BayesKnockdown (106)

BayesPeak (48)

BayesSpace (286)

bayNorm (130)

baySeq (472)

BBCAnalyzer (122)

BCRANK (156)

bcSeq (108)

BDMMAcorrect (35)

beachmat (15612)

beachmat.hdf5 (136)

beachmat.tiledb (20)

beadarray (652)

beadarraySNP (75)

BeadDataPackR (548)

BeadExplorer (6)

BEARscc (74)

BEAT (130)

BEclear (136)

bedbaser (10)

beer (98)

benchdamic (99)

BERT (75)

betaHMM (72)

betr (45)

bettr (74)

BG2 (87)

bgafun (51)

BgeeCall (90)

BgeeDB (160)

BGmix (44)

bgx (116)

BHC (87)

BicARE (166)

BiFET (114)

BiGGR (124)

bigmelon (120)

bigmemoryExtras (39)

bigPint (28)

bim (4)

BindingSiteFinder (98)

bioassayR (137)

Biobase (49698)

biobroom (257)

biobtreeR (88)

bioCancer (120)

BioCartaImage (79)

BiocBaseUtils (6708)

BiocBook (99)

BiocCaseStudies (57)

BiocCheck (1629)

biocDatasets (9)

BiocDockerManager (16)

BiocFHIR (89)

BiocFileCache (25666)

BiocGenerics (57536)

biocGraph (267)

BiocHail (52)

BiocHubsShiny (121)

BiocInstaller (210)

BiocIO (19406)

biocmake (14)

BiocNeighbors (10842)

BiocOncoTK (69)

BioCor (123)

BiocParallel (41773)

BiocPkgTools (172)

biocroxytest (82)

BiocSet (352)

BiocSingular (12633)

BiocSklearn (132)

BiocStyle (5400)

biocthis (264)

BiocVersion (60157)

biocViews (4355)

BiocWorkflowTools (201)

biodb (144)

biodbChebi (104)

biodbExpasy (56)

biodbHmdb (104)

biodbKegg (69)

biodbLipidmaps (35)

biodbMirbase (16)

biodbNcbi (90)

biodbNci (98)

biodbUniprot (90)

bioDist (281)

BioGA (51)

biomaRt (21639)

BioMedR (4)

biomformat (5500)

BioMM (21)

BioMVCClass (150)

biomvRCNS (136)

BioNAR (111)

BioNERO (260)

BioNet (277)

BioNetStat (68)

BioQC (165)

BioSeqClass (50)

biosigner (136)

Biostrings (48000)

biosvd (41)

BioTIP (116)

biotmle (115)

biovizBase (4984)

BiRewire (211)

birta (45)

birte (26)

biscuiteer (114)

BiSeq (149)

BitSeq (58)

blacksheepr (112)

blima (129)

BLMA (119)

BloodGen3Module (139)

bluster (5587)

bnbc (203)

bnem (100)

BOBaFIT (95)

borealis (95)

BPRMeth (128)

BRAIN (182)

brainflowprobes (37)

brainImageR (5)

BrainSABER (14)

BrainStars (47)

branchpointer (130)

breakpointR (114)

brendaDb (103)

BREW3R.r (73)

BRGenomics (68)

bridge (56)

BridgeDbR (131)

broadSeq (53)

BrowserViz (177)

BrowserVizDemo (16)

BSgenome (15352)

BSgenomeForge (188)

bsseq (1401)

BubbleTree (133)

BufferedMatrix (140)

BufferedMatrixMethods (137)

bugsigdbr (251)

BulkSignalR (7)

BUMHMM (133)

bumphunter (2579)

BumpyMatrix (415)

BUS (140)

BUScorrect (105)

BUSpaRse (220)

BUSseq (100)

C

CaDrA (77)

CAEN (87)

CAFE (132)

CAGEfightR (262)

cageminer (103)

CAGEr (286)

CALIB (56)

calm (83)

CAMERA (476)

CAMTHC (10)

CaMutQC (75)

canceR (144)

cancerclass (355)

CancerInSilico (30)

CancerMutationAnalysis (49)

CancerSubtypes (77)

CAnD (37)

caOmicsV (26)

cardelino (101)

Cardinal (262)

CardinalIO (181)

CARDspa (8)

CARNIVAL (189)

casper (123)

CATALYST (570)

Category (1508)

categoryCompare (136)

CatsCradle (47)

CausalR (125)

cbaf (116)

CBEA (84)

cBioPortalData (361)

CBNplot (138)

cbpManager (94)

ccfindR (123)

ccImpute (96)

ccmap (132)

CCPlotR (103)

CCPROMISE (107)

ccrepe (184)

CDI (81)

celaref (114)

celda (780)

CellaRepertorium (30)

CellBarcode (107)

cellbaseR (123)

CellBench (164)

cellGrowth (39)

cellHTS (45)

cellHTS2 (176)

CelliD (219)

cellity (115)

CellMapper (105)

cellmigRation (89)

CellMixS (118)

CellNOptR (186)

cellscape (96)

CellScore (103)

CellTrails (108)

cellTree (27)

cellxgenedp (122)

CEMiTool (187)

censcyt (97)

Cepo (154)

ceRNAnetsim (84)

CeTF (118)

CexoR (134)

CFAssay (107)

cfdnakit (90)

cfDNAPro (119)

cfTools (83)

CGEN (131)

CGHbase (383)

CGHcall (359)

cghMCR (161)

CGHnormaliter (143)

CGHregions (154)

ChAMP (715)

CHARGE (12)

charm (56)

ChemmineOB (326)

ChemmineR (795)

CHETAH (138)

chevreulPlot (3)

chevreulProcess (3)

chevreulShiny (2)

ChIC (23)

Chicago (139)

chihaya (167)

chimera (49)

chimeraviz (144)

ChIPanalyser (114)

ChIPComp (122)

chipenrich (172)

ChIPexoQual (115)

ChIPpeakAnno (987)

ChIPQC (375)

ChIPseeker (1965)

chipseq (605)

ChIPseqR (163)

ChIPSeqSpike (17)

ChIPsim (154)

ChIPXpress (114)

chopsticks (155)

chroGPS (48)

chromDraw (122)

ChromHeatMap (143)

ChromoViz (7)

chromPlot (227)

ChromSCape (104)

chromstaR (107)

chromswitch (32)

chromVAR (1182)

CHRONOS (111)

cicero (259)

CIMICE (93)

CINdex (114)

circRNAprofiler (115)

CircSeqAlignTk (84)

cisPath (115)

CiteFuse (120)

ClassifyR (339)

cleanUpdTSeq (135)

CleanUpRNAseq (51)

cleaver (244)

clevRvis (96)

clippda (144)

clipper (151)

cliProfiler (90)

cliqueMS (133)

Clomial (114)

Clonality (55)

clonotypeR (48)

clst (134)

clstutils (134)

CluMSID (97)

ClustAll (81)

clustComp (118)

clusterExperiment (315)

ClusterFoldSimilarity (76)

ClusterJudge (109)

clusterProfiler (21022)

clusterSeq (117)

ClusterSignificance (108)

clusterStab (159)

clustifyr (189)

ClustIRR (89)

CMA (200)

cmapR (441)

cn.farms (138)

cn.mops (240)

CNAnorm (135)

CNEr (3295)

CNORdt (133)

CNORfeeder (138)

CNORfuzzy (140)

CNORode (149)

CNPBayes (24)

CNTools (179)

CNVfilteR (100)

CNVgears (34)

cnvGSA (138)

CNViz (95)

CNVMetrics (96)

CNVPanelizer (124)

CNVRanger (127)

CNVrd2 (131)

CNVtools (44)

cobindR (46)

CoCiteStats (142)

COCOA (123)

codelink (162)

CODEX (148)

coexnet (22)

CoGAPS (324)

cogena (141)

cogeqc (107)

Cogito (94)

coGPS (132)

COHCAP (56)

cola (162)

comapr (95)

combi (125)

coMET (90)

coMethDMR (107)

compartmap (41)

COMPASS (149)

compcodeR (145)

compEpiTools (127)

CompGO (38)

ComplexHeatmap (15930)

CompoundDb (257)

ComPrAn (91)

compSPOT (74)

conclus (10)

concordexR (106)

condcomp (6)

condiments (134)

CONFESS (123)

consensus (99)

ConsensusClusterPlus (2922)

consensusDE (109)

consensusOV (129)

consensusSeekeR (124)

consICA (177)

CONSTANd (92)

contiBAIT (44)

conumee (213)

convert (186)

copa (142)

COPDSexualDimorphism (5)

copynumber (129)

CopyNumber450k (24)

CopyNumberPlots (148)

CopywriteR (49)

coRdon (209)

CoRegFlux (7)

CoRegNet (57)

CoreGx (270)

Cormotif (142)

CorMut (41)

coRNAi (41)

corral (114)

CORREP (56)

coseq (184)

CoSIA (75)

cosmiq (200)

cosmo (16)

cosmoGUI (14)

cosmosR (128)

COSNet (121)

COTAN (123)

CountClust (26)

countsimQC (287)

covEB (106)

CoverageView (126)

covRNA (107)

CPSM (5)

cpvSNP (121)

cqn (315)

CRImage (155)

CRISPRball (84)

crisprBase (155)

crisprBowtie (150)

crisprBwa (86)

crisprDesign (139)

crisprScore (162)

CRISPRseek (174)

crisprseekplus (38)

crisprShiny (75)

CrispRVariants (138)

crisprVerse (119)

crisprViz (122)

crlmm (293)

CrossICC (4)

crossmeta (140)

CSAR (153)

csaw (512)

csdR (87)

CSSP (41)

CSSQ (94)

ctc (289)

CTdata (84)

CTDquerier (107)

CTexploreR (73)

ctgGEM (11)

cTRAP (116)

ctsGE (112)

CTSV (97)

cummeRbund (267)

CuratedAtlasQueryR (98)

customCMPdb (108)

customProDB (156)

CVE (17)

cyanoFilter (95)

cycle (143)

cydar (133)

cypress (72)

CytoDx (125)

cytofast (12)

cytofkit (34)

CyTOFpower (58)

cytofQC (97)

CytoGLMM (103)

cytoKernel (107)

cytolib (2473)

cytomapper (326)

CytoMDS (74)

cytoMEM (129)

CytoML (447)

CytoPipeline (104)

CytoPipelineGUI (78)

CytoTree (15)

cytoviewer (128)

D

dada2 (2414)

dagLogo (141)

daMA (134)

DAMEfinder (101)

DaMiRseq (131)

Damsel (62)

dandelionR (11)

DAPAR (165)

dar (66)

DART (137)

DASC (2)

DASiR (28)

dasper (15)

DAVIDQuery (31)

DBChIP (50)

dcanr (183)

DCATS (103)

dce (84)

dcGSA (102)

DChIPRep (29)

ddCt (164)

ddgraph (37)

ddPCRclust (126)

dearseq (232)

debCAM (108)

debrowser (155)

DECIPHER (2795)

deco (19)

DEComplexDisease (23)

decompTumor2Sig (140)

DeconRNASeq (307)

decontam (1625)

decontX (271)

deconvR (111)

decoupleR (1246)

DEDS (50)

DeepBlueR (35)

DeepPINCS (92)

deepSNV (189)

DeepTarget (52)

DEFormats (252)

DegCre (68)

DegNorm (100)

DEGraph (109)

DEGreport (607)

DEGseq (224)

DelayedArray (42179)

DelayedDataFrame (103)

DelayedMatrixStats (15972)

DelayedRandomArray (100)

DelayedTensor (96)

DELocal (109)

deltaCaptureC (96)

deltaGseg (120)

DeMAND (102)

DeMixT (130)

demuxmix (258)

demuxSNP (82)

densvis (1299)

DEP (583)

DepecheR (114)

DepInfeR (87)

DeProViR (41)

DEqMS (284)

derfinder (507)

derfinderHelper (504)

derfinderPlot (157)

DEScan2 (112)

DESeq (193)

DESeq2 (22048)

DEsingle (284)

DESpace (95)

destiny (688)

DEsubs (106)

DEWSeq (103)

DExMA (101)

DEXSeq (1420)

dexus (48)

DFP (144)

DFplyr (37)

DIAlignR (60)

DiffBind (1096)

diffcoexp (176)

diffcyt (451)

DifferentialRegulation (96)

diffGeneAnalysis (127)

diffHic (166)

DiffLogo (131)

diffloop (36)

diffuStats (118)

diffUTR (82)

diggit (119)

Dino (96)

dinoR (72)

dir.expiry (3269)

Director (82)

DirichletMultinomial (4615)

discordant (132)

DiscoRhythm (117)

distinct (248)

dittoSeq (1352)

divergence (94)

dks (112)

DMCFB (104)

DMCHMM (105)

DMRcaller (147)

DMRcate (1092)

DMRforPairs (53)

DMRScan (92)

dmrseq (209)

DNABarcodeCompatibility (86)

DNABarcodes (185)

DNAcopy (4823)

DNAcycP2 (3)

DNAfusion (91)

DNaseR (8)

DNAshapeR (133)

domainsignatures (41)

DominoEffect (106)

dominoSignal (46)

doppelgangR (205)

DOQTL (30)

Doscheda (113)

DOSE (19714)

doseR (104)

doubletrouble (106)

dpeak (26)

drawProteins (205)

dreamlet (114)

DRIMSeq (295)

DriverNet (118)

DropletUtils (2420)

drugTargetInteractions (99)

DrugVsDisease (165)

dSimer (13)

DSS (763)

dStruct (87)

DTA (126)

dualKS (54)

Dune (86)

DupChecker (25)

DuplexDiscovereR (34)

dupRadar (165)

dyebias (149)

DynDoc (1387)

E

easier (130)

EasyCellType (116)

easylift (87)

EasyqpcR (46)

easyreporting (97)

easyRNASeq (179)

EBarrays (204)

EBcoexpress (139)

EBImage (2778)

EBSEA (106)

EBSeq (378)

EBSeqHMM (55)

ecolitk (155)

EDASeq (1660)

edd (19)

EDDA (41)

edge (155)

edgeR (23631)

EDIRquery (79)

eds (382)

eegc (50)

EGAD (120)

EGSEA (267)

eiR (129)

eisa (56)

eisaR (145)

ELBOW (38)

ELMER (227)

ELViS (3)

EMDomics (141)

EmpiricalBrownsMethod (140)

ENCODExplorer (34)

EnhancedVolcano (5264)

enhancerHomologSearch (85)

EnMCB (101)

ENmix (313)

EnrichDO (42)

EnrichedHeatmap (597)

EnrichmentBrowser (528)

enrichplot (20208)

enrichTF (40)

enrichViewNet (89)

ensembldb (9577)

ensemblVEP (124)

ENVISIONQuery (45)

epialleleR (101)

EpiCompare (64)

epidecodeR (90)

EpiDISH (671)

epigenomix (134)

epigraHMM (101)

epihet (18)

EpiMix (92)

epimutacions (94)

epiNEM (136)

EpipwR (38)

epiregulon (76)

epiregulon.extra (77)

epistack (93)

epistasisGA (86)

EpiTxDb (101)

epivizr (172)

epivizrChart (113)

epivizrData (148)

epivizrServer (141)

epivizrStandalone (112)

erccdashboard (145)

erma (152)

ERSSA (105)

esATAC (130)

escape (437)

escheR (110)

esetVis (115)

eudysbiome (111)

evaluomeR (105)

EventPointer (122)

EWCE (278)

ExCluster (87)

ExiMiR (135)

exomeCopy (196)

exomePeak (47)

exomePeak2 (82)

exonmap (13)

ExperimentHub (7652)

ExperimentHubData (269)

ExperimentSubset (113)

explorase (44)

ExploreModelMatrix (230)

ExpressionAtlas (228)

ExpressionView (52)

exprExternal (2)

externalVector (14)

extraChIPs (121)

F

fabia (211)

facopy (24)

factDesign (145)

factR (94)

faers (98)

FamAgg (126)

famat (98)

farms (70)

fastLiquidAssociation (126)

FastqCleaner (124)

fastreeR (113)

fastseg (781)

fbat (11)

FCBF (43)

fCCAC (109)

fCI (116)

fcoex (18)

fcScan (109)

fdrame (136)

FEAST (156)

FeatSeekR (81)

fedup (92)

FELLA (170)

FEM (40)

fenr (84)

ffpe (141)

fgga (90)

FGNet (143)

fgsea (19970)

FilterFFPE (104)

findIPs (75)

FindIT2 (97)

FindMyFriends (32)

FISHalyseR (113)

fishpond (264)

FitHiC (120)

flagme (126)

FLAMES (114)

flipflop (36)

flowAI (549)

flowBeads (128)

flowBin (130)

flowcatchR (136)

flowCHIC (128)

flowCL (46)

flowClean (243)

flowClust (728)

flowCore (2577)

flowCut (153)

flowCyBar (114)

flowDensity (287)

flowFit (38)

flowFlowJo (22)

flowFP (191)

flowGate (116)

flowGraph (86)

flowMap (65)

flowMatch (133)

flowMeans (175)

flowMerge (167)

flowPeaks (202)

flowPhyto (15)

flowPloidy (108)

flowPlots (120)

flowQ (41)

flowQB (42)

FlowRepositoryR (33)

FlowSOM (1030)

flowSpecs (119)

flowSpy (7)

flowStats (463)

flowTime (113)

flowTrans (159)

flowType (43)

flowUtils (71)

flowViz (940)

flowVS (159)

flowWorkspace (1107)

fmcsR (263)

fmrs (138)

fobitools (101)

focalCall (29)

FoldGO (36)

FourCSeq (34)

FRASER (151)

frenchFISH (82)

FRGEpistasis (112)

frma (174)

frmaTools (140)

FScanR (18)

FunChIP (43)

FunciSNP (44)

funOmics (52)

funtooNorm (111)

FuseSOM (95)

G

G4SNVHunter (28)

GA4GHclient (118)

GA4GHshiny (111)

gaga (149)

gage (835)

gaggle (73)

gaia (52)

GAPGOM (18)

GAprediction (97)

garfield (102)

GARS (110)

GateFinder (107)

gatom (94)

gaucho (31)

GBScleanR (118)

gcapc (111)

gcatest (132)

gCMAP (44)

gCMAPWeb (37)

gCrisprTools (113)

gcrma (1117)

GCSConnection (10)

GCSFilesystem (10)

GCSscore (22)

GDCRNATools (231)

gDNAx (96)

gDR (80)

gDRcore (88)

gDRimport (91)

gDRstyle (88)

gDRutils (94)

GDSArray (237)

gdsfmt (2089)

GeDi (84)

geecc (35)

GEM (108)

gemini (86)

gemma.R (110)

genArise (124)

genbankr (67)

GENE.E (31)

gene2pathway (14)

GeneAccord (22)

GeneAnswers (59)

geneAttribution (115)

GeneBreak (121)

geneClassifiers (102)

GeneExpressionSignature (156)

genefilter (11627)

genefu (337)

GeneGA (108)

GeneGeneInteR (104)

GeneGroupAnalysis (9)

GeneMeta (164)

GeneNetworkBuilder (144)

GeneOverlap (619)

geneplast (139)

geneplotter (4572)

GeneR (17)

geneRecommender (139)

GeneRegionScan (150)

GeneRfold (6)

geneRxCluster (136)

GeneSelectMMD (145)

GeneSelector (47)

GENESIS (378)

GeneSpring (13)

GeneStructureTools (117)

geNetClassifier (164)

GeneticsBase (11)

GeneticsDesign (48)

GeneticsPed (158)

GeneTonic (313)

GeneTraffic (11)

GeneTS (7)

geneXtendeR (107)

GENIE3 (1319)

genoCN (119)

GenoGAM (24)

genomation (671)

GenomAutomorphism (83)

GenomeBase (1)

GenomeGraphs (60)

GenomeInfoDb (55139)

genomeIntervals (202)

genomes (142)

GenomicAlignments (22732)

GenomicDataCommons (1006)

GenomicDistributions (143)

GenomicFeatures (17945)

GenomicFiles (1138)

genomicInstability (107)

GenomicInteractionNodes (92)

GenomicInteractions (408)

GenomicOZone (116)

GenomicPlot (110)

GenomicRanges (44975)

GenomicScores (623)

GenomicSuperSignature (108)

GenomicTuples (124)

Genominator (51)

genoset (54)

genotypeeval (41)

GenoView (15)

genphen (22)

GenProSeq (83)

GenRank (15)

GenVisR (302)

GeoDiff (105)

GEOexplorer (105)

GEOfastq (115)

GEOmetadb (276)

geomeTriD (41)

GeomxTools (384)

GEOquery (9766)

GEOsearch (16)

GEOsubmission (139)

GeoTcgaData (199)

gep2pep (103)

gespeR (90)

getDEE2 (97)

geva (94)

GEWIST (112)

geyser (17)

gff3Plotter (3)

gg4way (80)

GGBase (58)

ggbio (1836)

ggcyto (797)

ggkegg (528)

ggmanh (270)

ggmsa (541)

GGPA (88)

ggsc (125)

ggseqalign (51)

ggspavis (222)

GGtools (64)

ggtree (22126)

ggtreeDendro (97)

ggtreeExtra (1117)

ggtreeSpace (73)

GIGSEA (93)

ginmappeR (75)

gINTomics (55)

girafe (165)

GISPA (38)

GLAD (226)

GladiaTOX (95)

Glimma (1029)

glmGamPoi (4865)

glmSparseNet (222)

GlobalAncova (978)

globalSeq (109)

globaltest (1763)

GloScope (87)

gmapR (170)

GmicR (105)

gmoviz (96)

GMRP (109)

GNET2 (97)

GNOSIS (89)

goCluster (1)

GOexpress (145)

GOfuncR (336)

GOFunction (47)

GoogleGenomics (23)

GOpro (154)

goProfiles (168)

GOSemSim (19087)

goseq (1436)

GOSim (97)

goSorensen (99)

goSTAG (116)

GOstats (1397)

GOsummaries (56)

GOTHiC (138)

goTools (143)

GPA (95)

gpart (22)

gpls (260)

gprege (40)

gpuMagic (91)

gQTLBase (34)

gQTLstats (36)

GrafGen (70)

gramm4R (9)

GRaNIE (135)

granulator (154)

graper (97)

graph (19275)

GraphAlignment (123)

GraphAT (152)

graphite (3152)

GraphPAC (113)

GRENITS (117)

GreyListChIP (1000)

GRmetrics (141)

groHMM (115)

GRridge (30)

GSALightning (93)

GSAR (159)

GSCA (123)

gscreend (102)

GSEABase (8774)

GSEABenchmarkeR (127)

GSEAlm (154)

GSEAmining (104)

gsean (109)

GSgalgoR (95)

GSReg (124)

GSRI (141)

GSVA (7290)

gtrellis (169)

GUIDEseq (135)

Guitar (188)

Gviz (3240)

GWAS.BAYES (100)

gwascat (606)

GWASTools (635)

gwasurvivr (137)

GWENA (250)

gypsum (2744)

H

h5mread (98)

h5vc (153)

hapFabia (133)

Harman (176)

HarmonizR (97)

Harshlight (148)

hca (98)

HCABrowser (9)

HCAExplorer (7)

HCAMatrixBrowser (3)

HCsnip (34)

HDF5Array (14604)

HDTD (103)

hdxmsqc (58)

heatmaps (291)

Heatplus (480)

HelloRanges (143)

HELP (137)

HEM (142)

hermes (253)

HERON (78)

Herper (148)

hexbin (50)

HGC (100)

hiAnnotator (137)

HIBAG (167)

HicAggR (71)

HiCBricks (165)

HiCcompare (248)

HiCDCPlus (129)

HiCDOC (102)

HiCExperiment (163)

HiContacts (153)

HiCool (96)

HiCParser (9)

hicrep (12)

hicVennDiagram (85)

hierGWAS (122)

hierinf (87)

HilbertCurve (147)

HilbertVis (208)

HilbertVisGUI (95)

HiLDA (106)

hipathia (210)

HIPPO (95)

hiReadsProcessor (128)

HIREewas (103)

HiTC (199)

hmdbQuery (123)

HMMcopy (371)

HoloFoodR (50)

hoodscanR (115)

hopach (315)

HPAanalyze (184)

hpar (286)

HPAStainR (14)

HPiP (97)

HTqPCR (102)

HTSanalyzeR (50)

HTSeqGenie (61)

htSeqTools (46)

HTSFilter (232)

HuBMAPR (37)

HubPub (146)

HumanTranscriptomeCompendium (52)

hummingbird (90)

HybridExpress (87)

HybridMTest (166)

hypeR (150)

hyperdraw (153)

hypergraph (187)

I

iASeq (117)

iasva (111)

iBBiG (151)

ibh (126)

iBMQ (101)

iCARE (173)

Icens (416)

icetea (101)

iCheck (120)

iChip (138)

iClusterPlus (423)

iCNV (111)

iCOBRA (297)

ideal (135)

IdeoViz (135)

idiogram (142)

IdMappingAnalysis (42)

IdMappingRetrieval (46)

idpr (109)

idr2d (96)

IFAA (86)

iFlow (7)

iGC (119)

IgGeneUsage (96)

igvR (157)

igvShiny (87)

IHW (676)

illuminaio (2763)

ILoReg (98)

imageHTS (64)

IMAS (108)

imcRtools (258)

Imetagene (31)

IMMAN (100)

immApex (20)

ImmuneSpaceR (44)

immunoClust (124)

immunogenViewer (49)

immunotation (94)

IMPCdata (103)

ImpulseDE (13)

ImpulseDE2 (21)

impute (10543)

INDEED (83)

iNETgrate (87)

infercnv (1164)

infinityFlow (118)

Informeasure (91)

InPAS (132)

INPower (129)

inSilicoDb (33)

inSilicoMerging (36)

INSPEcT (122)

INTACT (82)

InTAD (107)

intansv (142)

interacCircos (97)

InteractionSet (1805)

InteractiveComplexHeatmap (411)

interactiveDisplay (154)

interactiveDisplayBase (4764)

InterCellar (110)

IntEREst (108)

InterMineR (95)

IntOMICS (11)

IntramiRExploreR (102)

inveRsion (42)

IONiseR (133)

iontree (35)

iPAC (117)

iPath (82)

ipdDb (187)

IPO (216)

IPPD (41)

IRanges (54674)

IRISFGM (20)

IrisSpatialFeatures (5)

ISAnalytics (78)

iSEE (495)

iSEEde (95)

iSEEfier (81)

iSEEhex (142)

iSEEhub (182)

iSEEindex (87)

iSEEpathways (88)

iSEEtree (76)

iSEEu (154)

iSeq (115)

ISLET (95)

iSNetwork (4)

isobar (155)

IsoBayes (81)

IsoCorrectoR (129)

IsoCorrectoRGUI (100)

IsoformSwitchAnalyzeR (290)

IsoGeneGUI (54)

ISoLDE (89)

isomiRs (162)

iSPlot (5)

ITALICS (136)

iterativeBMA (140)

iterativeBMAsurv (122)

iterClust (38)

iteremoval (20)

IVAS (128)

ivygapSE (107)

IWTomics (124)

J

jazzPanda (6)

jmosaics (26)

joda (46)

JunctionSeq (22)

K

karyoploteR (789)

katdetectr (99)

KBoost (81)

KCsmart (141)

kebabs (164)

KEGGgraph (5248)

KEGGlincs (116)

keggorth (7)

keggorthology (244)

KEGGprofile (53)

KEGGREST (36218)

KEGGSOAP (22)

kimod (16)

KinSwingR (103)

kissDE (108)

kmcut (50)

KnowSeq (107)

knowYourCG (73)

koinar (42)

L

LACE (184)

lapmix (116)

LBE (223)

ldblock (144)

LEA (631)

LedPred (100)

lefser (546)

lemur (107)

les (136)

levi (84)

lfa (300)

limma (34756)

limmaGUI (156)

limpa (1)

limpca (75)

LimROTS (6)

LINC (14)

LineagePulse (32)

lineagespot (88)

LinkHD (109)

Linnorm (197)

LinTInd (91)

lionessR (107)

lipidr (160)

LiquidAssociation (134)

lisaClust (170)

lmdme (132)

LMGene (54)

LOBSTAHS (140)

loci2path (113)

logicFS (159)

logitT (65)

Logolas (14)

lol (36)

LOLA (249)

LoomExperiment (621)

LowMACA (39)

LPE (148)

LPEadj (73)

lpNet (130)

lpsymphony (891)

LRBaseDbi (113)

LRcell (92)

lumi (1209)

lute (70)

LVSmiRNA (44)

LymphoSeq (121)

M

M3C (593)

M3D (30)

M3Drop (590)

m6Aboost (88)

maanova (74)

Maaslin2 (939)

maaslin3 (16)

Macarron (131)

macat (79)

maCorrPlot (125)

MACPET (19)

MACSQuantifyR (81)

MACSr (128)

maDB (22)

made4 (304)

MADSEQ (109)

maftools (2486)

MAGAR (122)

MAGeCKFlute (342)

magpie (82)

magrene (89)

MAI (101)

maigesPack (82)

MAIT (194)

makecdfenv (217)

makePlatformDesign (9)

MANOR (147)

manta (47)

MantelCorr (117)

MAPFX (75)

mAPKL (41)

maPredictDSC (127)

mapscape (88)

mariner (89)

marr (97)

marray (1785)

martini (107)

maser (160)

maSigPro (338)

maskBAD (132)

MassArray (115)

massiR (127)

MassSpecWavelet (1672)

MAST (2073)

mastR (179)

matchBox (111)

matchprobes (11)

MatrixGenerics (41563)

MatrixQCvis (189)

MatrixRider (115)

matter (244)

MaxContrastProjection (16)

MBAmethyl (98)

MBASED (122)

MBCB (131)

MBECS (108)

mbkmeans (371)

mbOmic (9)

mBPCR (138)

MBQN (103)

mbQTL (77)

MBttest (105)

mcaGUI (50)

MCbiclust (112)

MCRestimate (53)

mCSEA (140)

mdgsa (33)

mdp (102)

mdqc (143)

MDTS (97)

MEAL (143)

MeasurementError.cor (125)

MEAT (100)

MEB (96)

MEDIPS (185)

MEDME (129)

megadepth (172)

MEIGOR (139)

Melissa (102)

memes (251)

MergeMaid (57)

Mergeomics (118)

MeSHDbi (249)

meshes (188)

meshr (166)

MeSHSim (16)

MesKit (122)

messina (123)

metaArray (58)

Metab (131)

metabCombiner (142)

metabinR (81)

MetaboAnnotation (272)

MetaboCoreUtils (1740)

MetaboDynamics (13)

metabolomicsWorkbenchR (118)

metabomxtr (117)

MetaboSignal (156)

metaCCA (136)

MetaCyto (120)

metagene (50)

metagene2 (119)

metagenomeFeatures (30)

metagenomeSeq (1573)

metahdep (129)

metaMS (222)

MetaNeighbor (139)

MetaPhOR (101)

metapod (4667)

metapone (94)

metaSeq (132)

metaseqR (42)

metaseqR2 (118)

metavizr (25)

MetaVolcanoR (55)

metaX (13)

MetCirc (124)

MethCP (15)

methimpute (109)

methInheritSim (114)

methodical (60)

MethPed (108)

MethReg (90)

methrix (131)

MethTargetedNGS (116)

methVisual (46)

methyAnalysis (50)

MethylAid (146)

methylCC (112)

methylclock (196)

methylGSA (162)

methyLImp2 (81)

methylInheritance (110)

methylKit (667)

MethylMix (154)

methylMnM (127)

methylPipe (146)

methylscaper (124)

MethylSeekR (199)

methylSig (121)

methylumi (1491)

methyvim (16)

MetID (104)

MetMashR (32)

MetNet (105)

mfa (139)

Mfuzz (1388)

MGFM (120)

MGFR (107)

MGnifyR (105)

mgsa (172)

mia (1423)

miaSim (116)

miaViz (317)

MiChip (128)

microbiome (1801)

microbiomeDASim (91)

microbiomeExplorer (111)

microbiomeMarker (383)

MicrobiomeProfiler (158)

MicrobiotaProcess (507)

microRNA (227)

microSTASIS (86)

MICSQTL (78)

midasHLA (91)

MIGSA (25)

miloR (440)

mimager (109)

MIMOSA (50)

mina (79)

MineICA (138)

minet (710)

minfi (2309)

MinimumDistance (155)

MiPP (145)

miQC (150)

MIRA (117)

MiRaGE (136)

miRBaseConverter (168)

miRcomp (122)

mirIntegrator (124)

MIRit (84)

miRLAB (133)

miRmine (52)

miRNAmeConverter (116)

miRNApath (125)

miRNAtap (192)

miRSM (107)

miRsponge (11)

miRspongeR (95)

Mirsynergy (37)

mirTarRnaSeq (105)

missMethyl (1087)

missRows (104)

mist (5)

mistyR (140)

mitch (98)

mitoClone2 (110)

mitoODE (38)

mixOmics (2731)

MLInterfaces (412)

mlm4omics (5)

MLP (179)

MLSeq (182)

MMAPPR2 (25)

MMDiff (31)

MMDiff2 (110)

mmgmos (3)

mmnet (30)

MmPalateMiRNA (46)

MMUPHin (185)

mnem (134)

moanin (204)

mobileRNA (71)

MobilityTransformR (64)

MODA (110)

ModCon (81)

Modstrings (145)

MOFA (10)

MOFA2 (552)

MOGAMUN (94)

mogsa (267)

MoleculeExperiment (107)

MOMA (101)

monaLisa (199)

monocle (3371)

Moonlight2R (84)

MoonlightR (128)

MoPS (28)

mosaics (225)

mosbi (93)

MOSClip (36)

mosdef (190)

MOSim (110)

Motif2Site (91)

motifbreakR (210)

motifcounter (107)

MotifDb (583)

motifmatchr (1327)

MotifPeeker (20)

motifRG (44)

motifStack (668)

motifTestR (92)

MotIV (60)

MouseFM (186)

MPAC (52)

MPFE (104)

mpra (120)

MPRAnalyze (116)

MQmetrics (17)

mQTL.NMR (28)

msa (1856)

MSA2dist (129)

MsBackendMassbank (112)

MsBackendMetaboLights (43)

MsBackendMgf (460)

MsBackendMsp (371)

MsBackendRawFileReader (99)

MsBackendSql (107)

MsCoreUtils (3506)

MsDataHub (123)

MSEADbi (6)

MsExperiment (1329)

MsFeatures (1365)

msgbsR (105)

MSGFgui (36)

MSGFplus (36)

msImpute (233)

mslp (78)

msmsEDA (283)

msmsTests (282)

MSnbase (3032)

MSnID (317)

mspms (20)

MSPrep (179)

msPurity (122)

msqrob2 (190)

MsQuality (94)

MSstats (521)

MSstatsBig (83)

MSstatsBioNet (10)

MSstatsConvert (441)

MSstatsLiP (115)

MSstatsLOBD (92)

MSstatsPTM (201)

MSstatsQC (114)

MSstatsQCgui (97)

MSstatsSampleSize (23)

MSstatsShiny (131)

MSstatsTMT (271)

MSstatsTMTPTM (6)

MTseeker (6)

MuData (103)

Mulcom (140)

MultiAssayExperiment (6214)

MultiBaC (116)

multiClust (139)

multicrispr (101)

MultiDataSet (1170)

multiGSEA (171)

multiHiCcompare (157)

MultiMed (116)

multiMiR (316)

MultimodalExperiment (78)

multiOmicsViz (44)

MultiRNAflow (101)

multiscan (133)

multiSight (14)

multistateQTL (69)

multiWGCNA (122)

multtest (11827)

mumosa (110)

MungeSumstats (924)

muscat (539)

muscle (385)

musicatk (122)

MutationalPatterns (313)

MVCClass (157)

mvGST (27)

MWASTools (164)

mygene (355)

myvariant (136)

mzID (2941)

mzR (3162)

N

NADfinder (111)

NanoMethViz (130)

NanoStringDiff (144)

NanoStringNCTools (383)

NanoStringQCPro (50)

nanotatoR (33)

NanoTube (121)

NarrowPeaks (45)

NBAMSeq (194)

NBSplice (22)

ncdfFlow (1058)

ncGTW (172)

NCIgraph (113)

ncRNAtools (100)

ndexr (111)

neaGUI (24)

nearBynding (92)

Nebulosa (1223)

NeighborNet (31)

nem (64)

nempi (96)

NetActivity (87)

netbenchmark (27)

netbiov (58)

netboost (91)

netboxr (16)

netDx (49)

nethet (132)

netOmics (23)

NetPathMiner (114)

netprioR (96)

netReg (18)

netresponse (143)

NetSAM (159)

netSmooth (114)

networkBMA (52)

netZooR (91)

NeuCA (52)

NewWave (115)

NGScopy (28)

ngsReports (117)

nipalsMCIA (90)

nnNorm (143)

nnSVG (189)

NOISeq (601)

nondetects (64)

NoRCE (98)

normalize450K (101)

NormalyzerDE (214)

NormqPCR (213)

normr (174)

NPARC (114)

npGSEA (126)

NTW (121)

nucleoSim (112)

nucleR (159)

nuCpos (97)

nudge (43)

nullranges (188)

NuPoP (137)

NxtIRFcore (14)

O

occugene (123)

OCplus (158)

octad (94)

ODER (9)

odseq (110)

OGRE (94)

OGSA (26)

oligo (1731)

oligoClasses (1597)

OLIN (156)

OLINgui (142)

omada (84)

OmaDB (230)

omicade4 (207)

OmicCircos (237)

omicplotR (110)

omicRexposome (114)

OmicsLonDA (24)

OmicsMarkeR (29)

OmicsMLRepoR (34)

OMICsPCA (109)

omicsPrint (113)

omicsViewer (92)

Omixer (99)

OmnipathR (736)

ompBAM (135)

omXplore (43)

Onassis (22)

oncomix (104)

oncoscanR (98)

OncoScore (114)

OncoSimulR (125)

oneChannelGUI (54)

oneSENSE (31)

onlineFDR (81)

ontoCAT (37)

ontoProc (234)

ontoTools (19)

openCyto (626)

openPrimeR (173)

openPrimeRui (59)

OpenStats (86)

OperaMate (17)

oposSOM (156)

oppar (116)

oppti (93)

optimalFlow (103)

OPWeight (104)

OrderedList (147)

ORFhunteR (95)

ORFik (195)

Organism.dplyr (404)

OrganismDbi (2684)

orthogene (354)

orthos (91)

OSAT (151)

Oscope (128)

OSTA.data (3)

OTUbase (133)

OutlierD (53)

OUTRIDER (206)

OutSplice (86)

OVESEG (113)

P

PAA (131)

packFinder (104)

padma (102)

PADOG (325)

pageRank (89)

PAIRADISE (138)

paircompviz (125)

pairedGSEA (74)

pairkat (121)

pairseqsim (3)

pamr (20)

pandaR (160)

panelcn.mops (116)

PAnnBuilder (49)

PanomiR (98)

panp (163)

PANR (130)

PanViz (48)

PanVizGenerator (23)

PAPi (41)

pareg (59)

parglms (113)

parody (149)

partCNV (76)

PAST (98)

Path2PPI (121)

pathifier (137)

pathlinkR (103)

PathNet (136)

PathoStat (187)

pathprint (14)

pathRender (142)

pathVar (36)

pathview (4524)

pathwayPCA (117)

PathwaySplice (13)

PatientGeneSets (5)

paxtoolsr (109)

Pbase (31)

pbcmc (10)

pcaExplorer (384)

pcaGoPromoter (38)

pcaMethods (5065)

PCAN (115)

PCAtools (1218)

pcot2 (62)

PCpheno (51)

pcxn (54)

PDATK (174)

pdInfoBuilder (183)

pdmclass (49)

PeacoQC (257)

peakPantheR (98)

PECA (137)

peco (95)

Pedixplorer (72)

pengls (81)

PepSetTest (47)

PepsNMR (142)

pepStat (117)

pepXMLTab (121)

PERFect (33)

periodicDNA (92)

perturbatr (15)

pfamAnalyzeR (260)

PFP (12)

PGA (31)

pgca (90)

PGSEA (90)

pgUtils (13)

pgxRpi (78)

phantasus (214)

phantasusLite (97)

PharmacoGx (259)

phemd (28)

phenoDist (35)

PhenoGeneRanker (75)

phenomis (98)

phenopath (131)

phenoTest (161)

PhenStat (125)

philr (196)

PhIPData (107)

phosphonormalizer (90)

PhosR (158)

PhyloProfile (112)

phyloseq (5454)

Pi (48)

piano (402)

PICB (14)

pickgene (120)

PICS (159)

Pigengene (139)

PING (143)

pint (40)

pipeComp (100)

pipeFrame (147)

PIPETS (73)

Pirat (47)

PIUMA (75)

pkgDepTools (73)

planet (215)

planttfhunter (106)

plasmut (76)

plateCore (45)

plethy (53)

plgem (162)

plier (180)

PloGO2 (37)

plotgardener (246)

plotGrouper (93)

PLPE (138)

plrs (39)

PLSDAbatch (93)

plw (56)

plyinteractions (89)

plyranges (1109)

plyxp (35)

pmm (111)

pmp (147)

PoDCall (70)

podkat (127)

poem (6)

pogos (141)

polyester (127)

Polyfit (35)

PolySTest (45)

Polytect (19)

POMA (209)

POST (17)

PoTRA (15)

PowerExplorer (13)

powerTCR (312)

POWSC (104)

ppcseq (96)

PPInfer (219)

ppiStats (64)

pqsfinder (159)

prada (63)

pram (105)

prebs (128)

preciseTAD (103)

PrecisionTrialDrawer (18)

PREDA (145)

predictionet (45)

preprocessCore (14212)

primirTSS (99)

PrInCE (101)

Prize (28)

proActiv (110)

proBAMr (119)

proBatch (28)

PROcess (159)

procoil (132)

ProCoNA (34)

proDA (253)

proFIA (29)

profileplyr (257)

profileScoreDist (103)

progeny (472)

projectR (123)

pRoloc (277)

pRolocGUI (155)

PROMISE (139)

PRONE (41)

PROPER (150)

PROPS (102)

Prostar (135)

prot2D (31)

proteasy (23)

proteinProfiles (108)

ProteoDisco (93)

ProteomicsAnnotationHubData (30)

ProteoMM (121)

proteoQC (31)

protGear (95)

ProtGenerics (11282)

PSEA (55)

psichomics (113)

PSICQUIC (52)

PSMatch (2028)

psygenet2r (99)

ptairMS (85)

PubScore (11)

pulsedSilac (13)

puma (169)

PureCN (203)

pvac (134)

pvca (284)

Pviz (127)

pwalign (5656)

PWMEnrich (217)

pwOmics (159)

pwrEWAS (25)

Q

qckitfastq (111)

qcmetrics (143)

QDNAseq (339)

QFeatures (2584)

qmtools (94)

qpcrNorm (148)

qpgraph (203)

qPLEXanalyzer (101)

qrqc (57)

qsea (119)

qsmooth (178)

QSutils (171)

qsvaR (183)

QTLExperiment (85)

Qtlizer (99)

QUALIFIER (45)

quantiseqr (545)

quantro (268)

quantsmooth (644)

QuartPAC (89)

QuasR (362)

QuaternaryProd (113)

QUBIC (163)

qusage (412)

qvalue (18901)

R

R3CPET (108)

r3Cseq (150)

R453Plus1Toolbox (152)

R4RNA (639)

RadioGx (104)

raer (76)

RaggedExperiment (782)

RAIDS (86)

rain (155)

rama (53)

RamiGO (34)

ramr (95)

ramwas (129)

RandomWalkRestartMH (48)

randPack (129)

randRotation (85)

RankProd (284)

RAREsim (82)

RareVariantVis (122)

Rariant (45)

Rarr (182)

rawDiag (79)

rawrr (196)

RbcBook1 (205)

Rbec (92)

RBGL (9070)

RBioFormats (257)

RBioinf (147)

rBiopaxParser (198)

rBLAST (171)

RBM (121)

Rbowtie (459)

Rbowtie2 (273)

rbsurv (153)

Rbwa (95)

Rcade (55)

RCAS (152)

RCASPAR (112)

rcellminer (142)

rCGH (147)

Rchemcpp (36)

RchyOptimyx (45)

RcisTarget (1147)

RCM (109)

Rcollectl (51)

Rcpi (175)

RCSL (99)

Rcwl (105)

RcwlPipelines (109)

RCX (100)

RCy3 (844)

RCyjs (125)

RCytoscape (36)

RDAVIDWebService (65)

Rdbi (17)

RdbiPgSQL (12)

rDGIdb (83)

Rdisop (443)

RDRToolbox (183)

ReactomeContentService4R (94)

ReactomeGraph4R (51)

ReactomeGSA (252)

ReactomePA (2794)

readat (15)

ReadqPCR (232)

reb (52)

REBET (100)

rebook (169)

receptLoss (89)

reconsi (90)

recount (380)

recount3 (296)

recountmethylation (116)

recoup (113)

RedeR (307)

RedisParam (85)

REDseq (157)

ReducedExperiment (18)

RefNet (36)

RefPlus (80)

RegEnrich (108)

regionalpcs (94)

RegionalST (76)

regioneR (1779)

regioneReloaded (94)

regionReport (180)

regsplice (106)

regutools (112)

REMP (120)

Repitools (311)

ReportingTools (556)

reposTools (2)

RepViz (99)

ReQON (62)

ResidualMatrix (3759)

RESOLVE (89)

Resourcerer (22)

restfulSE (132)

retrofit (79)

ReUseData (87)

rexposome (134)

rfaRm (93)

Rfastp (182)

rflowcyt (16)

rfPred (127)

rGADEM (373)

RGalaxy (47)

rGenomeTracks (92)

Rgin (18)

RGMQL (59)

RgnTX (88)

rgoslin (142)

RGraph2js (111)

Rgraphviz (9098)

rGREAT (647)

RGSEA (132)

rgsepd (113)

rhdf5 (20752)

rhdf5client (154)

rhdf5filters (20140)

Rhdf5lib (22897)

rhinotypeR (37)

Rhisat2 (216)

Rhtslib (23817)

rHVDM (51)

RiboCrypt (92)

RiboDiPA (97)

RiboProfiling (147)

ribor (102)

riboSeqR (132)

ribosomeProfilingQC (123)

rifi (87)

rifiComparative (82)

Rigraphlib (7)

rigvf (1)

RImmPort (88)

Ringo (177)

Rintact (8)

RIPAT (28)

RIPSeeker (50)

Risa (197)

RITAN (117)

RIVER (107)

RJMCMCNucleosomes (112)

RLassoCox (93)

RLMM (131)

RLSeq (24)

RMAGEML (10)

Rmagpie (144)

RMAPPER (15)

RMassBank (172)

rMAT (46)

rmelting (102)

RmiR (49)

Rmmquant (105)

rmspc (79)

RNAAgeCalc (112)

RNAdecay (90)

rnaEditr (104)

RNAinteract (91)

RNAither (59)

RNAmodR (110)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (99)

RNAmodR.ML (101)

RNAmodR.RiboMethSeq (105)

RNAprobR (32)

RNAsense (92)

rnaseqcomp (123)

RNAseqCovarImpute (78)

rnaSeqMap (49)

RNASeqPower (220)

RNASeqR (15)

RnaSeqSampleSize (150)

RnBeads (310)

Rnits (121)

roar (130)

roastgsa (81)

ROC (1105)

ROCpAI (87)

RolDE (97)

Roleswitch (42)

Rolexa (33)

rols (425)

ROntoTools (199)

ropls (1151)

ROSeq (104)

ROTS (239)

RPA (143)

rprimer (111)

RProtoBufLib (2465)

RpsiXML (61)

rpx (339)

Rqc (308)

rqt (87)

rqubic (150)

rRDP (127)

Rredland (8)

RRHO (147)

rrvgo (529)

Rsamtools (23413)

rsbml (175)

rScudo (100)

rsemmed (85)

RSeqAn (129)

rSFFreader (35)

RSNPper (11)

Rsubread (2121)

RSVSim (133)

rSWeeP (98)

rTANDEM (45)

RTCA (137)

RTCGA (473)

RTCGAToolbox (496)

RTN (216)

RTNduals (116)

RTNsurvival (109)

RTools4TB (7)

RTopper (138)

Rtpca (107)

rtracklayer (20203)

Rtreemix (146)

rTRM (171)

rTRMui (124)

runibic (112)

Ruuid (17)

RUVcorr (121)

RUVnormalize (127)

RUVSeq (894)

Rvisdiff (80)

RVS (102)

RWebServices (23)

rWikiPathways (380)

S

S4Arrays (40122)

S4Vectors (55288)

safe (618)

SAGElyzer (7)

sagenhaft (131)

SAGx (62)

SAIGEgds (141)

samExploreR (15)

sampleClassifier (111)

SamSPECTRAL (184)

sangeranalyseR (223)

sangerseqR (795)

SANTA (113)

sapFinder (40)

saps (15)

SARC (80)

sarks (95)

saseR (63)

satuRn (288)

savR (42)

SBGNview (191)

sbgr (11)

SBMLR (145)

SC3 (356)

Scale4C (118)

ScaledMatrix (12410)

scAlign (20)

SCAN.UPC (174)

scanMiR (111)

scanMiRApp (94)

scAnnotatR (203)

SCANVIS (108)

SCArray (110)

SCArray.sat (94)

SCATE (23)

scater (7016)

scatterHatch (87)

scBFA (103)

SCBN (110)

scBubbletree (96)

scCB2 (101)

scClassifR (5)

scClassify (151)

sccomp (133)

scDataviz (116)

scDblFinder (1658)

scDD (171)

scDDboost (90)

scde (420)

scDesign3 (105)

scDiagnostics (43)

scDotPlot (64)

scds (485)

SCFA (91)

scFeatureFilter (101)

scFeatures (91)

scfind (13)

scGPS (126)

schex (167)

scHOT (102)

scider (86)

scifer (92)

ScISI (60)

scMAGeCK (11)

scmap (249)

scMerge (493)

scMET (86)

scmeth (109)

scMitoMut (72)

scMultiSim (75)

SCnorm (152)

scone (153)

Sconify (101)

SCOPE (110)

scoreInvHap (110)

scoup (36)

scp (245)

scPCA (128)

scPipe (131)

scQTLtools (13)

scran (4633)

scrapper (54)

scReClassify (102)

scRecover (102)

screenCounter (85)

ScreenR (82)

scRepertoire (623)

scRNAseqApp (93)

scruff (110)

scry (293)

scShapes (88)

scsR (38)

scTensor (106)

scTGIF (199)

scTHI (92)

scTreeViz (97)

scuttle (9109)

scviR (78)

SDAMS (109)

seahtrue (45)

sechm (200)

segmenter (102)

segmentSeq (149)

selectKSigs (94)

SELEX (128)

SemDist (119)

semisup (103)

SemSim (5)

SEPA (22)

SEPIRA (31)

seq.hotSPOT (75)

seq2pathway (216)

seqArchR (92)

seqArchRplus (81)

SeqArray (910)

seqbias (65)

seqCAT (115)

seqCNA (59)

seqcombo (98)

SeqGate (99)

SeqGSEA (237)

seqLogo (3682)

seqPattern (757)

seqplots (40)

seqsetvis (125)

SeqSQC (198)

seqTools (160)

SeqVarTools (455)

sesame (815)

SEtools (208)

sevenbridges (119)

sevenC (101)

SGCP (165)

SGSeq (321)

SharedObject (131)

shiny.gosling (84)

shinyepico (99)

shinyMethyl (165)

shinyTANDEM (37)

ShortRead (6076)

SIAMCAT (165)

SICtools (106)

sigaR (42)

SigCheck (113)

sigFeature (303)

SigFuge (130)

siggenes (3144)

sights (113)

signatureSearch (192)

signeR (125)

signet (11)

signifinder (73)

sigPathway (71)

SigsPack (94)

sigsquared (119)

SIM (142)

SIMAT (121)

SimBindProfiles (64)

SimBu (185)

SIMD (101)

SimFFPE (92)

similaRpeak (122)

SIMLR (206)

simona (295)

simPIC (72)

simpleaffy (111)

simpleSeg (103)

simplifyEnrichment (989)

simulatorAPMS (12)

simulatorZ (34)

sincell (123)

single (42)

SingleCellAlleleExperiment (87)

SingleCellExperiment (16077)

SingleCellSignalR (239)

singleCellTK (346)

SingleMoleculeFootprinting (103)

SingleR (4279)

singscore (1489)

SiPSiC (87)

SISPA (43)

sitadela (92)

sitePath (104)

sizepower (135)

SJava (20)

sketchR (88)

skewr (116)

slalom (139)

SLGI (62)

slingshot (1541)

slinky (18)

SLqPCR (140)

SMAD (93)

SMAP (70)

smartid (85)

SMITE (104)

smoothclust (80)

smoppix (15)

SNAGEE (126)

snapCGH (86)

snapcount (101)

snifter (165)

snm (170)

SNPchip (57)

SNPediaR (96)

SNPhood (121)

snpMatrix (14)

SNPRelate (1695)

snpStats (2056)

soGGi (379)

sojourner (19)

SomatiCA (27)

SomaticSignatures (200)

SOMNiBUS (85)

sosta (20)

SpaceMarkers (72)

SpacePAC (112)

spade (30)

Spaniel (118)

SpaNorm (43)

sparrow (367)

SparseArray (41459)

sparseDOSSA (36)

sparseMatrixStats (15428)

sparsenetgls (92)

SparseSignatures (107)

spaSim (95)

SpatialCPie (121)

spatialDE (134)

SpatialDecon (226)

SpatialExperiment (4755)

SpatialExperimentIO (20)

spatialFDA (19)

SpatialFeatureExperiment (210)

spatialHeatmap (226)

SpatialOmicsOverlay (101)

spatialSimGP (35)

spatzie (85)

speckle (254)

specL (125)

SpeCond (147)

Spectra (1836)

SpectralTAD (119)

SpectraQL (40)

SPEM (148)

SPIA (579)

SPIAT (157)

spicyR (201)

SpidermiR (42)

spikeLI (120)

spiky (88)

spillR (77)

spkTools (135)

splatter (443)

splicegear (53)

spliceR (36)

spliceSites (37)

SpliceWiz (155)

SplicingFactory (88)

SplicingGraphs (151)

SplineDV (23)

splineTCDiffExpr (1)

splineTimeR (123)

SPLINTER (99)

splots (210)

SPONGE (102)

spoon (75)

SpotClean (127)

SPOTlight (286)

spotSegmentation (46)

SpotSweeper (72)

spqn (95)

SPsimSeq (192)

SQLDataFrame (100)

SQUADD (56)

squallms (47)

sRACIPE (111)

SRAdb (461)

sRAP (44)

SRGnet (18)

srnadiff (90)

sscore (70)

sscu (103)

sSeq (197)

ssize (164)

sSNAPPY (185)

SSPA (115)

ssPATHS (96)

ssrch (96)

ssviz (129)

StabMap (37)

stageR (211)

stam (8)

STAN (43)

standR (169)

staRank (87)

StarBioTrek (38)

Starr (49)

STATegRa (127)

Statial (108)

statTarget (144)

STdeconvolve (141)

stepNorm (141)

stepwiseCM (37)

stJoincount (100)

strandCheckR (106)

Streamer (137)

STRINGdb (1365)

STROMA4 (35)

struct (167)

Structstrings (130)

structToolbox (153)

StructuralVariantAnnotation (224)

SubCellBarCode (105)

subSeq (133)

SUITOR (80)

SummarizedBenchmark (36)

SummarizedExperiment (40248)

Summix (89)

supersigs (178)

supraHex (365)

surfaltr (91)

SurfR (66)

survClust (51)

survcomp (1339)

survtype (100)

Sushi (74)

sva (7363)

svaNUMT (92)

SVAPLSseq (14)

svaRetro (94)

SVM2CRM (27)

SVMDO (96)

SVP (3)

SWATH2stats (115)

SwathXtend (107)

swfdr (114)

SwimR (33)

switchBox (147)

switchde (107)

synapsis (85)

synapter (183)

synergyfinder (253)

SynExtend (102)

synlet (114)

SynMut (98)

syntenet (135)

systemPipeR (1204)

systemPipeShiny (106)

systemPipeTools (97)

T

tadar (88)

TADCompare (120)

tanggle (114)

TAPseq (107)

target (103)

TargetDecoy (104)

TargetScore (137)

TargetSearch (140)

TarSeqQC (39)

TBSignatureProfiler (95)

TCC (269)

TCGAbiolinks (4660)

TCGAbiolinksGUI (35)

TCGAutils (677)

TCseq (523)

TDARACNE (52)

TDbasedUFE (92)

TDbasedUFEadv (92)

TEKRABber (177)

TENET (2)

TENxIO (101)

tenXplore (91)

TEQC (153)

terapadog (6)

ternarynet (122)

terraTCGAdata (100)

TFARM (103)

TFBSTools (3356)

TFEA.ChIP (131)

TFHAZ (102)

TFutils (119)

tidybulk (336)

tidyCoverage (72)

tidyFlowCore (53)

tidyomics (97)

tidysbml (40)

tidySingleCellExperiment (239)

tidySpatialExperiment (87)

tidySummarizedExperiment (346)

tidytof (49)

tigre (149)

TileDBArray (115)

tilingArray (180)

timecourse (156)

timeOmics (127)

timescape (113)

TimeSeriesExperiment (21)

TimiRGeN (29)

TIN (117)

TissueEnrich (253)

TitanCNA (149)

tkWidgets (1394)

tLOH (89)

TMixClust (128)

TMSig (39)

TNBC.CMS (32)

TnT (84)

TOAST (445)

tofsims (22)

tomoda (101)

tomoseqr (87)

TOP (82)

ToPASeq (34)

topconfects (187)

topdownr (113)

topGO (2731)

ToxicoGx (109)

TPP (161)

TPP2D (100)

tpSVG (71)

tracktables (211)

trackViewer (608)

tradeSeq (566)

TrajectoryGeometry (77)

TrajectoryUtils (1899)

transcriptogramer (108)

transcriptR (120)

transformGamPoi (112)

transite (109)

tRanslatome (220)

transmogR (72)

transomics2cytoscape (109)

TransView (103)

TraRe (11)

traseR (125)

Travel (4)

traviz (69)

TreeAndLeaf (153)

treeclimbR (76)

treeio (21853)

treekoR (109)

TreeSummarizedExperiment (2076)

TREG (90)

trena (33)

TReNA (3)

Trendy (107)

TRESS (99)

tricycle (242)

TrIdent (17)

triform (47)

trigger (142)

trio (170)

triplex (142)

tripr (89)

tRNA (126)

tRNAdbImport (117)

tRNAscanImport (109)

TRONCO (133)

TSAR (71)

TSCAN (617)

tscR (17)

tspair (55)

TSRchitect (23)

TSSi (42)

ttgsea (92)

TTMap (107)

TurboNorm (136)

TVTB (109)

tweeDEseq (185)

twilight (161)

twoddpcr (107)

txcutr (90)

txdbmaker (3753)

tximeta (998)

tximport (3432)

TxRegInfra (15)

TypeInfo (101)

U

UCell (1539)

UCSC.utils (34503)

Ularcirc (105)

UMI4Cats (94)

uncoverappLib (96)

UNDO (124)

unifiedWMWqPCR (93)

UniProt.ws (472)

Uniquorn (112)

universalmotif (914)

updateObject (84)

UPDhmm (66)

uSORT (115)

V

VAExprs (85)

VanillaICE (252)

VarCon (90)

variancePartition (928)

VariantAnnotation (11314)

VariantExperiment (81)

VariantFiltering (143)

VariantTools (176)

vasp (6)

VaSP (99)

vbmp (163)

VCFArray (102)

VDJdive (98)

Vega (39)

VegaMC (129)

velociraptor (182)

veloviz (87)

VennDetail (299)

VERSO (90)

vidger (156)

viper (732)

virtualArray (13)

ViSEAGO (143)

VisiumIO (87)

visiumStitched (19)

vissE (144)

Voyager (205)

VplotR (106)

vsclust (90)

vsn (4888)

vtpnet (134)

vulcan (105)

W

waddR (84)

wateRmelon (859)

wavClusteR (124)

waveTiling (44)

weaver (138)

webbioc (145)

weitrix (101)

widgetInvoke (6)

widgetTools (1390)

wiggleplotr (180)

wpm (105)

wppi (77)

Wrench (1567)

X

XAItest (1)

XBSeq (31)

xCell2 (17)

XCIR (11)

xcms (1578)

xcore (87)

XDE (155)

XeniumIO (11)

xenLite (40)

Xeva (163)

XINA (99)

xmapbridge (119)

xmapcore (8)

XNAString (96)

xps (46)

XVector (49672)

Y

y2hStat (2)

yamss (114)

YAPSA (132)

yaqcaffy (51)

yarn (145)

Z

zellkonverter (1553)

zenith (134)

zFPKM (165)

zinbwave (832)

zitools (39)

zlibbioc (53715)

ZygosityPredictor (81)