See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Tue. 01 Sep 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (74641) 26 enrichplot (28774) 51 assorthead (18107)
2 BiocGenerics (72357) 27 fgsea (28193) 52 preprocessCore (17927)
3 S4Vectors (70190) 28 UCSC.utils (27998) 53 BiocSingular (17343)
4 IRanges (66203) 29 clusterProfiler (27991) 54 ScaledMatrix (16457)
5 Biobase (61953) 30 Rhdf5lib (27671) 55 BiocNeighbors (15128)
6 XVector (61604) 31 DOSE (27313) 56 AnnotationHub (14870)
7 BiocParallel (60447) 32 Rhtslib (27141) 57 GEOquery (14795)
8 SparseArray (56902) 33 rhdf5 (26484) 58 genefilter (14765)
9 Biostrings (55981) 34 qvalue (26468) 59 BSgenome (14148)
10 GenomicRanges (54735) 35 GOSemSim (26164) 60 cigarillo (14040)
11 DelayedArray (54703) 36 GenomicAlignments (25986) 61 BiocBaseUtils (14005)
12 SummarizedExperiment (51236) 37 rhdf5filters (25162) 62 impute (13809)
13 S4Arrays (50845) 38 rtracklayer (24920) 63 multtest (13741)
14 MatrixGenerics (50687) 39 graph (24782) 64 h5mread (13675)
15 AnnotationDbi (45960) 40 biomaRt (24443) 65 ProtGenerics (12905)
16 KEGGREST (44421) 41 ComplexHeatmap (22841) 66 scuttle (12844)
17 limma (42915) 42 SingleCellExperiment (22784) 67 GSEABase (12759)
18 GenomeInfoDb (42491) 43 BiocIO (22169) 68 AnnotationFilter (12637)
19 Seqinfo (39920) 44 zlibbioc (22055) 69 GSVA (11755)
20 ggtree (33070) 45 annotate (21560) 70 dir.expiry (11059)
21 DESeq2 (31328) 46 beachmat (20842) 71 scater (11044)
22 treeio (30493) 47 sparseMatrixStats (20110) 72 ensembldb (10865)
23 Rsamtools (30288) 48 HDF5Array (18935) 73 Rgraphviz (10756)
24 edgeR (29733) 49 GenomicFeatures (18930) 74 sva (10633)
25 BiocFileCache (29497) 50 DelayedMatrixStats (18799) 75 RBGL (10477)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (583)

a4Base (652)

a4Classif (522)

a4Core (544)

a4Preproc (677)

a4Reporting (424)

ABAEnrichment (192)

ABarray (636)

abseqR (470)

ABSSeq (613)

acde (570)

ACE (507)

aCGH (896)

ACME (797)

ADaCGH2 (628)

ADAM (437)

ADAMgui (394)

ADAPT (160)

adaptest (61)

adductomicsR (329)

ADImpute (467)

adSplit (695)

adverSCarial (308)

Aerith (205)

AffiXcan (469)

affxparser (2818)

affy (9806)

affycomp (730)

AffyCompatible (284)

affyContam (553)

affycoretools (997)

AffyExpress (253)

affyILM (550)

affyio (9915)

affylmGUI (760)

affyPara (284)

affypdnn (249)

affyPLM (1934)

affyQCReport (239)

AffyRNADegradation (471)

AffyTiling (139)

AGDEX (541)

aggregateBioVar (486)

Agi4x44PreProcess (98)

agilp (412)

AgiMicroRna (699)

AHMassBank (289)

AIMS (921)

airpart (411)

alabaster (307)

alabaster.base (5434)

alabaster.bumpy (318)

alabaster.files (321)

alabaster.mae (336)

alabaster.matrix (5132)

alabaster.ranges (5054)

alabaster.sce (1584)

alabaster.schemas (4917)

alabaster.se (5036)

alabaster.sfe (173)

alabaster.spatial (363)

alabaster.string (329)

alabaster.vcf (318)

ALDEx2 (2085)

alevinQC (494)

AllelicImbalance (694)

AlphaBeta (431)

AlphaMissenseR (401)

alpine (278)

ALPS (62)

AlpsNMR (533)

alsace (154)

altcdfenvs (718)

AMARETTO (511)

AMOUNTAIN (450)

amplican (683)

ampliQueso (155)

AnalysisPageServer (94)

anamiR (81)

anansi (295)

Anaquin (444)

ANCOMBC (2527)

AneuFinder (405)

ANF (426)

anglemania (335)

animalcules (617)

annaffy (815)

AnnBuilder (70)

anndataR (1221)

annmap (532)

annoLinker (224)

annotate (21560)

AnnotationDbi (45960)

AnnotationFilter (12637)

AnnotationForge (2689)

AnnotationFuncs (185)

AnnotationHub (14870)

AnnotationHubData (1156)

annotationTools (606)

annotatr (1170)

anota (534)

anota2seq (548)

antiProfiles (395)

AnVIL (1057)

AnVILAz (271)

AnVILBase (771)

AnVILBilling (339)

AnVILGCP (302)

AnVILPublish (325)

AnVILVRS (49)

AnVILWorkflow (209)

APAlyzer (410)

apComplex (646)

apeglm (6723)

APL (419)

applera (39)

appreci8R (536)

aroma.light (2185)

ArrayExpress (870)

ArrayExpressHTS (185)

arrayMagic (127)

arrayMvout (653)

arrayQCplot (28)

arrayQuality (588)

arrayQualityMetrics (973)

ArrayTools (275)

ArrayTV (205)

ARRmNormalization (416)

artMS (474)

ASAFE (332)

ASEB (404)

ASGSCA (446)

ASICS (591)

asmn (34)

ASpediaFI (125)

ASpli (730)

AssessORF (509)

ASSET (499)

ASSIGN (607)

assorthead (18107)

ASURAT (469)

asuri (228)

ATACCoGAPS (87)

atacInferCnv (174)

ATACseqQC (841)

ATACseqTFEA (461)

atena (442)

AtlasRDF (70)

atSNP (509)

attract (734)

AUCell (4189)

augere.core (56)

augere.de (63)

augere.gsea (66)

augere.screen (52)

augere.solo (65)

autonomics (532)

Autotuner (64)

AWAggregator (226)

AWFisher (417)

awst (370)

B

BaalChIP (458)

BAC (249)

bacon (619)

BADER (412)

BadRegionFinder (502)

BAGS (403)

ballgown (1993)

bambu (756)

BamScale (60)

bamsignals (1802)

BANDITS (470)

bandle (461)

Banksy (843)

banocc (337)

barbieQ (324)

barcodetrackR (185)

barmixR (43)

basecallQC (373)

BaseSpaceR (490)

Basic4Cseq (562)

BASiCS (797)

BASiCStan (336)

BasicSTARRseq (436)

basilisk (5154)

basilisk.utils (3341)

batchCorr (268)

BatChef (154)

batchelor (5297)

BatchQC (535)

BatchSVG (282)

Battlefield (208)

BayesKnockdown (380)

BayesPeak (200)

BayesSpace (947)

bayNorm (489)

baySeq (999)

BBCAnalyzer (583)

BCRANK (734)

bcSeq (351)

BDMMAcorrect (139)

beachmat (20842)

beachmat.hdf5 (425)

beachmat.tiledb (195)

beadarray (1312)

beadarraySNP (363)

BeadDataPackR (927)

BeadExplorer (34)

BEARscc (195)

BEAT (661)

BEclear (449)

bedbaser (306)

beer (332)

benchdamic (418)

BenchHub (61)

BERT (288)

betaHMM (348)

betr (169)

betterChromVAR (179)

bettr (330)

BG2 (305)

bgafun (224)

BgeeCall (553)

BgeeDB (513)

BGmix (238)

bgx (409)

BHC (243)

BicARE (620)

BiFET (396)

BiGGR (269)

bigmelon (573)

bigmemoryExtras (120)

bigPint (163)

bim (35)

BindingSiteFinder (499)

bioassayR (529)

Biobase (61953)

biobroom (652)

biobtreeR (318)

Bioc.gff (260)

bioCancer (591)

BioCartaImage (309)

BiocAzul (149)

BiocBaseUtils (14005)

BiocBook (353)

BiocBuildReporter (168)

BiocCaseStudies (272)

BiocCheck (2874)

biocDatasets (22)

BiocDockerManager (84)

BiocFHIR (367)

BiocFileCache (29497)

BiocGenerics (72357)

biocGraph (683)

BiocHail (221)

BiocHubsShiny (351)

BiocInstaller (259)

BiocIO (22169)

BiocMaintainerApp (164)

biocmake (5342)

BiocNeighbors (15128)

BiocOncoTK (259)

BioCor (551)

BiocParallel (60447)

BiocPkgDash (179)

BiocPkgTools (690)

biocroxytest (252)

BiocSet (718)

BiocSingular (17343)

BiocSklearn (399)

BiocStyle (8233)

biocthis (927)

BiocVersion (74641)

biocViews (5635)

BiocWorkflowTools (478)

biodb (527)

biodbChebi (235)

biodbExpasy (83)

biodbHmdb (152)

biodbKegg (116)

biodbLipidmaps (88)

biodbMirbase (66)

biodbNcbi (142)

biodbNci (136)

biodbUniprot (140)

bioDist (679)

BioGA (261)

biomaRt (24443)

BioMedR (33)

biomformat (7463)

BioMM (140)

BioMVCClass (535)

biomvRCNS (571)

BioNAR (416)

BioNERO (595)

BioNet (894)

BioNetStat (170)

BioQC (631)

BioSeqClass (216)

biosigner (508)

Biostrings (55981)

biosvd (151)

BioTIP (482)

biotmle (482)

biovizBase (6476)

BiRewire (441)

birta (184)

birte (119)

biscuiteer (584)

BiSeq (694)

BitSeq (353)

blacksheepr (461)

blase (300)

blima (527)

BLMA (573)

BloodGen3Module (387)

bluster (9553)

bnbc (574)

bnem (449)

BOBaFIT (391)

borealis (382)

BPRMeth (390)

BRAIN (649)

brainflowprobes (148)

brainImageR (33)

BrainSABER (94)

BrainStars (183)

branchpointer (576)

breakpointR (509)

BreastSubtypeR (348)

brendaDb (421)

BREW3R.r (336)

BRGenomics (262)

bridge (278)

BridgeDbR (518)

broadSeq (320)

BrowserViz (510)

BrowserVizDemo (32)

BSgenome (14148)

BSgenomeForge (473)

bsseq (2238)

BubbleTree (331)

BufferedMatrix (458)

BufferedMatrixMethods (435)

bugsigdbr (637)

BulkSignalR (449)

BUMHMM (484)

bumphunter (3541)

BumpyMatrix (1027)

BUS (522)

BUScorrect (476)

BUSpaRse (655)

BUSseq (445)

C

CaDrA (301)

CAEN (324)

CAFE (739)

CAGEfightR (711)

cageminer (425)

CAGEr (766)

CALIB (243)

CalibraCurve (258)

calm (289)

CAMERA (1157)

CAMTHC (72)

CaMutQC (338)

canceR (481)

cancerclass (777)

CancerInSilico (159)

CancerMutationAnalysis (228)

CancerSubtypes (258)

CAnD (171)

caOmicsV (237)

cardelino (450)

Cardinal (914)

CardinalIO (490)

CARDspa (405)

carnation (160)

CARNIVAL (517)

casper (596)

CATALYST (944)

Category (2020)

categoryCompare (703)

CatsCradle (328)

CausalR (430)

cbaf (459)

CBEA (120)

cBioPortalData (990)

CBN2Path (222)

CBNplot (426)

cbpManager (404)

CCAFE (337)

ccfindR (400)

ccImpute (382)

ccmap (247)

CCPlotR (366)

CCPROMISE (444)

ccrepe (437)

CDI (377)

celaref (557)

celda (1723)

CellaRepertorium (155)

CellBarcode (465)

cellbaseR (523)

CellBench (599)

cellGrowth (168)

cellHTS (267)

cellHTS2 (508)

CelliD (499)

cellity (527)

CellMapper (451)

CellMentor (200)

cellmig (297)

cellmigRation (353)

CellMixS (643)

cellNexus (53)

CellNOptR (672)

cellscape (317)

CellScore (222)

CellTrails (530)

cellTree (263)

cellxgenedp (372)

CEMiTool (594)

censcyt (399)

Cepo (552)

ceRNAnetsim (330)

CeTF (523)

CexoR (636)

CFAssay (339)

cfdnakit (422)

cfDNAPro (493)

cfTools (205)

CGEN (429)

CGHbase (955)

CGHcall (910)

cghMCR (599)

CGHnormaliter (546)

CGHregions (544)

CGRphylo2 (51)

ChAMP (1243)

CHARGE (63)

charm (225)

ChemmineOB (739)

ChemmineR (1457)

CHETAH (485)

chevreulPlot (253)

chevreulProcess (328)

chevreulShiny (323)

ChIC (105)

Chicago (550)

chihaya (449)

chimera (263)

chimeraviz (667)

ChIPanalyser (541)

ChIPComp (445)

chipenrich (657)

ChIPexoQual (582)

ChIPpeakAnno (1532)

ChIPQC (817)

ChIPseeker (3359)

chipseq (1200)

ChIPseqR (686)

ChIPSeqSpike (95)

ChIPsim (626)

ChIPXpress (458)

chopsticks (501)

chroGPS (222)

Chromatograms (288)

chromDraw (418)

ChromHeatMap (601)

ChromoViz (73)

chromPlot (561)

ChromSCape (570)

chromstaR (396)

chromswitch (190)

chromVAR (1827)

CHRONOS (445)

cicero (795)

cigarillo (14040)

CIMICE (366)

CINdex (290)

circRNAprofiler (611)

CircSeqAlignTk (342)

cisPath (223)

CiteFuse (499)

CLAMP (69)

ClassifyR (855)

cleanUpdTSeq (734)

CleanUpRNAseq (389)

cleaver (725)

clevRvis (311)

clippda (555)

clipper (739)

cliProfiler (406)

cliqueMS (427)

Clomial (407)

Clonality (235)

ClonalSim (189)

clonotypeR (166)

clst (478)

clstutils (483)

CluMSID (422)

ClustAll (330)

clustComp (426)

clusterExperiment (828)

ClusterFoldSimilarity (331)

ClusterGVis (277)

ClusterJudge (423)

clusterProfiler (27991)

clusterSeq (466)

ClusterSignificance (427)

clusterStab (548)

clustifyr (619)

ClustIRR (341)

clustSIGNAL (320)

CMA (663)

cmapR (925)

cn.farms (674)

cn.mops (870)

CNAnorm (471)

CNEr (2321)

CNORdt (415)

CNORfeeder (572)

CNORfuzzy (528)

CNORode (485)

CNPBayes (139)

CNTools (568)

CNVfilteR (473)

CNVgears (107)

cnvGSA (484)

CNViz (328)

CNVMetrics (406)

CNVPanelizer (547)

CNVRanger (566)

CNVrd2 (613)

CNVtools (150)

cobindR (187)

CoCiteStats (466)

COCOA (599)

codelink (801)

CODEX (629)

coexnet (145)

CoGAPS (659)

cogena (618)

cogeqc (435)

Cogito (376)

coGPS (480)

COHCAP (218)

cola (723)

comapr (370)

combi (420)

coMET (323)

coMethDMR (445)

compartmap (213)

COMPASS (510)

compcodeR (739)

CompensAID (203)

compEpiTools (652)

CompGO (173)

ComplexHeatmap (22841)

CompoundDb (826)

ComPrAn (306)

compSPOT (270)

conclus (83)

concordexR (384)

condcomp (26)

condiments (511)

CONFESS (558)

consensus (391)

ConsensusClusterPlus (3632)

consensusDE (314)

consensusOV (549)

consensusSeekeR (556)

consICA (426)

CONSTANd (362)

contiBAIT (331)

conumee (654)

convert (655)

copa (538)

COPDSexualDimorphism (37)

copynumber (428)

CopyNumber450k (82)

CopyNumberPlots (506)

CopywriteR (268)

Coralysis (318)

coRdon (678)

CoRegFlux (56)

CoRegNet (282)

CoreGx (864)

Cormotif (513)

CorMut (128)

coRNAi (139)

corral (436)

CORREP (243)

coseq (611)

CoSIA (358)

cosmiq (492)

cosmo (121)

cosmoGUI (66)

cosmosR (463)

COSNet (419)

COTAN (402)

CountClust (149)

countsimQC (709)

covEB (420)

CoverageView (547)

covRNA (456)

CPSM (308)

cpvSNP (570)

cqn (770)

CrcBiomeScreen (189)

CRImage (697)

CRISPRball (306)

crisprBase (498)

crisprBowtie (456)

crisprBwa (298)

crisprDesign (522)

crisprScore (525)

CRISPRseek (628)

crisprseekplus (195)

crisprShiny (305)

CrispRVariants (697)

crisprVerse (345)

crisprViz (506)

crlmm (981)

CrossICC (40)

crossmeta (300)

crumblr (300)

crupR (342)

CSAR (591)

csaw (1144)

csdR (312)

CSOA (260)

CSSP (176)

CSSQ (471)

ctc (689)

CTdata (394)

CTDquerier (627)

CTexploreR (376)

ctgGEM (75)

cTRAP (548)

ctsGE (472)

CTSV (327)

cummeRbund (574)

CuratedAtlasQueryR (292)

customCMPdb (391)

customProDB (534)

CVE (96)

cyanoFilter (411)

cycle (530)

cydar (590)

cypress (355)

CytoDx (378)

cytofast (66)

cytofkit (115)

CyTOFpower (352)

cytofQC (332)

CytoGLMM (364)

cytoKernel (387)

cytolib (3423)

cytomapper (831)

CytoMDS (355)

cytoMEM (380)

CytoML (1187)

CytoPipeline (415)

CytoPipelineGUI (327)

CytoTree (86)

cytoviewer (432)

D

dada2 (3655)

dagLogo (701)

daMA (563)

DAMEfinder (572)

damidBind (270)

DaMiRseq (635)

Damsel (372)

dandelionR (251)

DAPAR (634)

DaparToolshed (56)

dar (355)

DART (554)

DASC (13)

DASiR (90)

dasper (106)

DAssemble (45)

DAVIDQuery (96)

daVis (56)

DBChIP (215)

dbSequence (44)

dcanr (622)

DCATS (317)

dce (211)

dcGSA (348)

DChIPRep (181)

ddCt (607)

ddgraph (127)

ddPCRclust (446)

dearseq (504)

debCAM (256)

debrowser (600)

decemedip (229)

DECIPHER (4295)

deco (169)

DEComplexDisease (153)

decompTumor2Sig (461)

DeconRNASeq (583)

decontam (2576)

decontX (857)

DeconvoBuddies (360)

deconvR (485)

decoupleR (3053)

DEDS (291)

DeeDeeExperiment (335)

DeepBlueR (220)

DeepPINCS (345)

deepSNV (822)

DeepTarget (309)

DEFormats (721)

DegCre (352)

DegNorm (479)

DEGraph (409)

DEGreport (1080)

DEGseq (694)

DelayedArray (54703)

DelayedDataFrame (467)

DelayedMatrixStats (18799)

DelayedRandomArray (350)

DelayedTensor (398)

DELocal (357)

deltaCaptureC (379)

deltaGseg (420)

DeMAND (321)

DeMixT (514)

demuxmix (395)

demuxSNP (400)

DenoIST (201)

densvis (909)

DEP (980)

DepecheR (436)

DepInfeR (360)

DeProViR (36)

DEqMS (753)

derfinder (1172)

derfinderHelper (915)

derfinderPlot (721)

DEScan2 (619)

DESeq (784)

DESeq2 (31328)

DEsingle (542)

DESpace (505)

destiny (1633)

DEsubs (575)

DEWSeq (516)

DExMA (422)

DEXSeq (2359)

dexus (192)

DFP (553)

DFplyr (322)

DIAlignR (140)

DiffBind (1940)

diffcoexp (418)

diffcyt (863)

DifferentialRegulation (394)

diffGeneAnalysis (403)

diffHic (767)

DiffLogo (438)

diffloop (292)

diffuStats (438)

diffUTR (462)

diggit (434)

Dino (431)

dinoR (344)

dir.expiry (11059)

Director (149)

DirichletMultinomial (5789)

discordant (472)

DiscoRhythm (503)

distinct (536)

dittoSeq (1622)

divergence (389)

dks (382)

DMCFB (468)

DMCHMM (477)

dmGsea (320)

DMRcaller (666)

DMRcate (1569)

DMRforPairs (253)

DMRScan (569)

dmrseq (801)

DNABarcodeCompatibility (325)

DNABarcodes (487)

DNAcopy (4692)

DNAcycP2 (292)

dnaEPICO (73)

DNAfusion (445)

DNaseR (51)

DNAshapeR (654)

DNEA (282)

domainsignatures (144)

dominatR (221)

DominoEffect (472)

dominoSignal (347)

doppelgangR (549)

DOQTL (183)

Doscheda (515)

DOSE (27313)

doseR (495)

DOtools (241)

DOTSeq (249)

doubletrouble (459)

dpeak (110)

drawProteins (486)

dreamlet (606)

DRIMSeq (887)

DriverNet (410)

DropletUtils (3490)

drugfindR (212)

drugTargetInteractions (375)

DrugVsDisease (544)

dSimer (109)

DspikeIn (339)

DSS (1322)

dStruct (371)

DTA (393)

dualKS (259)

DuckDBArray (6)

DuckDBDataFrame (9)

DuckDBGRanges (8)

DuckDBSpatial (3)

Dune (360)

DupChecker (101)

DuplexDiscovereR (313)

dupRadar (503)

dyebias (637)

DynDoc (2164)

E

easier (547)

EasyCellType (404)

easylift (344)

EasyqpcR (182)

easyreporting (426)

easyRNASeq (673)

EBarrays (902)

EBcoexpress (540)

EBImage (3625)

EBSEA (374)

EBSeq (873)

EBSeqHMM (208)

ecolitk (684)

EDASeq (2238)

edd (124)

EDDA (177)

edge (575)

edgeR (29733)

EDIRquery (319)

eds (475)

eegc (221)

EGAD (489)

EGSEA (751)

eiR (499)

eisa (321)

eisaR (580)

ELBOW (180)

ELMER (621)

ELViS (327)

EMDomics (516)

EMMA (66)

EmpiricalBrownsMethod (421)

EMTscore (10)

ENCODExplorer (135)

EnhancedVolcano (7396)

enhancerHomologSearch (459)

EnMCB (456)

ENmix (761)

EnrichDO (331)

EnrichedHeatmap (1583)

EnrichmentBrowser (1065)

enrichplot (28774)

enrichTF (170)

enrichViewNet (352)

ensembldb (10865)

ensemblVEP (270)

ENVISIONQuery (148)

epialleleR (465)

EpiCompare (449)

epidecodeR (398)

EpiDISH (1372)

epigenomix (590)

epigraHMM (545)

epihet (103)

EpiMix (465)

epimutacions (477)

epiNEM (524)

EpipwR (228)

epiregulon (351)

epiregulon.extra (358)

epiRomics (174)

epiSeeker (249)

epistack (472)

epistasisGA (353)

EpiTxDb (501)

epivizr (734)

epivizrChart (555)

epivizrData (580)

epivizrServer (442)

epivizrStandalone (515)

erccdashboard (599)

erma (353)

ERSSA (482)

esATAC (654)

escape (837)

escheR (528)

esetVis (554)

eudysbiome (567)

evaluomeR (441)

EventPointer (547)

EWCE (628)

ExCluster (350)

ExiMiR (612)

exomeCopy (524)

exomePeak (235)

exomePeak2 (218)

exonmap (77)

ExperimentHub (10368)

ExperimentHubData (935)

ExperimentSubset (425)

explorase (140)

ExploreModelMatrix (596)

exploreSE (4)

ExpoRiskR (164)

ExpressionAtlas (523)

ExpressionView (220)

exprExternal (29)

externalVector (62)

extraChIPs (523)

F

fabia (623)

facopy (186)

factDesign (579)

factR (356)

faers (425)

FamAgg (501)

famat (467)

farms (311)

fastLiquidAssociation (465)

FastqCleaner (540)

fastRanges (215)

fastreeR (373)

fastseg (1538)

fbat (81)

FCBF (188)

fCCAC (566)

fCI (442)

fcoex (159)

fcScan (422)

fdrame (475)

FEAST (570)

FeatSeekR (298)

fedup (380)

FELLA (633)

FEM (154)

fenr (356)

ffpe (574)

fgga (393)

FGNet (594)

fgsea (28193)

FilterFFPE (466)

findIPs (326)

FindIT2 (487)

FindMyFriends (166)

FinfoMDS (210)

FISHalyseR (382)

fishash (9)

fishpond (1053)

FitHiC (310)

flagme (497)

FLAMES (491)

flipflop (150)

flowAI (961)

flowBeads (555)

flowBin (515)

flowcatchR (628)

flowCHIC (507)

flowCL (181)

flowClean (636)

flowClust (1848)

flowCore (3965)

flowCut (536)

flowCyBar (361)

flowDensity (753)

flowFit (152)

flowFlowJo (100)

flowFP (797)

flowGate (380)

flowGraph (360)

flowMap (289)

flowMatch (589)

flowMeans (744)

flowMerge (576)

flowPeaks (564)

flowPhyto (94)

flowPloidy (419)

flowPlots (394)

flowQ (213)

flowQB (150)

FlowRepositoryR (144)

FlowSOM (1693)

flowSpecs (518)

flowSpy (57)

flowStats (1378)

flowTime (495)

flowTrans (548)

flowType (216)

flowUtils (323)

flowViz (1952)

flowVS (599)

flowWorkspace (2278)

fmcsR (763)

fmrs (318)

fobitools (427)

focalCall (124)

FoldGO (201)

FourCSeq (236)

fourSynergy (224)

fRagmentomics (229)

fraq (164)

FRASER (635)

frenchFISH (249)

FRGEpistasis (347)

frma (716)

frmaTools (555)

FScanR (82)

FunChIP (207)

FunciSNP (242)

funOmics (240)

funtooNorm (483)

FuseSOM (408)

G

G4SNVHunter (328)

GA4GHclient (466)

GA4GHshiny (437)

gaga (616)

gage (1498)

gaggle (316)

gaia (187)

GAPGOM (106)

GAprediction (347)

garfield (329)

GARS (415)

GateFinder (409)

gatom (399)

gaucho (105)

GBScleanR (353)

gcapc (646)

gcatest (406)

gCMAP (194)

gCMAPWeb (200)

GCPtools (465)

gCrisprTools (659)

gcrma (1931)

GCSConnection (50)

GCSFilesystem (41)

GCSscore (152)

GDCRNATools (698)

gDNAx (394)

gDR (298)

gDRcore (337)

gDRimport (374)

gDRstyle (361)

gDRutils (327)

GDSArray (470)

gdsfmt (3027)

GeDi (318)

geecc (136)

GEM (405)

gemini (348)

gemma.R (432)

genArise (495)

genbankr (358)

GENE.E (73)

gene2pathway (59)

GeneAccord (123)

GeneAnswers (261)

geneAttribution (452)

GeneBreak (574)

geneClassifiers (444)

GeneExpressionSignature (600)

genefilter (14765)

genefu (1112)

GeneGA (279)

GeneGeneInteR (254)

GeneGroupAnalysis (35)

GeneMeta (811)

GeneNetworkBuilder (687)

GeneOverlap (1349)

geneplast (518)

geneplotter (4337)

GeneR (99)

geneRecommender (480)

GeneRegionScan (744)

GeneRfold (29)

geneRxCluster (459)

GeneSelectMMD (574)

GeneSelector (196)

GENESIS (1028)

GeneSpring (83)

GeneStructureTools (515)

geNetClassifier (616)

GeneticsBase (73)

GeneticsDesign (150)

GeneticsPed (424)

GeneTonic (612)

GeneTraffic (73)

GeneTS (62)

geneXtendeR (495)

GENIE3 (2000)

genoCN (254)

GenoGAM (190)

genomation (1361)

GenomAutomorphism (420)

GenomeBase (26)

GenomeGraphs (240)

GenomeInfoDb (42491)

genomeIntervals (668)

genomes (415)

GenomicAlignments (25986)

GenomicCoordinates (164)

GenomicDataCommons (1544)

GenomicDistributions (527)

GenomicFeatures (18930)

GenomicFiles (1453)

genomicInstability (371)

GenomicInteractionNodes (363)

GenomicInteractions (1008)

GenomicOZone (448)

GenomicPlot (416)

GenomicRanges (54735)

GenomicScores (1129)

GenomicSuperSignature (516)

GenomicTuples (572)

Genominator (226)

genoset (241)

genotypeeval (200)

GenoView (53)

genphen (181)

GenProSeq (274)

GenRank (83)

GenVisR (789)

GeoDiff (424)

GEOexplorer (182)

GEOfastq (255)

GEOmetadb (726)

geomeTriD (364)

GeomxTools (788)

GEOquery (14795)

GEOsearch (70)

GEOsubmission (468)

GeoTcgaData (444)

gep2pep (373)

gesel (47)

gespeR (288)

getDEE2 (335)

geva (369)

GEWIST (375)

GExPipe (54)

geyser (289)

gff3Plotter (34)

gg4way (373)

GGBase (309)

ggbio (3288)

ggcyto (1734)

ggkegg (709)

ggmanh (449)

ggmsa (989)

GGPA (379)

ggsc (381)

ggseqalign (265)

ggspavis (769)

GGtools (367)

ggtree (33070)

ggtreeDendro (306)

ggtreeExtra (2432)

ggtreeSpace (267)

GIGSEA (338)

ginmappeR (266)

gINTomics (338)

girafe (534)

GISPA (206)

GLAD (751)

GladiaTOX (403)

Glimma (1421)

glmGamPoi (6780)

glmSparseNet (524)

GlobalAncova (1697)

globalSeq (422)

globaltest (2513)

GloScope (362)

glycoTraitR (185)

gmapR (498)

GmicR (447)

gmoviz (533)

GMRP (507)

GNET2 (321)

GNOSIS (357)

GOaGO (227)

goatea (269)

goCluster (27)

GOexpress (667)

GOfan (183)

GOfuncR (591)

GOFunction (233)

GoogleGenomics (113)

GOpro (576)

goProfiles (716)

GOSemSim (26164)

goseq (1970)

GOSim (314)

goSorensen (353)

goSTAG (543)

GOstats (2054)

GOsummaries (264)

GOTHiC (766)

goTools (540)

GPA (307)

gpart (158)

GPlinksR (29)

gpls (725)

gprege (189)

gpuMagic (216)

gQTLBase (175)

gQTLstats (182)

GrafGen (354)

gramm4R (39)

GRaNIE (601)

granulator (170)

graper (385)

graph (24782)

GraphAlignment (411)

GraphAT (625)

GraphExperiment (199)

graphite (6395)

GraphPAC (269)

GRENITS (403)

GreyListChIP (1607)

GRmetrics (528)

groHMM (694)

GRridge (194)

GSABenchmark (183)

GSALightning (389)

GSAR (632)

GSCA (506)

gscreend (430)

GSEABase (12759)

GSEABenchmarkeR (543)

GSEAlens (8)

GSEAlm (681)

GSEAmining (396)

gsean (436)

GSgalgoR (397)

GSReg (496)

GSRI (582)

GSVA (11755)

gtrellis (629)

GUIDEseq (756)

Guitar (650)

gVenn (283)

Gviz (4162)

GWAS.BAYES (404)

gwascat (1154)

GWASTools (1240)

gwasurvivr (439)

GWENA (471)

gypsum (4856)

H

h5mread (13675)

h5vc (888)

hammers (190)

hapFabia (532)

Harman (642)

HarmonizR (318)

Harshlight (399)

hca (158)

HCABrowser (70)

HCAExplorer (38)

HCAMatrixBrowser (24)

HCsnip (134)

HDF5Array (18935)

HDTD (338)

hdxmsqc (366)

heatmaps (720)

Heatplus (812)

HelloRanges (654)

HELP (564)

HEM (568)

hermes (532)

HERON (358)

Herper (288)

hexbin (129)

HGC (338)

hiAnnotator (357)

HIBAG (565)

HicAggR (370)

HiCaptuRe (295)

HiCBricks (606)

HiCcompare (782)

HiCDCPlus (458)

HiCDOC (459)

HiCExperiment (476)

HiContacts (533)

HiCool (224)

HiCParser (274)

HiCPotts (271)

hicrep (59)

hicVennDiagram (339)

hierGWAS (452)

hierinf (284)

HilbertCurve (606)

HilbertVis (650)

HilbertVisGUI (241)

HiLDA (505)

hipathia (584)

HIPPO (352)

hiReadsProcessor (293)

HIREewas (410)

HiSpaR (145)

HistoImagePlot (191)

HiTC (791)

hmdbQuery (383)

HMMcopy (768)

HoloFoodR (320)

hoodscanR (411)

hopach (953)

HPAanalyze (561)

hpar (960)

HPAStainR (61)

HPiP (380)

HTqPCR (718)

HTSanalyzeR (233)

HTSeqGenie (138)

htSeqTools (221)

HTSFilter (826)

HuBMAPR (288)

HubPub (856)

HumanTranscriptomeCompendium (182)

hummingbird (398)

HVP (269)

HybridExpress (340)

HybridMTest (485)

hypeR (404)

hyperdraw (541)

hypergraph (605)

I

iASeq (346)

iasva (445)

iBBiG (386)

Ibex (244)

ibh (419)

iBMQ (332)

iCARE (431)

Icens (888)

icetea (520)

iCheck (504)

iChip (560)

iClusterPlus (679)

iCNV (387)

iCOBRA (852)

ideal (732)

IdeoViz (570)

idiogram (740)

IdMappingAnalysis (179)

IdMappingRetrieval (149)

idpr (437)

idr2d (472)

IFAA (300)

iFlow (42)

igblastr (485)

iGC (452)

IgGeneUsage (404)

igvR (609)

igvShiny (399)

IHW (1549)

illuminaio (3812)

ILoReg (444)

ImageArray (213)

imageFeatureTCGA (176)

imageHTS (308)

imageTCGA (254)

imageTCGAutils (209)

IMAS (361)

imcRtools (672)

Imetagene (139)

IMMAN (343)

immApex (667)

immGLIPH (54)

immLynx (183)

immReferent (267)

ImmuneSpaceR (233)

immunoClust (512)

immunogenViewer (249)

immunotation (347)

iModMix (212)

IMPCdata (312)

ImpulseDE (65)

ImpulseDE2 (89)

impute (13809)

INDEED (307)

iNETgrate (371)

infercnv (2294)

infinityFlow (408)

Informeasure (306)

InPAS (728)

INPower (411)

inSilicoDb (140)

inSilicoMerging (91)

INSPEcT (723)

INTACT (314)

InTAD (511)

intansv (597)

interacCircos (288)

InteractionSet (2174)

InteractiveComplexHeatmap (855)

interactiveDisplay (635)

interactiveDisplayBase (2865)

InterCellar (430)

IntEREst (587)

InterMineR (262)

IntOMICS (54)

IntramiRExploreR (378)

inveRsion (162)

IONiseR (657)

iontree (108)

iPAC (314)

iPath (316)

ipdDb (436)

IPO (525)

IPPD (172)

IRanges (66203)

IRISFGM (110)

IrisSpatialFeatures (32)

ISAnalytics (451)

iscream (299)

iSEE (935)

iSEEde (386)

iSEEfier (310)

iSEEhex (396)

iSEEhub (429)

iSEEid (54)

iSEEindex (362)

iSEEpathways (381)

iSEEtree (352)

iSEEu (541)

iSeq (414)

ISLET (384)

islify (273)

iSNetwork (41)

isobar (715)

IsoBayes (346)

IsoCorrectoR (403)

IsoCorrectoRGUI (338)

IsoformSwitchAnalyzeR (982)

IsoGeneGUI (302)

ISoLDE (343)

isomiRs (622)

iSPlot (43)

ITALICS (571)

iterativeBMA (476)

iterativeBMAsurv (390)

iterClust (146)

iteremoval (105)

IVAS (572)

ivygapSE (394)

IWTomics (484)

J

jazzPanda (349)

jmosaics (90)

joda (183)

JunctionSeq (140)

jvecfor (158)

K

karyoploteR (1650)

katdetectr (441)

KBoost (273)

KCsmart (623)

kebabs (706)

KEGGemUP (30)

KEGGgraph (6658)

KEGGlincs (506)

keggorth (43)

keggorthology (755)

KEGGprofile (186)

KEGGREST (44421)

KEGGSOAP (101)

kimod (88)

KinSwingR (400)

kissDE (456)

kmcut (287)

KnowSeq (442)

knowYourCG (256)

koinar (290)

L

LACE (514)

LACHESIS (261)

lapmix (313)

LBE (610)

lcmsPlot (226)

ldblock (472)

LEA (1159)

leapR (169)

LedPred (370)

lefser (990)

lemur (409)

les (543)

levi (377)

lfa (525)

Lheuristic (229)

limma (42915)

limmaGUI (667)

limpa (360)

limpca (336)

LimROTS (326)

LINC (106)

LineagePulse (154)

lineagespot (321)

LinkHD (416)

linkSet (150)

Linnorm (686)

LinTInd (229)

lionessR (495)

lipidr (532)

LipidTrend (241)

LiquidAssociation (493)

lisaClust (519)

lmdme (508)

LMGene (284)

lncRna (190)

LOBSTAHS (447)

loci2path (452)

logicFS (546)

logitT (249)

Logolas (91)

lol (124)

LOLA (726)

looking4clusters (247)

LoomExperiment (872)

LowMACA (208)

LPE (541)

LPEadj (249)

lpNet (417)

lpsymphony (1691)

LRBaseDbi (419)

LRcell (407)

LRDE (145)

lumi (1890)

lute (95)

LVSmiRNA (201)

LymphoSeq (528)

M

M3C (854)

M3D (174)

M3Drop (739)

m6Aboost (404)

maanova (343)

Maaslin2 (1380)

maaslin3 (581)

Macarron (311)

macat (414)

maCorrPlot (497)

MACPET (145)

MACSQuantifyR (347)

MACSr (399)

maDB (132)

made4 (886)

MADSEQ (337)

maftools (3273)

MAGAR (404)

MAGeCKFlute (311)

magpie (422)

magrene (353)

MAI (410)

maigesPack (395)

MAIT (467)

makecdfenv (835)

makePlatformDesign (46)

MANOR (529)

manta (224)

MantelCorr (457)

MAPFX (343)

mAPKL (243)

maPredictDSC (429)

mapscape (386)

mariner (370)

markeR (295)

marr (429)

marray (2697)

martini (443)

maser (607)

maSigPro (926)

maskBAD (526)

MassArray (399)

massiR (557)

MassSpecWavelet (2684)

MAST (3227)

mastR (464)

matchBox (396)

matchprobes (93)

MatrixGenerics (50687)

MatrixQCvis (448)

MatrixRider (520)

matter (778)

MaxContrastProjection (78)

MBAmethyl (325)

MBASED (584)

MBCB (429)

MBECS (386)

mbkmeans (1082)

mbOmic (43)

mBPCR (591)

MBQN (423)

mbQTL (288)

MBttest (487)

mcaGUI (173)

MCbiclust (601)

MCRestimate (194)

mCSEA (592)

mdgsa (197)

mdp (446)

mdqc (498)

MDSvis (166)

MDTS (380)

MEAL (648)

MeasurementError.cor (386)

MEAT (532)

MEB (439)

MEDIPS (750)

MEDME (550)

megadepth (448)

MEIGOR (487)

Melissa (284)

MeLSI (164)

memes (567)

MergeMaid (282)

Mergeomics (477)

MeSHDbi (685)

meshes (575)

meshr (642)

MeSHSim (51)

MesKit (556)

messina (520)

metaArray (264)

Metab (225)

metabCombiner (435)

metabinR (396)

MetaboAnnotation (569)

MetaboAnnotatoR (181)

MetaboCoreUtils (3646)

MetaboDynamics (311)

metabolomicsWorkbenchR (479)

metabom8 (179)

metabomxtr (475)

MetaboSignal (620)

metaCCA (364)

MetaCyto (431)

MetaDICT (252)

metagene (383)

metagene2 (595)

metagenomeFeatures (151)

metagenomeSeq (2491)

metahdep (404)

metaMS (616)

MetaNeighbor (367)

MetaPathNet (33)

MetaPhOR (386)

metapod (7995)

metapone (414)

MetaProViz (208)

metaSeq (529)

metaseqR (241)

metaseqR2 (589)

metavizr (180)

MetaVolcanoR (151)

metaX (42)

MetCirc (487)

MethCP (124)

methimpute (508)

methInheritSim (487)

methodical (335)

MethPed (582)

MethReg (437)

methrix (617)

MethTargetedNGS (410)

methVisual (201)

methyAnalysis (254)

MethylAid (680)

methylCC (577)

methylclock (605)

methylGSA (594)

methyLImp2 (318)

methylInheritance (532)

methylKit (1456)

MethylMix (603)

methylMnM (589)

methylPipe (655)

methylscaper (439)

MethylSeekR (754)

methylSig (511)

methylumi (2210)

methyvim (92)

MetID (378)

MetMashR (312)

MetNet (581)

mfa (319)

Mfuzz (1949)

MGFM (529)

MGFR (448)

MGnifyR (379)

mgsa (517)

mia (2539)

miaDash (291)

miaSim (399)

miaTime (349)

miaViz (744)

MiChip (514)

microbiome (2812)

microbiomeDASim (364)

microbiomeExplorer (441)

microbiomeMarker (472)

MicrobiomeProfiler (397)

MicrobiotaProcess (865)

microRNA (1191)

microSTASIS (98)

MICSQTL (355)

midasHLA (344)

MIGSA (212)

miloR (1646)

mimager (501)

MIMOSA (227)

mina (335)

MineICA (543)

minet (1240)

minfi (3384)

MinimumDistance (718)

MiPP (557)

miQC (562)

MIRA (553)

MiRaGE (742)

miRBaseConverter (609)

miRcomp (550)

mirIntegrator (559)

MIRit (373)

miRLAB (536)

miRmine (240)

miRNAmeConverter (407)

miRNApath (427)

miRNAtap (583)

miRSM (549)

miRsponge (53)

miRspongeR (470)

Mirsynergy (131)

mirTarRnaSeq (430)

missMethyl (1629)

missRows (427)

mist (280)

mistyR (460)

mitch (447)

mitoClone2 (399)

mitology (341)

mitoODE (129)

mixOmics (4936)

MLInterfaces (1199)

mlm4omics (32)

MLP (763)

MLSeq (627)

MMAPPR2 (92)

MMDiff (137)

MMDiff2 (610)

mmgmos (42)

mmnet (91)

MmPalateMiRNA (203)

MMUPHin (531)

mnem (543)

moanin (378)

mobileRNA (347)

MobilityTransformR (82)

MODA (404)

ModCon (296)

Modstrings (553)

MOFA (64)

MOFA2 (1607)

MOGAMUN (346)

mogsa (701)

MoleculeExperiment (331)

MOMA (493)

monaLisa (660)

monocle (4170)

Moonlight2R (413)

MoonlightR (586)

MoPS (129)

mosaics (768)

mosbi (309)

MOSClip (345)

mosdef (592)

MOSim (562)

Motif2Site (430)

motifbreakR (602)

motifcounter (338)

MotifDb (1421)

motifmatchr (2259)

MotifPeeker (277)

motifRG (200)

motifStack (1345)

motifTestR (380)

MotIV (253)

MouseFM (386)

MPAC (278)

MPFE (327)

mpra (579)

MPRAnalyze (434)

MQmetrics (102)

mQTL.NMR (125)

msa (2650)

MSA2dist (426)

MsBackendMassbank (409)

MsBackendMassIVE (26)

MsBackendMetaboLights (303)

MsBackendMetabolomicsWorkbench (26)

MsBackendMgf (1076)

MsBackendMsp (657)

MsBackendRawFileReader (410)

MsBackendSql (413)

MsCoreUtils (4732)

MsDataHub (461)

MSEADbi (26)

MsExperiment (1963)

MsFeatures (2218)

msgbsR (475)

MSGFgui (182)

MSGFplus (155)

msImpute (450)

mslp (249)

msmsEDA (615)

msmsTests (658)

MSnbase (4832)

MSnID (830)

mspms (362)

MSPrep (330)

msPurity (487)

msqrob2 (619)

MsQuality (395)

MsStash (35)

MSstats (1206)

MSstatsBig (285)

MSstatsBioNet (297)

MSstatsConvert (952)

MSstatsLiP (464)

MSstatsLOBD (306)

MSstatsPTM (613)

MSstatsQC (432)

MSstatsQCgui (296)

MSstatsResponse (276)

MSstatsSampleSize (128)

MSstatsShiny (404)

MSstatsTMT (760)

MSstatsTMTPTM (36)

MSTree (41)

MTseeker (53)

MuData (421)

Mulcom (553)

MultiAssayExperiment (8906)

MultiBaC (389)

multiClust (520)

multicrispr (489)

MultiDataSet (2429)

multiGSEA (511)

multiHiCcompare (626)

MultiMed (437)

multiMiR (1162)

MultimodalExperiment (393)

MultiOmicsBridge (48)

multiOmicsViz (188)

MultipleAlignment (72)

multipointR (23)

MultiRNAflow (386)

multiscan (524)

multiSight (102)

multistateQTL (314)

multiWGCNA (361)

multtest (13741)

mumosa (455)

MungeSumstats (984)

muscat (1467)

muscle (780)

musicatk (540)

MutationalPatterns (906)

mutscan (315)

MutSeqR (251)

MVCClass (514)

mvGST (112)

MWASTools (591)

mygene (781)

myvariant (561)

mzID (4204)

mzR (5028)

N

NADfinder (624)

NanoMethViz (506)

NanoStringDiff (472)

NanoStringNCTools (880)

NanoStringQCPro (222)

nanotatoR (147)

NanoTube (454)

NarrowPeaks (192)

NBAMSeq (416)

NBSplice (134)

ncdfFlow (2119)

ncGTW (411)

NCIgraph (356)

ncRNAtools (416)

ndexr (378)

neaGUI (96)

nearBynding (328)

Nebulosa (1737)

NeighborNet (142)

nem (395)

nempi (375)

NetActivity (378)

netbenchmark (105)

netbiov (239)

netboost (349)

netboxr (93)

netDx (124)

nethet (516)

netOmics (122)

NetPathMiner (470)

netprioR (336)

netReg (75)

netresponse (570)

NetSAM (516)

netSmooth (531)

networkBMA (190)

netZooR (187)

NeuCA (132)

NewWave (396)

NGScopy (125)

ngsReports (511)

nipalsMCIA (407)

nnNorm (522)

nnSVG (533)

NOISeq (1005)

nondetects (506)

NoRCE (463)

normalize450K (467)

NormalyzerDE (649)

NormqPCR (579)

normr (653)

notame (297)

notameStats (230)

notameViz (269)

NPARC (444)

npGSEA (594)

NTW (406)

nucleoSim (471)

nucleR (750)

nuCpos (392)

nudge (180)

nullranges (572)

NuPoP (489)

NxtIRFcore (126)

O

OAtools (186)

occugene (401)

OCplus (624)

octad (427)

ODER (86)

odseq (387)

OGRE (411)

OGSA (132)

oligo (3710)

oligoClasses (2996)

OLIN (695)

OLINgui (538)

omada (233)

OmaDB (530)

omicade4 (665)

OmicCircos (597)

omicplotR (357)

omicRexposome (545)

omicsGMF (274)

OmicsLonDA (141)

OmicsMarkeR (123)

OmicsMLRepoR (209)

OMICsPCA (531)

omicsPrint (570)

omicsViewer (406)

Omixer (343)

OmnipathR (2129)

ompBAM (368)

omXplore (341)

Onassis (121)

oncomix (422)

oncoscanR (356)

OncoScore (469)

OncoSimulR (504)

oneChannelGUI (223)

oneSENSE (127)

onlineFDR (320)

ontoCAT (141)

ontoProc (606)

ontoProc2 (48)

ontoTools (124)

openCyto (1636)

openPrimeR (578)

openPrimeRui (158)

OpenStats (306)

OperaMate (63)

oposSOM (525)

oppar (590)

oppti (153)

optimalFlow (361)

OPWeight (431)

OrderedList (570)

ORFhunteR (408)

ORFik (766)

Organism.dplyr (457)

OrganismDbi (3554)

orthogene (1027)

orthos (376)

OSAT (495)

Oscope (546)

OSTA.data (352)

OTUbase (633)

OutlierD (229)

OUTRIDER (748)

OutSplice (403)

OVESEG (447)

P

PAA (641)

packFinder (452)

padma (432)

PADOG (711)

pageRank (351)

PAIRADISE (452)

paircompviz (437)

pairedGSEA (358)

pairkat (381)

pairseqsim (21)

pamr (123)

pandaR (594)

panelcn.mops (542)

PAnnBuilder (157)

PanomiR (430)

panoramic (58)

panp (690)

PANR (509)

PanViz (120)

PanVizGenerator (132)

PAPi (179)

parati (190)

pareg (94)

parglms (496)

parody (548)

partCNV (212)

PAST (482)

Path2PPI (470)

pathifier (456)

pathlinkR (391)

pathMED (174)

PathNet (451)

PathoStat (517)

pathprint (85)

pathRender (560)

pathVar (215)

pathview (5539)

pathwayPCA (475)

PathwaySplice (137)

PatientGeneSets (40)

paxtoolsr (223)

Pbase (182)

pbcmc (83)

pcaExplorer (812)

pcaGoPromoter (149)

pcaMethods (6955)

PCAN (546)

PCAtools (1567)

pcot2 (316)

PCpheno (329)

pcxn (132)

PDATK (463)

pdInfoBuilder (792)

pdmclass (239)

PeacoQC (712)

peakCombiner (257)

peakPantheR (417)

PECA (511)

peco (429)

Pedixplorer (351)

pengls (285)

PepSetTest (278)

PepsNMR (467)

pepStat (581)

pepXMLTab (411)

PERFect (133)

periodicDNA (538)

perturbatr (88)

pfamAnalyzeR (510)

PFP (81)

PGA (256)

pgca (294)

pgen2gds (46)

PGSEA (385)

pgUtils (70)

pgxRpi (248)

phantasus (544)

phantasusLite (313)

PharmacoGx (918)

phemd (191)

phenoDist (144)

PhenoGeneRanker (237)

phenomis (321)

phenopath (627)

phenoTest (732)

PhenStat (311)

philr (668)

PhIPData (438)

phosphonormalizer (366)

PhosR (682)

phylobar (63)

PhyloProfile (469)

phyloseq (7797)

Pi (259)

piano (1128)

PICB (343)

pickgene (444)

PICS (458)

Pigengene (560)

PING (429)

PinPath (71)

pint (147)

pipeComp (508)

pipeFrame (472)

PIPETS (270)

Pirat (322)

PIUMA (317)

pkgDepTools (311)

plaid (190)

planet (562)

planttfhunter (347)

plasmut (263)

plateCore (250)

plethy (271)

plgem (702)

plier (622)

PlinkMatrix (199)

PloGO2 (128)

plotgardener (632)

plotGrouper (369)

PLPE (486)

plrs (219)

PLSDAbatch (345)

plw (239)

plyinteractions (412)

plyranges (1653)

plyxp (451)

pmm (350)

pmp (529)

PMScanR (256)

PoDCall (349)

podkat (736)

poem (321)

pogos (461)

polyester (389)

Polyfit (142)

PolySTest (320)

Polytect (254)

POMA (556)

posDemux (212)

POST (82)

PostChicago (50)

postNet (271)

PoTRA (89)

PowerExplorer (71)

powerTCR (581)

POWSC (422)

ppcseq (404)

PPInfer (468)

ppiStats (367)

pqsfinder (692)

prada (295)

pram (531)

prebs (573)

preciseTAD (556)

PrecisionTrialDrawer (93)

PREDA (687)

predictionet (157)

preprocessCore (17927)

primirTSS (531)

PrInCE (424)

Prize (86)

proActiv (576)

proBAMr (555)

proBatch (427)

PROcess (555)

procoil (635)

ProCoNA (155)

proDA (684)

proFIA (174)

profileplyr (602)

profileScoreDist (412)

progeny (1484)

projectR (538)

pRoloc (1163)

pRolocGUI (606)

PROMISE (489)

PRONE (365)

PROPER (563)

PROPS (472)

Prostar (509)

prot2D (167)

proteasy (83)

proteinProfiles (354)

ProteoDisco (516)

ProteomicsAnnotationHubData (144)

ProteoMM (446)

proteoQC (142)

protGear (426)

ProtGenerics (12905)

PSEA (270)

psichomics (624)

PSICQUIC (205)

PSMatch (3526)

psygenet2r (275)

ptairMS (480)

PTMods (824)

PubScore (81)

pulsedSilac (88)

puma (789)

PureCN (848)

pvac (505)

pvca (724)

Pviz (556)

pwalign (8986)

PWMEnrich (838)

pwOmics (360)

pwrEWAS (105)

Q

qckitfastq (166)

qcmetrics (705)

QDNAseq (958)

QFeatures (4177)

qmtools (403)

qpcrNorm (564)

qpgraph (1009)

qPLEXanalyzer (544)

qrqc (292)

QRscore (281)

qsea (609)

qsmooth (511)

QSutils (507)

qsvaR (404)

QTLExperiment (344)

Qtlizer (373)

QUALIFIER (193)

quantiseqr (1409)

quantMSImageR (4)

quantro (841)

quantsmooth (1034)

QuartPAC (237)

QuasR (1122)

QuaternaryProd (320)

QUBIC (468)

queeems (167)

qusage (918)

qvalue (26468)

R

R3CPET (551)

r3Cseq (721)

R453Plus1Toolbox (661)

R4RNA (1103)

RadioGx (502)

raer (458)

RaggedExperiment (1528)

RAIDS (372)

rain (564)

rama (292)

RamiGO (111)

ramr (453)

ramwas (608)

RandomWalkRestartMH (166)

randPack (476)

randRotation (270)

RankMap (178)

RankProd (815)

RAREsim (289)

RareVariantVis (606)

Rariant (254)

Rarr (686)

rawDiag (289)

rawrr (458)

RbcBook1 (824)

Rbec (259)

RBedMethyl (206)

RBGL (10477)

RBioFormats (571)

RBioinf (389)

rBiopaxParser (1010)

rBLAST (388)

RBM (441)

Rbowtie (863)

Rbowtie2 (622)

RbowtieCuda (113)

RBPSpecificity (47)

rbsurv (512)

Rbwa (265)

Rcade (359)

RCAS (664)

RCASPAR (359)

rcellminer (627)

rCGH (801)

Rchemcpp (185)

RchyOptimyx (170)

RcisTarget (1631)

RCM (489)

Rcollectl (127)

Rcpi (619)

RCSL (378)

Rcwl (407)

RcwlPipelines (365)

RCX (384)

RCy3 (1430)

RCyjs (532)

RCytoscape (117)

RDAVIDWebService (189)

Rdbi (91)

RdbiPgSQL (36)

rDGIdb (171)

Rdisop (1177)

RDRToolbox (504)

ReactomeContentService4R (102)

ReactomeGraph4R (81)

ReactomeGSA (560)

ReactomePA (6164)

readat (108)

ReadqPCR (589)

reb (307)

REBET (337)

rebook (407)

receptLoss (145)

reconsi (296)

recount (996)

recount3 (1217)

recountmethylation (532)

recoup (702)

RedeR (804)

RedisParam (321)

REDseq (583)

ReducedExperiment (327)

RefNet (178)

RefPlus (424)

Rega (165)

RegEnrich (499)

regionalpcs (279)

RegionalST (399)

regioneR (2621)

regioneReloaded (364)

regionReport (687)

regsplice (480)

regutools (492)

REMP (544)

Repitools (587)

ReportingTools (1259)

reposTools (39)

RepViz (378)

ReQON (282)

ResidualMatrix (5212)

RESOLVE (378)

Resourcerer (106)

restfulSE (245)

retrofit (340)

ReUseData (283)

rexposome (650)

rfaRm (423)

Rfastp (478)

RFGeneRank (110)

RFLOMICS (348)

rflowcyt (136)

rfPred (580)

rGADEM (519)

RGalaxy (217)

rGenomeTracks (313)

Rgin (87)

RGMQL (110)

RgnTX (181)

rgoslin (440)

RGraph2js (488)

Rgraphviz (10756)

rGREAT (1249)

RGSEA (540)

rgsepd (594)

rhdf5 (26484)

rhdf5client (505)

rhdf5filters (25162)

Rhdf5lib (27671)

rhinotypeR (298)

Rhisat2 (531)

Rhtslib (27141)

rHVDM (300)

RiboCrypt (447)

RiboDiPA (454)

RiboProfiling (462)

ribor (417)

riboSeqR (643)

ribosomeProfilingQC (573)

rifi (343)

rifiComparative (305)

Rigraphlib (2077)

rigvf (209)

RImmPort (378)

Ringo (545)

Rintact (58)

RIPAT (138)

RIPSeeker (222)

Risa (371)

RITAN (438)

RIVER (474)

RJMCMCNucleosomes (527)

RLassoCox (306)

RLMM (435)

RLSeq (103)

RMAGEML (49)

Rmagpie (512)

RMAPPER (80)

RMassBank (731)

rMAT (179)

rmelting (360)

RmiR (191)

Rmmquant (441)

rmspc (382)

RmzTabM (27)

RNAAgeCalc (511)

RNAdecay (340)

rnaEditr (436)

RNAinteract (284)

RNAither (269)

RNAmodR (553)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (479)

RNAmodR.ML (497)

RNAmodR.RiboMethSeq (441)

RNAprobR (163)

RNAsense (399)

rnaseqcomp (491)

RNAseqCovarImpute (333)

rnaSeqMap (288)

RNASeqPower (504)

RNASeqR (108)

RnaSeqSampleSize (526)

RNAshapeQC (203)

RnBeads (891)

Rnits (547)

roar (625)

roastgsa (367)

ROC (1836)

ROCpAI (366)

RolDE (341)

Roleswitch (177)

Rolexa (133)

rols (1036)

ROntoTools (691)

ropls (2480)

ROSeq (483)

ROTS (674)

RPA (607)

rprimer (445)

RProtoBufLib (3360)

RpsiXML (408)

rpx (1038)

Rqc (818)

rqt (406)

rqubic (422)

rRDP (357)

Rredland (48)

RRHO (463)

rrvgo (1160)

Rsamtools (30288)

rsbml (482)

rScudo (470)

rsemmed (351)

RSeqAn (361)

rSFFreader (155)

RSNPper (61)

Rsubread (2571)

RSVSim (610)

rSWeeP (385)

rTANDEM (194)

RTCA (477)

RTCGA (932)

RTCGAToolbox (1140)

RTN (682)

RTNduals (437)

RTNsurvival (465)

RTools4TB (32)

RTopper (621)

Rtpca (414)

rtracklayer (24920)

Rtreemix (376)

rTRM (700)

rTRMui (486)

RUCova (342)

runibic (261)

Ruuid (96)

RUVcorr (460)

RUVnormalize (472)

RUVSeq (1445)

Rvisdiff (362)

RVS (405)

RWebServices (51)

rWikiPathways (748)

S

S4Arrays (50845)

S4Cartographer (43)

S4Vectors (70190)

safe (1204)

SAGElyzer (49)

sagenhaft (516)

SAGx (295)

SAIGEgds (436)

samExploreR (73)

sampleClassifier (394)

SamSPECTRAL (510)

sangeranalyseR (599)

sangerseqR (1056)

SanityR (266)

SANTA (531)

sapFinder (190)

saps (37)

SARC (106)

sarks (408)

saseR (344)

satuRn (787)

savR (144)

SBGNview (496)

sbgr (13)

SBMLR (520)

SC3 (974)

scafari (360)

Scale4C (487)

ScaledMatrix (16457)

scAlign (115)

SCAN.UPC (688)

scanMiR (443)

scanMiRApp (461)

scAnnotatR (408)

SCANVIS (361)

SCArray (460)

SCArray.sat (326)

SCATE (100)

scater (11044)

scatterHatch (295)

scBatchQC (45)

scBFA (433)

SCBN (334)

scBubbletree (395)

scCB2 (424)

scClassifR (51)

scClassify (549)

sccomp (517)

scCompoundDE (41)

scConform (190)

scDataviz (460)

scDblFinder (4681)

scDD (692)

scDDboost (379)

scde (876)

scDesign3 (378)

scDiagnostics (361)

scDotPlot (361)

scds (1182)

scECODA (246)

SCFA (374)

scFastDE (45)

scFeatureFilter (464)

scFeatures (435)

scfind (66)

scGPS (501)

scGraphVerse (259)

schex (519)

scHiCcompare (275)

scHOT (488)

scider (363)

scifer (376)

ScISI (370)

scLANE (297)

scLang (214)

scMAGeCK (69)

scmap (915)

scMerge (826)

scMET (396)

scmeth (533)

scMitoMut (296)

scMultiSim (377)

SCnorm (620)

scone (657)

Sconify (412)

SCOPE (470)

scoreInvHap (489)

scoup (273)

scp (579)

scPassport (151)

scPCA (494)

scPipe (580)

scQTLtools (284)

scran (8655)

scrapper (2284)

scReClassify (434)

scRecover (406)

screenCounter (359)

ScreenR (337)

scRepertoire (1169)

scRNAseqApp (434)

scruff (573)

scry (750)

scShapes (280)

scsR (172)

scTensor (504)

scTGIF (512)

scTHI (380)

scToppR (217)

scTreeViz (445)

scTypeEval (190)

scuttle (12844)

scviR (247)

SDAMS (402)

seahtrue (323)

sechm (477)

segmenter (456)

segmentSeq (744)

selectKSigs (339)

SELEX (510)

SemDist (546)

semisup (357)

SEMPLR (244)

SemSim (56)

SEPA (84)

SEPIRA (198)

seq.hotSPOT (276)

seq2pathway (454)

seqArchR (185)

seqArchRplus (162)

SeqArray (1558)

seqbias (314)

seqCAT (519)

seqCNA (219)

seqcombo (337)

SeqGate (375)

SeqGSEA (639)

Seqinfo (39920)

seqLogo (4158)

seqPattern (1374)

seqplots (232)

seqsetvis (574)

SeqSQC (595)

Seqtometry (190)

seqTools (323)

SeqVarTools (1068)

SEraster (290)

sesame (1380)

SETA (270)

SEtools (442)

sevenbridges (522)

sevenC (564)

sfi (207)

SGCP (261)

SGSeq (875)

SharedObject (475)

shiny.gosling (266)

shinybiocloader (201)

shinyDSP (326)

shinyepico (460)

shinyMethyl (647)

shinyTANDEM (139)

ShortRead (7516)

SIAMCAT (514)

SICtools (451)

sigaR (190)

SigCheck (547)

sigFeature (608)

SigFuge (364)

siggenes (4281)

sights (437)

signatureSearch (597)

signeR (636)

signet (55)

signifinder (382)

sigPathway (313)

SigsPack (469)

sigsquared (441)

SIM (526)

SIMAT (470)

SimBindProfiles (256)

SimBu (363)

SIMD (358)

SimFFPE (414)

SimiCviz (31)

similaRpeak (538)

SIMLR (646)

simona (1182)

simPIC (365)

simpleaffy (352)

simpleSeg (543)

simplifyEnrichment (1611)

simulatorAPMS (70)

simulatorZ (190)

sincell (520)

singIST (136)

single (168)

SingleCellAlleleExperiment (360)

SingleCellExperiment (22784)

SingleCellSignalR (607)

singleCellTK (842)

SingleMoleculeFootprinting (286)

SingleR (6291)

singscore (2522)

SiPSiC (287)

SISPA (167)

sitadela (405)

Site2Target (279)

sitePath (409)

sizepower (453)

SJava (46)

sketchR (358)

skewr (514)

slalom (299)

SLGI (351)

slingshot (3908)

slinky (115)

SLqPCR (420)

SMAD (347)

SMAP (303)

smartid (302)

SmartPhos (177)

SMITE (602)

smoothclust (307)

smoppix (287)

SMTrackR (208)

SNAGEE (416)

snapCGH (429)

snapcount (413)

snifter (810)

snm (508)

SNPchip (322)

SNPediaR (353)

SNPhood (716)

snpMatrix (64)

SNPRelate (2572)

snpStats (2933)

soGGi (570)

sojourner (102)

SomatiCA (106)

SomaticSignatures (677)

SOMNiBUS (390)

sosta (393)

SpaceMarkers (325)

SpacePAC (323)

SpaceTrooper (340)

spacexr (672)

spade (97)

Spaniel (499)

SpaNorm (416)

spARI (247)

sparrow (705)

SparseArray (56902)

sparseDOSSA (164)

sparseMatrixStats (20110)

sparsenetgls (342)

SparseSignatures (526)

spaSim (390)

SpatialArtifacts (222)

SpatialCPie (425)

spatialdataR (1)

spatialDE (475)

SpatialDecon (576)

SpatialExperiment (9644)

SpatialExperimentIO (360)

spatialFDA (315)

SpatialFeatureExperiment (594)

spatialHeatmap (372)

SpatialOmicsOverlay (415)

spatialSimGP (273)

spatzie (173)

speckle (878)

specL (544)

SpeCond (533)

Spectra (4149)

SpectralTAD (452)

SpectraQL (280)

SpectriPy (277)

SPEM (473)

SPIA (1408)

SPIAT (464)

SPICEY (276)

spicyR (625)

SpidermiR (200)

SpiecEasi (284)

spikeLI (465)

spiky (379)

spillR (299)

spkTools (521)

splatter (1107)

splicegear (241)

SpliceImpactR (203)

splicelogic (177)

spliceR (189)

spliceSites (166)

SpliceWiz (571)

SplicingFactory (344)

SplicingGraphs (686)

SplineDV (314)

splineTCDiffExpr (6)

splineTimeR (508)

SPLINTER (546)

splots (563)

SpNeigh (218)

SPONGE (587)

spoon (292)

SpotClean (430)

SPOTlight (785)

spotSegmentation (162)

SpotSweeper (491)

spqn (442)

SPsimSeq (452)

SQLDataFrame (202)

SQUADD (208)

squallms (282)

sRACIPE (476)

SRAdb (929)

sRAP (139)

SRGnet (92)

srnadiff (518)

sscore (347)

sscu (467)

sSeq (528)

ssize (496)

sSNAPPY (433)

SSPA (329)

ssPATHS (403)

ssrch (363)

ssviz (501)

StabMap (333)

STADyUM (269)

stageR (707)

stam (72)

STAN (245)

standR (544)

staRank (229)

StarBioTrek (220)

staRgate (220)

Starr (258)

STATegRa (707)

StatescopeR (223)

Statial (426)

statTarget (613)

STdeconvolve (129)

stepNorm (499)

stepwiseCM (116)

stJoincount (288)

stPipe (311)

strandCheckR (472)

Streamer (382)

STRINGdb (3958)

STROMA4 (236)

struct (558)

Structstrings (503)

structToolbox (487)

StructuralVariantAnnotation (623)

SubCellBarCode (446)

subSeq (607)

SUITOR (313)

SummarizedBenchmark (245)

SummarizedExperiment (51236)

Summix (271)

SuperCellCyto (292)

supersigs (401)

supraHex (451)

surfaltr (425)

SurfR (325)

survClust (267)

survcomp (2128)

survtype (371)

Sushi (293)

sva (10633)

svaNUMT (436)

SVAPLSseq (114)

svaRetro (455)

SVM2CRM (125)

SVMDO (303)

SVP (308)

SWATH2stats (477)

SwathXtend (290)

swfdr (466)

SwimR (152)

switchBox (439)

switchde (474)

synapsis (376)

synapter (447)

synergyfinder (580)

SynExtend (455)

synlet (412)

SynMut (374)

syntenet (501)

systemPipeR (2028)

systemPipeShiny (431)

systemPipeTools (413)

T

tadar (358)

TADCompare (398)

tanggle (415)

TAPseq (518)

target (476)

TargetDecoy (409)

TargetScore (492)

TargetSearch (499)

TarSeqQC (223)

TaxSEA (287)

TBSignatureProfiler (546)

TCC (802)

TCGAbiolinks (6466)

TCGAbiolinksGUI (118)

TCGAutils (1331)

TCseq (894)

TDARACNE (220)

TDbasedUFE (331)

TDbasedUFEadv (366)

TEKRABber (413)

TENET (325)

TENxIO (561)

tenXplore (518)

TEQC (650)

terapadog (294)

ternarynet (431)

terraTCGAdata (334)

TFARM (409)

TFBSTools (4231)

TFEA.ChIP (666)

TFHAZ (567)

TFutils (637)

TiDEomics (66)

tidybulk (757)

tidyCoverage (378)

tidyexposomics (247)

tidyFlowCore (276)

tidyomics (279)

tidyprint (200)

tidysbml (243)

tidySingleCellExperiment (713)

tidySpatialExperiment (417)

tidySummarizedExperiment (602)

tidytof (66)

tigre (641)

TileDBArray (415)

tilingArray (790)

timecourse (735)

timeOmics (442)

timescape (328)

TimeSeriesExperiment (131)

TimiRGeN (141)

TIN (548)

TissueEnrich (609)

TitanCNA (392)

tkWidgets (2365)

tLOH (326)

TMixClust (463)

TMSig (314)

TNBC.CMS (145)

TnT (484)

TOAST (1064)

tofsims (134)

tomoda (389)

tomoseqr (350)

TOP (335)

ToPASeq (144)

topconfects (570)

topdownr (540)

topGO (2875)

toppgene (109)

ToxicoGx (542)

TPP (716)

TPP2D (451)

tpSVG (323)

tracktables (634)

trackViewer (1285)

tradeSeq (1814)

TraianProt (41)

TrajectoryGeometry (285)

TrajectoryUtils (3939)

transcriptogramer (578)

transcriptR (614)

transformGamPoi (417)

transite (374)

tRanslatome (612)

transmogR (343)

transomics2cytoscape (336)

TransView (482)

TraRe (80)

traseR (650)

Travel (26)

traviz (150)

TreeAndLeaf (463)

treeclimbR (323)

treeio (30493)

treekoR (467)

TreeSummarizedExperiment (3117)

TREG (393)

trena (254)

TReNA (10)

Trendy (504)

TRESS (440)

tricycle (822)

TrIdent (251)

triform (157)

trigger (314)

trio (566)

triplex (665)

tripr (420)

tRNA (571)

tRNAdbImport (470)

tRNAscanImport (511)

TRONCO (659)

TSAR (293)

TSCAN (1015)

tscR (102)

TSENAT (49)

tspair (240)

TSRchitect (206)

TSSi (169)

ttgsea (296)

TTMap (496)

TurboNorm (615)

TVTB (602)

tweeDEseq (565)

twilight (662)

twoddpcr (499)

txcutr (391)

txdbmaker (5805)

tximeta (2176)

tximport (5262)

TxRegInfra (74)

TypeInfo (279)

U

UCell (3097)

UCSC.utils (27998)

Ularcirc (499)

UMI4Cats (527)

uncoverappLib (465)

UNDO (537)

unifiedWMWqPCR (469)

UniProt.ws (1299)

Uniquorn (558)

universalmotif (1770)

updateObject (411)

UPDhmm (324)

uSORT (544)

V

VAExprs (345)

VanillaICE (891)

VarCon (446)

variancePartition (2577)

VariantAnnotation (9757)

VariantExperiment (248)

VariantFiltering (757)

VariantTools (687)

vasp (33)

VaSP (493)

vbmp (607)

VCFArray (504)

VDJdive (339)

Vega (151)

VegaMC (580)

velociraptor (543)

veloviz (309)

VennDetail (537)

VERSO (336)

vidger (571)

viper (1729)

virtualArray (44)

ViSEAGO (610)

VisiumIO (482)

visiumStitched (331)

vissE (468)

VISTA (166)

vmrseq (316)

Voyager (555)

VplotR (509)

vsclust (400)

vsn (7019)

vtpnet (485)

vulcan (432)

W

waddR (237)

wateRmelon (1339)

wavClusteR (606)

waveTiling (210)

wavFeatExt (143)

weaver (447)

webbioc (636)

weitrix (593)

widgetInvoke (29)

widgetTools (2260)

wiggleplotr (585)

wpm (421)

wppi (247)

Wrench (2326)

wSIR (40)

X

XAItest (273)

XBSeq (225)

xCell2 (440)

XCIR (48)

xcms (2964)

xcore (436)

XDE (722)

XeniumIO (270)

xenLite (324)

Xeva (454)

XINA (405)

xmapbridge (459)

xmapcore (35)

XNAString (193)

xps (241)

XVector (61604)

Y

y2hStat (39)

yamss (595)

YAPSA (651)

yaqcaffy (332)

yarn (618)

Z

ZarrArray (182)

zellkonverter (3843)

zenith (525)

zFPKM (435)

zinbwave (1283)

zitools (301)

zlibbioc (22055)

ZygosityPredictor (352)